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- PDB-9mo0: Cryo-EM structure of human MPC in complex with AKOS005153046 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mo0
タイトルCryo-EM structure of human MPC in complex with AKOS005153046
要素
  • (Mitochondrial pyruvate carrier ...) x 2
  • Fab_8D3_2 heavy chain
  • Fab_8D3_2 light chain
  • MBP-PrA/G
  • Nanobody
キーワードTRANSPORT PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Membrane transporter / TRANSPORT PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate import into mitochondria / inner mitochondrial membrane protein complex / pyruvate transmembrane transporter activity / pyruvate decarboxylation to acetyl-CoA / Pyruvate metabolism / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / mitochondrial inner membrane / mitochondrion / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial pyruvate carrier / Mitochondrial pyruvate carriers
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Mitochondrial pyruvate carrier 2 / Mitochondrial pyruvate carrier 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.83 Å
データ登録者Zhang, J. / He, Z. / Feng, L.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
Stanford University 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: Structure of mitochondrial pyruvate carrier and its inhibition mechanism.
著者: Zheng He / Jianxiu Zhang / Yan Xu / Eve J Fine / Carl-Mikael Suomivuori / Ron O Dror / Liang Feng /
要旨: The mitochondrial pyruvate carrier (MPC) governs the entry of pyruvate-a central metabolite that bridges cytosolic glycolysis with mitochondrial oxidative phosphorylation-into the mitochondrial ...The mitochondrial pyruvate carrier (MPC) governs the entry of pyruvate-a central metabolite that bridges cytosolic glycolysis with mitochondrial oxidative phosphorylation-into the mitochondrial matrix. It thus serves as a pivotal metabolic gatekeeper and has fundamental roles in cellular metabolism. Moreover, MPC is a key target for drugs aimed at managing diabetes, non-alcoholic steatohepatitis and neurodegenerative diseases. However, despite MPC's critical roles in both physiology and medicine, the molecular mechanisms underlying its transport function and how it is inhibited by drugs have remained largely unclear. Here our structural findings on human MPC define the architecture of this vital transporter, delineate its substrate-binding site and translocation pathway, and reveal its major conformational states. Furthermore, we explain the binding and inhibition mechanisms of MPC inhibitors. Our findings provide the molecular basis for understanding MPC's function and pave the way for the development of more-effective therapeutic reagents that target MPC.
履歴
登録2024年12月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update
改定 1.22025年5月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin / em_software
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年5月14日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata
Group: Data processing / Database references / Experimental summary
Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / em_admin / em_software
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Fab_8D3_2 heavy chain
E: Fab_8D3_2 light chain
C: Nanobody
B: Mitochondrial pyruvate carrier 2
A: Mitochondrial pyruvate carrier 1
F: MBP-PrA/G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,7957
ポリマ－159,5106
非ポリマー2841
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Mitochondrial pyruvate carrier ... , 2種, 2分子 BA

#4: タンパク質 Mitochondrial pyruvate carrier 2 / Brain protein 44


分子量: 14298.876 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MPC2, BRP44 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95563
#5: タンパク質 Mitochondrial pyruvate carrier 1 / Brain protein 44-like protein


分子量: 13094.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MPC1, BRP44L, CGI-129, HSPC040, PNAS-115 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y5U8

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抗体 , 3種, 3分子 DEC

#1: 抗体 Fab_8D3_2 heavy chain


分子量: 28833.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Fab_8D3_2 light chain


分子量: 27359.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Nanobody


分子量: 16690.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 2分子 F

#6: タンパク質 MBP-PrA/G


分子量: 59233.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#7: 化合物 ChemComp-A1IL4 / (~{E})-2-cyano-3-[5-(2-nitrophenyl)furan-2-yl]prop-2-enoic acid


分子量: 284.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H8N2O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: human MPC with AKOS / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 321609 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 2.83 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01610284
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.34113956
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.3031390
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0791529
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.011786

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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