PDB-9mqp: Crystal structure of Danio rerio histone deacetylase 6 catalytic ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9mqp

タイトル

Crystal structure of Danio rerio histone deacetylase 6 catalytic domain 2 complexed with SelSA

要素

Hdac6 protein

キーワード

HYDROLASE / histone deacetylase / selenol / inhibitor / metallohydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin deacetylase activity / swimming behavior / definitive hemopoiesis / protein lysine deacetylase activity / histone deacetylase activity / potassium ion binding / histone deacetylase complex / hematopoietic progenitor cell differentiation / epigenetic regulation of gene expression / angiogenesis / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Danio rerio (ゼブラフィッシュ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Goulart Stollmaier, J. / Czarnecki, B.A.R. / Christianson, D.W.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2025
タイトル: Mechanism-Based Inhibition of Histone Deacetylase 6 by a Selenocyanate Is Subject to Redox Modulation.
著者: Goulart Stollmaier, J. / Czarnecki, B.A.R. / Christianson, D.W.

履歴

登録	2025年1月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年3月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDBx/mmCIF形式	9mqp.cif.gz	318.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9mqp.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9mqp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/9mqp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/9mqp	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hdac6 protein

B: Hdac6 protein

ヘテロ分子

81.5 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Hdac6 protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
40.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Hdac6 protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.168, 54.190, 74.349
Angle α, β, γ (deg.)	73.051, 89.827, 82.907
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Hdac6 protein / Histone Deacetylase 6 分子量: 40285.484 Da / 分子数: 2 / 断片: catalytic domain 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: hdac6 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A7YT55

-
非ポリマー , 5種, 214分子

#2: 化合物	ChemComp-A1BNN / N-phenyl-6-selanylhexanamide 分子量: 270.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₇NOSe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.17 % / 解説: thin needles
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 10 mg/mL HDAC6 zCD2 protein, 0.09 M Bis-Tris (pH 6.0), 0.18 M potassium thiocyanate, 0.01 M cadmium chloride hydrate, 18% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年10月28日 / 詳細: KB bimorph mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→34.32 Å / Num. obs: 79465 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 2.1 % / B_iso Wilson estimate: 12.89 Å² / CC_1/2: 0.765 / R_merge(I) obs: 0.224 / R_pim(I) all: 0.194 / Net I/σ(I): 2.2
反射シェル	解像度: 2.15→2.22 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.565 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 6476 / CC_1/2: 0.624 / R_pim(I) all: 0.495 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
autoPROC	1.0.5 (20240123)	data processing
XDS	Jun 30, 2024 (BUILT 20241002)	データ削減
Aimless	0.7.9	データスケーリング
PHENIX	1.21.2_5419	精密化
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.15→34.32 Å / SU ML: 0.2853 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 22.981
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.24	1999	5.22 %
R_work	0.2255	65876	-
obs	0.2263	38151	89.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→34.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5426	0	44	204	5674

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0045	5636
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8081	7652
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0485	836
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0055	999
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.3221	2015

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.15-2.18	0.3549	125	0.2861	2494	X-RAY DIFFRACTION	85.37
2.18-2.21	0.2797	103	0.3043	2311	X-RAY DIFFRACTION	82.05
2.21-2.24	0.3007	125	0.2711	2284	X-RAY DIFFRACTION	82.05
2.24-2.27	0.2795	157	0.2772	2533	X-RAY DIFFRACTION	87.97
2.27-2.31	0.3105	131	0.2703	2538	X-RAY DIFFRACTION	90.78
2.31-2.35	0.2768	162	0.2795	2513	X-RAY DIFFRACTION	89.7
2.35-2.39	0.2885	132	0.2773	2580	X-RAY DIFFRACTION	89.5
2.39-2.43	0.3071	136	0.2545	2504	X-RAY DIFFRACTION	88.53
2.43-2.48	0.3036	162	0.2683	2429	X-RAY DIFFRACTION	87.18
2.48-2.53	0.2992	128	0.2567	2370	X-RAY DIFFRACTION	83.32
2.53-2.58	0.2568	141	0.2667	2429	X-RAY DIFFRACTION	86.77
2.58-2.64	0.2732	140	0.244	2625	X-RAY DIFFRACTION	92.85
2.64-2.71	0.2366	118	0.2485	2659	X-RAY DIFFRACTION	92.94
2.71-2.78	0.2721	155	0.2372	2588	X-RAY DIFFRACTION	92.98
2.78-2.86	0.265	151	0.2393	2666	X-RAY DIFFRACTION	93.03
2.86-2.96	0.2601	133	0.2328	2631	X-RAY DIFFRACTION	92.26
2.96-3.06	0.232	146	0.2263	2601	X-RAY DIFFRACTION	92.62
3.06-3.18	0.2196	148	0.2273	2628	X-RAY DIFFRACTION	92.53
3.18-3.33	0.2773	137	0.2105	2533	X-RAY DIFFRACTION	91.38
3.33-3.5	0.2158	139	0.2078	2570	X-RAY DIFFRACTION	90.42
3.5-3.72	0.1909	149	0.1843	2559	X-RAY DIFFRACTION	89.37
3.72-4.01	0.1603	120	0.1774	2379	X-RAY DIFFRACTION	83.41
4.01-4.41	0.1867	138	0.1773	2558	X-RAY DIFFRACTION	91.45
4.41-5.05	0.1798	143	0.1703	2526	X-RAY DIFFRACTION	90.35
5.05-6.36	0.2039	151	0.1877	2632	X-RAY DIFFRACTION	93.08
6.36-34.32	0.1702	156	0.1896	2736	X-RAY DIFFRACTION	96.4

