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- PDB-9mpc: Crystal structure of the HIV V2-apex-targeting antibody RM018 fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mpc
タイトルCrystal structure of the HIV V2-apex-targeting antibody RM018 from macaque
要素
  • Fab heavy chain
  • Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / HIV-1 / Germline-targeting vaccination / ApexGT6 / V2-apex antibody
生物種Macaca (オナガザル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Agrawal, S. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
International AIDS Vaccine InitiativeINV-034657 米国
International AIDS Vaccine InitiativeINV-064772 米国
引用ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2025
タイトル: HIV broadly neutralizing antibody precursors to the Apex epitope induced in nonhuman primates.
著者: Krystal M Ma / Henry J Sutton / Payal P Pratap / Jon M Steichen / Diane Carnathan / James Quinn / Oleksandr Kalyuzhniy / Alessia Liguori / Sashank Agrawal / Sabyasachi Baboo / Patrick Madden ...著者: Krystal M Ma / Henry J Sutton / Payal P Pratap / Jon M Steichen / Diane Carnathan / James Quinn / Oleksandr Kalyuzhniy / Alessia Liguori / Sashank Agrawal / Sabyasachi Baboo / Patrick Madden / Christopher A Cottrell / Jordan R Willis / Jeong-Hyun Lee / Elise Landais / Xiaozhen Hu / Parham Ramezani-Rad / Gabriel Ozorowski / Vanessa R Lewis / Jolene K Diedrich / Xiaoya Zhou / Tasha K Altheide / Nicole Phelps / Erik Georgeson / Nushin B Alavi / Danny Lu / Saman Eskandarzadeh / Michael Kubitz / Yumiko Adachi / Tina-Marie Mullen / Murillo Silva / Mariane B Melo / Sunny Himansu / Darrell J Irvine / Dennis R Burton / John R Yates / James C Paulson / Devin Sok / Ian A Wilson / Guido Silvestri / Andrew B Ward / Shane Crotty / William R Schief /
要旨: An effective prophylactic HIV vaccine will likely need to induce broadly neutralizing antibodies (bnAbs). bnAbs to the Apex region of the HIV envelope glycoprotein (Env) are promising targets for ...An effective prophylactic HIV vaccine will likely need to induce broadly neutralizing antibodies (bnAbs). bnAbs to the Apex region of the HIV envelope glycoprotein (Env) are promising targets for vaccination because of their relatively low somatic hypermutation compared with other bnAbs. Most Apex bnAbs engage Env using an exceptionally long heavy-chain complementarity-determining region 3 (HCDR3) containing specific binding motifs, which reduces bnAb precursor frequency and makes priming of rare bnAb precursors a likely limiting step in the path to Apex bnAb induction. We found that adjuvanted protein or mRNA lipid nanoparticle (LNP) immunization of rhesus macaques with ApexGT6, an Env trimer engineered to bind Apex bnAb precursors, consistently induced Apex bnAb-related precursors with long HCDR3s bearing bnAb-like sequence motifs. Cryo-electron microscopy revealed that elicited Apex bnAb-related HCDR3s had structures combining elements of several prototype Apex bnAbs. These results achieve a critical HIV vaccine development milestone in outbred primates.
履歴
登録2024年12月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年9月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Fab heavy chain
L: Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6385
ポリマ－48,3622
非ポリマー2763
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3900 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area20000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.702, 118.702, 194.418
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Space group name HallI42

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要素

#1: 抗体 Fab heavy chain


分子量: 25377.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca (オナガザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Fab light chain


分子量: 22984.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca (オナガザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.16 M Zinc acetate 0.108 M Sodium cacodylate pH 6.5 14.4% PEG 8000, 20% Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年8月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→30 Å / Num. obs: 10810 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15.5 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 3.3→3.36 Å / Num. unique obs: 519 / CC1/2: 0.618

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.3→29.71 Å / SU ML: 0.4925 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 28.8901
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3073 1067 10 %
Rwork0.249 9601 -
obs0.2547 10668 98.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 72.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→29.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3281 0 18 0 3299
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00223374
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.49024604
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0422528
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004581
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.64721188
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3-3.450.37671270.33651143X-RAY DIFFRACTION97.47
3.45-3.630.31581280.3051156X-RAY DIFFRACTION97.49
3.63-3.860.34171320.28621182X-RAY DIFFRACTION98.21
3.86-4.150.3041320.25761185X-RAY DIFFRACTION98.8
4.16-4.570.25741330.22471198X-RAY DIFFRACTION99.18
4.57-5.230.29061330.20871195X-RAY DIFFRACTION99.03
5.23-6.570.32931370.24631236X-RAY DIFFRACTION99.64
6.58-29.710.29761450.23441306X-RAY DIFFRACTION99.59

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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