PDB-9moj: Saccharolobus solfataricus GINS tetramer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9moj

タイトル

Saccharolobus solfataricus GINS tetramer

要素

GINS subunit domain-containing protein
SsoGINS51

キーワード

REPLICATION / GINS / DNA replication

機能・相同性

GINS complex, subunit Psf3 superfamily / GINS subunit, domain A / GINS complex protein helical bundle domain / GINS subunit domain-containing protein / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Enemark, E.J. / Shankar, S.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R35GM136313	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	P20GM152281	米国

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2025
タイトル: Structure of the Saccharolobus solfataricus GINS tetramer.
著者: Shankar, S. / Enemark, E.J.

履歴

登録	2024年12月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年4月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9moj.cif.gz	333.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9moj.ent.gz	229.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9moj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9moj_validation.pdf.gz	442.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9moj_full_validation.pdf.gz	447.7 KB	表示
XML形式データ	9moj_validation.xml.gz	25.4 KB	表示
CIF形式データ	9moj_validation.cif.gz	32.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/9moj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/9moj	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SsoGINS51

B: SsoGINS51

C: GINS subunit domain-containing protein

D: GINS subunit domain-containing protein

77 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	180.236, 180.236, 51.203
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃
Space group name Hall	P6c
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/2 #3: y,-x+y,z+1/2 #4: -y,x-y,z #5: -x+y,-x,z #6: -x,-y,z+1/2

#1: タンパク質	SsoGINS51 分子量: 17836.936 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌) 遺伝子: SSO1049 / プラスミド: pEE093 詳細 (発現宿主): pET-duet construct of GINS51/GINS23 both untagged 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -RIPL / 参照: UniProt: Q97Z82
#2: タンパク質	GINS subunit domain-containing protein 分子量: 20648.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌) 遺伝子: Ssol_1833 / プラスミド: pEE093 詳細 (発現宿主): pET-duet construct of GINS51/GINS23 both untagged 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -RIPL / 参照: UniProt: D0KTH8
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.57 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.18 M tri-Ammonium citrate 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 42463 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 37.3 % / B_iso Wilson estimate: 52.69 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.084 / R_rim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 34.5
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 19 % / R_merge(I) obs: 1.091 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1957 / CC_1/2: 0.817 / R_rim(I) all: 1.116 / % possible all: 91.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.2_5419	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→31.22 Å / SU ML: 0.299 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.5111
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2428	1904	4.88 %
R_work	0.2199	37080	-
obs	0.2211	38984	91.09 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 79.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→31.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5304	0	0	5	5309

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0016	5370
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.3859	7216
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0386	856
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0026	892
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.2104	2118

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.36	0.3716	112	0.3043	2256	X-RAY DIFFRACTION	78.1
2.36-2.42	0.3012	120	0.2775	2389	X-RAY DIFFRACTION	82.72
2.42-2.49	0.2611	110	0.2778	2496	X-RAY DIFFRACTION	86.06
2.49-2.57	0.2959	146	0.2656	2530	X-RAY DIFFRACTION	87.82
2.57-2.66	0.3051	128	0.2772	2599	X-RAY DIFFRACTION	90.57
2.66-2.77	0.3007	133	0.271	2656	X-RAY DIFFRACTION	92.14
2.77-2.9	0.2826	116	0.2725	2698	X-RAY DIFFRACTION	92.54
2.9-3.05	0.2875	162	0.2681	2692	X-RAY DIFFRACTION	93.51
3.05-3.24	0.3173	123	0.2821	2796	X-RAY DIFFRACTION	95.64
3.24-3.49	0.2895	135	0.2581	2799	X-RAY DIFFRACTION	96.58
3.49-3.84	0.2584	144	0.2261	2819	X-RAY DIFFRACTION	96.58
3.84-4.39	0.225	166	0.2	2848	X-RAY DIFFRACTION	97.73
4.39-5.53	0.2093	156	0.1855	2805	X-RAY DIFFRACTION	96.01
5.53-31.22	0.1818	153	0.1627	2697	X-RAY DIFFRACTION	89.09

