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- PDB-9mni: CGRP Receptor in complex with dC2_050 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mni
タイトルCGRP Receptor in complex with dC2_050
要素
  • Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor
  • De novo designed minibinder - dC2_050
  • Receptor activity-modifying protein 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / de novo protein design
機能・相同性
機能・相同性情報


calcitonin gene-related peptide binding / cellular response to sucrose stimulus / adrenomedullin binding / CGRP receptor complex / : / adrenomedullin receptor activity / adrenomedullin receptor complex / adrenomedullin receptor signaling pathway / amylin receptor activity / calcitonin receptor activity ...calcitonin gene-related peptide binding / cellular response to sucrose stimulus / adrenomedullin binding / CGRP receptor complex / : / adrenomedullin receptor activity / adrenomedullin receptor complex / adrenomedullin receptor signaling pathway / amylin receptor activity / calcitonin receptor activity / calcitonin gene-related peptide receptor signaling pathway / vascular associated smooth muscle cell proliferation / calcitonin gene-related peptide receptor activity / amylin receptor 1 signaling pathway / amylin receptor signaling pathway / Calcitonin-like ligand receptors / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / cellular response to hormone stimulus / coreceptor activity / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / protein localization to plasma membrane / intracellular protein transport / G protein-coupled receptor activity / receptor internalization / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / calcium ion transport / protein transport / heart development / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / angiogenesis / G alpha (s) signalling events / cell surface receptor signaling pathway / lysosome / receptor complex / endosome / G protein-coupled receptor signaling pathway / cell surface / endoplasmic reticulum / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 2, calcitonin gene-related peptide, type 1 receptor / Receptor activity modifying protein / RAMP domain superfamily / Receptor activity modifying family / GPCR, family 2, calcitonin receptor family / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors ...GPCR, family 2, calcitonin gene-related peptide, type 1 receptor / Receptor activity modifying protein / RAMP domain superfamily / Receptor activity modifying family / GPCR, family 2, calcitonin receptor family / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
Receptor activity-modifying protein 1 / Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.06 Å
データ登録者Cao, J. / Cary, B.P. / Belousoff, M.J. / Wootten, D.L.
資金援助 オーストラリア, 4件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1150083 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)DP210101504 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)2026300 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)IC200100052 オーストラリア
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: design of miniprotein agonists and antagonists targeting G protein-coupled receptors.
著者: Edin Muratspahić / David Feldman / David E Kim / Xiangli Qu / Ana-Maria Bratovianu / Paula Rivera-Sánchez / Federica Dimitri / Jason Cao / Brian P Cary / Matthew J Belousoff / Peter Keov / ...著者: Edin Muratspahić / David Feldman / David E Kim / Xiangli Qu / Ana-Maria Bratovianu / Paula Rivera-Sánchez / Federica Dimitri / Jason Cao / Brian P Cary / Matthew J Belousoff / Peter Keov / Qingchao Chen / Yue Ren / Justyn Fine / Isaac Sappington / Thomas Schlichthaerle / Jason Z Zhang / Arvind Pillai / Ljubica Mihaljević / Magnus Bauer / Susana Vázquez Torres / Amir Motmaen / Gyu Rie Lee / Long Tran / Xinru Wang / Inna Goreshnik / Dionne K Vafeados / Justin E Svendsen / Parisa Hosseinzadeh / Nicolai Lindegaard / Matthäus Brandt / Yann Waltenspühl / Kristine Deibler / Luke Oostdyk / William Cao / Lakshmi Anantharaman / Lance Stewart / Lauren Halloran / Jamie B Spangler / Patrick M Sexton / Bryan L Roth / Brian E Krumm / Denise Wootten / Christopher G Tate / Christoffer Norn / David Baker /
要旨: G protein-coupled receptors (GPCRs) play key roles in physiology and are central targets for drug discovery and development, yet the design of protein agonists and antagonists has been challenging as ...G protein-coupled receptors (GPCRs) play key roles in physiology and are central targets for drug discovery and development, yet the design of protein agonists and antagonists has been challenging as GPCRs are integral membrane proteins and conformationally dynamic. Here we describe computational design methods and a high throughput "receptor diversion" microscopy-based screen for generating GPCR binding miniproteins with high affinity, potency and selectivity, and the use of these methods to generate MRGPRX1 agonists and CXCR4, GLP1R, GIPR, GCGR and CGRPR antagonists. Cryo-electron microscopy data reveals atomic-level agreement between designed and experimentally determined structures for CGRPR-bound antagonists and MRGPRX1-bound agonists, confirming precise conformational control of receptor function. Our design and screening approach opens new frontiers in GPCR drug discovery and development.
履歴
登録2024年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Receptor activity-modifying protein 1
R: Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor
A: De novo designed minibinder - dC2_050


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,2343
ポリマ－81,2343
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Receptor activity-modifying protein 1 / Calcitonin-receptor-like receptor activity-modifying protein 1 / CRLR activity-modifying protein 1


分子量: 17066.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAMP1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O60894
#2: タンパク質 Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor / CGRP type 1 receptor / Calcitonin receptor-like receptor


分子量: 56274.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CALCRL, CGRPR / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q16602
#3: タンパク質 De novo designed minibinder - dC2_050


分子量: 7892.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of RAMP1, CLR, and de novo minibinder dC2_50
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.08 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 6.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 4.89 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5887

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1crYOLO粒子像選択
2PHENIX1.21.2_5419:モデル精密化
3EPU画像取得
5CTFFIND4.1.14CTF補正
10cryoSPARC4.6.0初期オイラー角割当
11cryoSPARC4.6.0最終オイラー角割当
13cryoSPARC4.6.0３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 4782642
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 482106 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0044386
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.7735961
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.501567
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.045665
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.006733

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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