PDB-9mpy: Structure of Saro_1862, a UPF0261 domain protein from Novosphingo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9mpy

タイトル

Structure of Saro_1862, a UPF0261 domain protein from Novosphingobium aromaticivorans with bound acetovanillone

要素

UPF0261 domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE / UPF0261 domain

機能・相同性

Uncharacterised protein family UPF0261 / UPF0261 domain / : / Uncharacterised protein family (UPF0261) N-terminal domain / Uncharacterised protein family (UPF0261) C-terminal domain / : / CITRIC ACID / 1-(4-hydroxy-3-methoxyphenyl)ethanone / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.58 Å

データ登録者

Bingman, C.A. / Hall, B.W. / Fox, B.G. / Donohue, T.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: MarK, a Novosphingobium aromaticivorans kinase required for catabolism of multiple aromatic monomers.
著者: Hall, B.W. / Neri, J.C. / Bingman, C.A. / Vilbert, A.C. / Eckmann, J.B. / Myers, K.S. / Sibert, B.S. / Wright, E.R. / Fox, B.G. / Kiley, P.J. / Noguera, D.R. / Donohue, T.J.

履歴

登録	2025年1月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年9月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/9mpy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/9mpy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UPF0261 domain-containing protein

B: UPF0261 domain-containing protein

ヘテロ分子

86.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.911, 96.421, 110.513
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	UPF0261 domain-containing protein 分子量: 42682.516 Da / 分子数: 2 / 変異: E16K / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444 (バクテリア) 遺伝子: Saro_1862 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2G771
#2: 化合物	ChemComp-I75 / 1-(4-hydroxy-3-methoxyphenyl)ethanone 分子量: 166.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₀O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID 分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 883 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1.0M sodium citrate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS-II

/ ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.920105 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.920105 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.58→47.94 Å / Num. obs: 124484 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 20.24 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.13 / R_rim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 8.71

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
1.58-1.62	1.495	9116	0.446	1.616	1
1.62-1.67	1.27	8900	0.601	1.36	1
1.67-1.71	1.029	8642	0.687	1.102	1
1.71-1.77	0.858	8407	0.765	0.919	1
1.77-1.82	0.688	8121	0.832	0.737	1
1.82-1.89	0.533	7926	0.9	0.572	1
1.89-1.96	0.411	7587	0.931	0.441	1
1.96-2.04	0.315	7367	0.956	0.34	1
2.04-2.13	0.252	7027	0.971	0.27	1
2.13-2.23	0.208	6756	0.979	0.223	1
2.23-2.36	0.179	6441	0.984	0.192	1
2.36-2.5	0.153	6081	0.989	0.164	1
2.5-2.67	0.134	5741	0.991	0.144	1
2.67-2.88	0.112	5335	0.993	0.12	1
2.88-3.16	0.092	4958	0.994	0.099	1
3.16-3.53	0.077	4477	0.996	0.083	1
3.53-4.08	0.067	3989	0.996	0.072	1
4.08-5	0.062	3410	0.997	0.067	1
5-7.07	0.066	2663	0.997	0.07	1
7.07-50	0.057	1540	0.995	0.061	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.2_5419	精密化
XSCALE	VERSION Jun 30, 2024 BUILT=20241002)	データスケーリング
XDS	VERSION Jun 30, 2023 BUILT=20230630	データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.58→47.94 Å / SU ML: 0.2031 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.0016
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1811	2000	1.59 %
R_work	0.1543	123819	-
obs	0.1547	124484	99.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.58→47.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5918	0	53	883	6854

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	6271
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2766	8534
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0854	965
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0133	1146
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.7823	2298

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.58-1.61	0.4089	100	0.3219	8562	X-RAY DIFFRACTION	97.28
1.61-1.66	0.2825	200	0.2654	8691	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.66-1.7	0.2829	100	0.2327	8817	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.7-1.76	0.2442	200	0.2031	8748	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.82	0.2396	100	0.1913	8818	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.9	0.2084	100	0.1741	8837	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.9-1.98	0.2003	200	0.1771	8764	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.09	0.2101	100	0.1479	8861	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.09-2.22	0.1503	200	0.1391	8781	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.22-2.39	0.1771	100	0.1374	8885	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.63	0.1586	200	0.1446	8829	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.63-3.01	0.1872	100	0.1555	8965	X-RAY DIFFRACTION	99.99
3.01-3.79	0.1652	113	0.1363	9008	X-RAY DIFFRACTION	99.99
3.79-47.94	0.1576	187	0.1332	9253	X-RAY DIFFRACTION	99.85