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.912652727532	-0.377530809217	-0.0979341691951	0.611920206313	0.224167494236	0.659198286191	0.0283635367516	-0.0320587069019	-0.0779447889645	-0.0269128902725	-0.0474333089588	0.0690570759024	0.109992899021	-0.0558099453231	0.0138327929751	0.0742665767593	-0.0173113506459	-0.0156372300669	0.08762339354	0.00291183892861	0.091389118281	-19.8239137685	9.81983209205	25.2636907739
2	1.03705998126	0.294564955678	0.125795830724	0.498667080522	-0.0515953326479	0.949264243739	-0.00107936204056	-0.0236530472152	0.0216016719755	0.0215095899417	0.0122439364447	-0.0639311443956	-0.011515146926	0.0391908719735	-0.0137077990659	0.0739573762309	-0.000894190038767	0.000177434623443	0.0820898830491	-0.0098898692915	0.0892577845358	-4.68827318607	22.1490925512	28.2308127055
3	1.31945765858	-0.393963662902	0.712037943221	1.39754880479	-0.266000248854	1.37360232972	0.074675083782	-0.0381934908024	-0.0173040311046	0.0404855173074	0.0100056730378	0.224025647702	-0.134861508	-0.0167938777349	-0.101776184823	0.092740434994	-0.0134204737023	0.0202737801254	0.180386585031	0.0679328933357	0.134985044835	-49.2576242905	40.549434294	58.4256734511
4	0.527016651372	0.0545413244249	-0.00630507744891	0.663311202136	0.0633786353122	0.814049571515	0.0559772266093	-0.134936856291	0.0403811968434	0.00778972824326	-0.172589389157	-0.000867126623758	-0.0295634775307	-0.086418127812	0.103392350083	0.0539549404666	-0.0182285555024	-0.00189902195059	0.129789313307	0.00877029990259	0.0902100301614	-43.8348927302	43.0917619955	63.905762587
5	0.591034605272	-0.102943241932	0.20723473329	0.650613536709	0.393562727187	1.19068556136	0.0481695207252	0.079178414132	0.039486974138	-0.0400471977154	-0.033266057554	-0.0489379473179	-0.0216623798735	0.12855085083	-0.0190992337283	0.0857152658237	-0.00722273475275	0.00318841789313	0.129940840118	0.0051515222331	0.0887775731539	-31.7540391764	39.8797990995	56.0531852747
6	0.715444123562	-0.139566067836	-0.272462692758	0.418547654212	-0.2601996473	0.454175766886	0.041390655626	-0.00342069760903	-0.011051161512	0.0904579369019	0.0210834927183	-0.0486734439473	0.109533572162	0.122682172382	-0.0460140748399	0.0841580096549	0.000388845843161	-0.00831111125843	0.175605363963	-0.0453346539726	0.133101815306	-30.7293225681	26.6933156451	60.2221115958

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 442 through 577 )	A	A	442 - 577	1 - 136
2	2	chain 'A' and (resid 578 through 797 )	A	A	578 - 797	137 - 353
3	3	chain 'B' and (resid 442 through 466 )	B	D	442 - 466	1 - 25
4	4	chain 'B' and (resid 467 through 516 )	B	D	467 - 516	26 - 75
5	5	chain 'B' and (resid 517 through 684 )	B	D	517 - 684	76 - 243
6	6	chain 'B' and (resid 685 through 797 )	B	D	685 - 797	244 - 350

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