PDB-9moq: Cryo-EM of F-pilus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9moq

タイトル

Cryo-EM of F-pilus

要素

Pilin

キーワード

PROTEIN FIBRIL / Helical / lipid

機能・相同性

TraA / TraA / extracellular region / plasma membrane / 1-MYRISTOYL-2-MYRISTOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / Pilin

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Sonani, R.R. / Francetic, O. / Lejeune, M. / Izadi-Pruneyre, N. / Egelman, E.H.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM of F-pilus
著者: Sonani, R.R.

履歴

登録	2024年12月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9moq.cif.gz	27.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9moq.ent.gz	15.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9moq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9moq_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9moq_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	9moq_validation.xml.gz	21.3 KB	表示
CIF形式データ	9moq_validation.cif.gz	28.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/9moq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/9moq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	48478MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pilin

ヘテロ分子

13.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pilin

ヘテロ分子

x 50

representative helical assembly
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
669 kDa, 50 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

登録構造と同一
helical asymmetric unit

対称性

らせん対称: (回転対称性: 5 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 10 / Rise per n subunits: 13.366 Å / Rotation per n subunits: 28.094 °)

#1: タンパク質	Pilin / F-pilin 分子量: 12780.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04737
#2: 化合物	ChemComp-X41 / 1-MYRISTOYL-2-MYRISTOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE 分子量: 589.761 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₁H₅₈O₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: F-pilus / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
分子量	実験値: NO
由来(天然)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液	pH: 7.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: OTHER / 最大デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影	電子線照射量: 40 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / カテゴリ: モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

らせん対称

回転角度/サブユニット: 28.094 ° / 軸方向距離/サブユニット: 13.366 Å / らせん対称軸の対称性: C5

3次元再構成

解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 89344 / 対称性のタイプ: HELICAL

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.007	581
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.718	841
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	5.052	311
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.045	85
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.005	78

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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