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- PDB-9mqw: Crystal structure of influenza virus N2 neuraminidase from A/Sing... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mqw
タイトルCrystal structure of influenza virus N2 neuraminidase from A/Singapore/INFIMH-16-0019/2016 (H3N2)
要素Neuraminidase
キーワードVIRAL PROTEIN/HYDROLASE / HYDROLASE / IMMUNE SYSTEM / Influenza virus / neuraminidase / neutralization / substrate mimicry / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-HYDROLASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Sialidase, Influenza viruses A/B / Glycoside hydrolase, family 34 / Neuraminidase / Sialidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Zhu, X. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93019C00051 米国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: Structure and function of a cross-neutralizing influenza neuraminidase antibody that accommodates recent N2 NA Asn245 glycosylation.
著者: Zhu, X. / Khalil, A.M. / Piepenbrink, M.S. / Yu, W. / Ma, Y. / Martinez-Sobrido, L. / Wilson, I.A. / Kobie, J.J.
履歴
登録2025年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuraminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,10719
ポリマ－43,5321
非ポリマー4,57518
水2,936163
1
A: Neuraminidase
ヘテロ分子

A: Neuraminidase
ヘテロ分子

A: Neuraminidase
ヘテロ分子

A: Neuraminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,42676
ポリマ－174,1264
非ポリマー18,30072
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area40310 Å2
ΔGint-589 kcal/mol
Surface area52260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.320, 137.320, 155.516
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-727-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Neuraminidase


分子量: 43531.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: NA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A0A5B8WQ58, exo-alpha-sialidase

-
糖 , 3種, 6分子

#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1559.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,9,8/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e2-f1_g3-h1_g6-i1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 175分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 0.1 M citric acid, pH 4.0, 2.4 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→48.55 Å / Num. obs: 32018 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 17.6 % / CC1/2: 0.993 / Rpim(I) all: 0.06 / Rsym value: 0.26 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.29→2.34 Å / Num. unique obs: 1258 / CC1/2: 0.629 / Rpim(I) all: 0.63 / Rsym value: 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21rc1_5127: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.29→48.55 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2143 1597 5.02 %
Rwork0.1748 --
obs0.1768 31802 94.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.29→48.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2996 0 287 163 3446
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053338
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8314533
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9311102
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052539
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005551
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.29-2.360.34621070.33911901X-RAY DIFFRACTION66
2.36-2.450.36291190.31412385X-RAY DIFFRACTION83
2.45-2.540.39711470.29092589X-RAY DIFFRACTION90
2.54-2.660.26961290.25072768X-RAY DIFFRACTION96
2.66-2.80.30211530.22192864X-RAY DIFFRACTION99
2.8-2.970.23631470.20142898X-RAY DIFFRACTION100
2.97-3.20.23151610.19412895X-RAY DIFFRACTION100
3.2-3.530.21241610.15282900X-RAY DIFFRACTION100
3.53-4.040.15641340.13122961X-RAY DIFFRACTION100
4.04-5.080.15231650.11362948X-RAY DIFFRACTION100
5.09-48.550.1981740.17263096X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.360.0989-0.54481.046-0.75970.751-0.04410.0175-0.0261-0.0076-0.04740.09-0.0163-0.00130.07590.2685-0.0305-0.02150.2413-0.0280.3487-13.7986-11.6364-51.6395
20.9593-0.2465-0.76991.6843-0.47541.3614-0.0578-0.0089-0.2168-0.0468-0.02030.12330.04050.03450.06580.2545-0.01-0.0070.27070.01370.3587-6.4745-19.4193-46.3574
31.5913-0.5809-0.65631.90840.42413.33480.0725-0.0370.00050.0671-0.08890.29510.3371-0.22040.04420.3228-0.05020.02920.32420.01580.4525-16.1894-29.6026-44.286
43.0008-0.9727-0.38762.0195-1.10861.6494-0.0244-0.0459-0.62760.04560.15950.45140.2609-0.3744-0.10120.3424-0.07410.04960.32510.01140.5434-21.8899-27.318-39.3925
51.4546-0.3075-0.12951.5638-0.64671.911-0.06410.1477-0.2259-0.1799-0.1380.23340.3285-0.21470.20.3741-0.0630.01080.346-0.06060.5583-32.5415-27.5073-48.9532
62.0635-0.3631-0.66991.5754-0.4432.06930.0040.0534-0.15040.0230.09320.29420.1089-0.1773-0.09230.2585-0.0359-0.00430.2777-0.02920.411-32.0481-13.4566-49.5003
72.8949-1.7209-1.67082.28771.56033.8050.07230.4051-0.005-0.2621-0.130.1639-0.0592-0.140.03430.2107-0.0618-0.05870.2846-0.00860.3225-21.8711-7.2885-61.7718
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 82 through 156 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 157 through 216 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 217 through 258 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 259 through 290 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 291 through 351 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 352 through 429 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 430 through 468 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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