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.05549554588	0.705553330107	-0.00390216100206	1.32648642996	0.0469868206686	-0.037974977004	-0.546463532056	-0.193761897328	0.453749118916	0.473598399873	0.38823620927	0.362537132763	-1.00204990003	-0.665922257956	0.000398984119815	0.741787815964	0.107119061847	-0.164111979445	0.634710967948	0.0252760240028	0.728992955789	-12.4228939414	-51.7513314781	0.909597429076
2	0.639169799298	-0.720201796206	-0.497658284827	0.880235620949	0.315578998458	0.594257513054	-0.130589260496	0.502552448641	0.414691309411	-0.132854439138	-0.0731270529558	-0.287367976627	0.331502054481	0.162892175938	-0.0190125634815	0.502473778124	-0.0820788804236	-0.160696129017	0.656389431997	0.1439381366	0.555672936109	-5.53161978254	-57.148524448	-5.39625450305
3	0.031013044882	-0.0131796082068	0.364220996495	0.0325388426753	-0.0984630144824	0.800770831791	-0.389179096021	-0.0741602215084	0.0436359560418	0.938757839485	0.453536821548	0.189891927646	0.0870428067937	-0.279293338106	-0.0240961404917	0.419888739798	0.135165173688	-0.026351582667	0.369524441004	0.0271856285237	0.483155532022	-6.75075624726	-72.6953506415	8.75726770997
4	1.53483994237	-0.315979950572	-0.293906916282	2.3345410371	-1.17959074612	1.60336072205	-0.215003408369	0.304418963738	0.0649561686757	-0.226347493553	0.319697098675	0.905059834581	0.353425535117	-0.160510306915	-0.00527050836943	0.404972549895	-0.0535759519144	-0.102479866528	0.468604909224	0.0372439603458	0.606684011121	-13.3214044332	-90.1732605865	4.02284124168
5	0.529186916502	0.183557214347	0.0131602022093	0.498435733812	0.566672284594	0.562857377725	-0.0681561578418	0.903864702719	-0.386019728835	-0.94596073444	-0.120722978412	-0.857641874362	0.232344038272	0.671491179705	-4.08987182437E-5	0.571761221871	-0.0113237234018	-0.0515178848152	0.540345370824	0.0432505610688	0.612315561865	12.4538480049	-80.2874985325	1.55950315998
6	0.215467982211	0.266090109274	0.391346471761	0.67344017994	0.434311020371	0.571862261291	0.227875124296	0.0672024790615	-0.0635530353806	-0.208619708059	-0.685849402813	-0.18423126933	0.106837238965	1.05370160417	-0.0017682806008	0.517789007127	-0.0400940497886	0.0562709114422	0.491593011279	0.0615556857316	0.654841347747	6.01356108376	-95.2552102268	9.62105592296
7	0.909804786595	-0.133553658384	0.163312509402	0.438254207644	0.167268681908	0.567626365099	-0.289251582248	-0.288540508318	0.136628715993	0.614492373512	0.0111844272461	-0.143313659344	-0.201780128434	-0.35022844797	1.78719371631E-5	0.484843777702	-0.0231931389617	-0.0648314350043	0.436148321071	-0.0279952435733	0.330688473882	6.06350530315	-80.5701668138	12.155437518
8	-0.0100200199937	0.0207988610427	-0.0753198275086	0.0228944308591	-0.123110658503	0.395959726049	0.210779406746	0.258946691357	0.512136338189	-0.651733891133	-0.0919189512479	-0.0515450117718	0.00772892548186	-0.211030023586	-0.000173119069852	0.404799127719	0.0143503275724	-0.10699427849	0.397117647568	-0.00209106303338	0.565690545558	-4.77689425581	-72.0456553793	-4.02606378462
9	1.06898903494	0.352132837691	-0.843978156117	0.581595391368	-0.519820776051	0.72095429274	0.0296162502679	0.208332998739	0.0677294808225	-0.31244752837	0.3314485698	1.58699814913	0.108137022533	-0.516080330461	0.425981334927	0.4727734536	-0.0511216367207	-0.255771539167	0.668001839604	0.207415318585	1.10361848045	-24.5800342352	-71.7499381476	-3.17579723346
10	0.0955217600991	0.507381728404	0.323448951401	2.89429144585	1.87186980163	1.20908543786	0.429805381275	0.529584488391	-0.301383992593	-1.38777425963	-0.199388734785	-0.483220071079	-0.532861972162	0.708899547458	0.793217594737	0.871952524402	0.102014250946	-0.221136148503	0.894392357068	0.301951926844	0.990915720275	-20.6349710371	-61.0132374401	-15.1816471227
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 38 )	AAAA	A	1 - 38	1 - 38
2	2	chain 'A' and (resid 39 through 66 )	AAAA	A	39 - 66	39 - 66
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4	4	chain 'A' and (resid 93 through 148 )	AAAA	A	93 - 148	93 - 148
5	5	chain 'B' and (resid 1 through 19 )	BBBB	B	1 - 19	1 - 19
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7	7	chain 'B' and (resid 39 through 66 )	BBBB	B	39 - 66	39 - 66
8	8	chain 'B' and (resid 67 through 92 )	BBBB	B	67 - 92	67 - 92
9	9	chain 'B' and (resid 93 through 142 )	BBBB	B	93 - 142	93 - 142
10	10	chain 'B' and (resid 143 through 148 )	BBBB	B	143 - 148	143 - 148
11	11	chain 'C' and (resid 1 through 15 )	CCCC	C	1 - 15	1 - 15
12	12	chain 'C' and (resid 16 through 56 )	CCCC	C	16 - 56	16 - 56
13	13	chain 'C' and (resid 57 through 80 )	CCCC	C	57 - 80	57 - 80
14	14	chain 'C' and (resid 81 through 94 )	CCCC	C	81 - 94	81 - 94
15	15	chain 'C' and (resid 95 through 111 )	CCCC	C	95 - 111	95 - 111
16	16	chain 'C' and (resid 112 through 142 )	CCCC	C	112 - 142	112 - 142
17	17	chain 'C' and (resid 143 through 154 )	CCCC	C	143 - 154	143 - 154
18	18	chain 'C' and (resid 155 through 176 )	CCCC	C	155 - 176	155 - 176
19	19	chain 'D' and (resid 1 through 15 )	DDDD	D	1 - 15	1 - 15
20	20	chain 'D' and (resid 16 through 67 )	DDDD	D	16 - 67	16 - 67
21	21	chain 'D' and (resid 68 through 94 )	DDDD	D	68 - 94	68 - 94
22	22	chain 'D' and (resid 95 through 142 )	DDDD	D	95 - 142	95 - 142
23	23	chain 'D' and (resid 143 through 154 )	DDDD	D	143 - 154	143 - 154
24	24	chain 'D' and (resid 155 through 174 )	DDDD	D	155 - 174	155 - 174

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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