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.5669967428	-1.2060343997	0.0317952155615	5.07980386925	0.614082592781	5.82355837111	-0.0286466105074	0.0821817191776	-0.0134228917756	-0.0858961648315	-0.0446847120766	0.388538105031	-0.125060744305	-0.334247507362	0.0864185797804	0.150062341455	-0.000108843380388	-0.0084861023379	0.124817423702	0.0165878623488	0.0544714694144	-27.0281422689	99.1570100483	11.0237807864
2	0.75965844972	-0.0451320617066	0.311593233665	1.19650194803	0.0513081521089	1.53662340987	-0.0208148265513	-0.00574420094622	-0.0762446665855	-0.0241042450159	0.02568777939	0.139838419443	0.0570031729962	-0.113833674865	-0.00496991650854	0.15840875868	-0.00763847121258	0.00559971335919	0.177641342278	0.00111209051617	0.135747678897	-24.0497716401	86.9607434901	8.62913218283
3	2.17727876599	2.57326740426	-1.77899294387	5.45319520879	-0.425592009251	3.83794722119	-0.120787353257	0.251230051067	0.401678270633	-0.0217095279098	0.0834492843918	0.887221201989	-0.0121681533648	-0.781394001651	0.0550602141879	0.210630053621	0.00947912091726	0.00120936653132	0.29242971674	-0.00442325129646	0.171591035673	-32.0609193684	96.6697754895	22.0146120885
4	0.854445397093	-0.594433038763	-0.0569212913543	2.38647459515	0.589638756079	0.776642095026	-0.0321822053412	-0.0996026023019	0.0878687809731	0.153660921318	0.0703069544494	-0.0904177828691	0.0125705726424	0.137205347934	-0.0519624992399	0.128701846769	0.00316468023316	0.00767789899711	0.183435956403	-0.0154723573539	0.135829058108	-9.47162137149	76.9489443184	14.3351447591
5	1.95022102753	0.524058333133	0.404049117475	1.13653004907	0.247898646619	0.867471076457	-0.0470680811492	0.141329386229	-0.20553922853	-0.0262546161184	0.0720915111693	-0.0390613112712	0.0525283545248	0.0121946144828	-0.0238523964196	0.137193825805	0.0111397663074	0.0193747945296	0.149320058054	-0.024185600201	0.164174496006	-12.36173937	62.3812952126	3.54396439443
6	0.941962804993	-0.0447737401214	-0.382725304012	0.416355579716	0.229134596504	2.1518398323	-0.012970739759	-0.0369864397188	-0.115371126386	0.0695590566924	-0.0114124622046	-0.0288799794382	0.164677297595	0.0826359148354	0.0433786654794	0.189550616517	0.00707047147142	-0.00683248466148	0.149884221059	0.00347993790355	0.119993721651	-22.1384183611	88.814448357	40.1100075909
7	1.19911198621	0.0872127945392	0.108791699969	1.86000016499	-0.222052183045	0.843488245918	0.0359070481602	-0.00692409809653	-0.108820296055	-0.0251673372789	0.0121811891343	0.0715906603706	0.0549713153152	0.000480189765375	-0.0532935182979	0.141730659896	0.00699880925097	-0.00280486133509	0.139788707448	-0.00281999417686	0.161442384413	-50.2228086469	81.6082185216	43.0601869511

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 4 through 37 )	A	A	4 - 37	1 - 34
2	2	chain 'A' and (resid 38 through 148 )	A	A	38 - 148	35 - 145
3	3	chain 'A' and (resid 149 through 176 )	A	A	149 - 176	146 - 173
4	4	chain 'A' and (resid 177 through 234 )	A	A	177 - 234	174 - 231
5	5	chain 'A' and (resid 235 through 404 )	A	A	235 - 404	232 - 401
6	6	chain 'B' and (resid 4 through 176 )	B	D	4 - 176	1 - 173
7	7	chain 'B' and (resid 177 through 406 )	B	D	177 - 406	174 - 403

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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