PDB-9mn2: Crystal Structure of the B6C Region of the Group B Streptococcus ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9mn2

タイトル

Crystal Structure of the B6C Region of the Group B Streptococcus Beta Antigen C Protein

要素

IgA FC receptor

キーワード

PROTEIN BINDING / CELL-SURFACE PROTEIN / IMMUNE EVASION / INHIBITORY RECEPTOR / NEUTROPHIL

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus agalactiae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Zhang, Y. / Geisbrecht, B.V.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Bacterial Immune Evasion of Antibody Responses by Hijacking Inhibitory Immune Receptors
著者: Zhang, Y. / Geisbrecht, B.V.

履歴

登録	2024年12月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9mn2.cif.gz	76.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9mn2.ent.gz	56.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9mn2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9mn2_validation.pdf.gz	432.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9mn2_full_validation.pdf.gz	436.5 KB	表示
XML形式データ	9mn2_validation.xml.gz	14.7 KB	表示
CIF形式データ	9mn2_validation.cif.gz	18.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mn/9mn2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mn/9mn2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: IgA FC receptor

B: IgA FC receptor

39.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: IgA FC receptor

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
19.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: IgA FC receptor

登録者が定義した集合体
19.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.734, 79.033, 81.185
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	IgA FC receptor / Beta antigen / B antigen 分子量: 19941.232 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 258-427 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae (バクテリア) 遺伝子: bag / プラスミド: pT7HMT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: P27951
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M citric acid (pH 3.7), 34% (v/v) PEG-200

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97741 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 47037 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 12.5 % / CC_1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.092 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.096 / Χ²: 1.037 / Net I/σ(I): 6.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.05-2.12	10.5	1.565	2390	0.561	0.848	0.494	1.646	1.087	95.1
2.12-2.21	11.7	1.304	2483	0.664	0.893	0.393	1.365	1.073	99.1
2.21-2.31	12.5	1.012	2509	0.862	0.962	0.296	1.056	1.069	100
2.31-2.43	11.8	0.618	2511	0.914	0.977	0.188	0.647	1.042	100
2.43-2.58	12.5	0.44	2538	0.972	0.993	0.129	0.459	1.04	100
2.58-2.78	13.5	0.303	2524	0.988	0.997	0.085	0.315	1.027	100
2.78-3.06	13.8	0.182	2548	0.995	0.999	0.05	0.189	1.003	100
3.06-3.51	13.5	0.097	2554	0.998	0.999	0.027	0.1	1.024	100
3.51-4.42	12.2	0.054	2601	0.999	1	0.016	0.056	1.017	100
4.42-50	12.8	0.04	2736	1	1	0.011	0.041	1.011	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21rc1_5127	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.05→49.14 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.11 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2741	3715	7.9 %
R_work	0.2431	-	-
obs	0.2456	47037	97.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→49.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2488	0	0	70	2558

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	2508
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.474	3353
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.108	1013
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.029	376
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	443

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.08	0.3633	120	0.3836	1419	X-RAY DIFFRACTION	86
2.08-2.11	0.3887	118	0.3923	1460	X-RAY DIFFRACTION	89
2.11-2.13	0.3467	143	0.3705	1555	X-RAY DIFFRACTION	94
2.13-2.16	0.3875	134	0.3547	1532	X-RAY DIFFRACTION	96
2.16-2.2	0.411	134	0.3619	1616	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2-2.23	0.375	127	0.3302	1610	X-RAY DIFFRACTION	98
2.23-2.27	0.3399	150	0.3345	1630	X-RAY DIFFRACTION	98
2.27-2.31	0.3409	128	0.294	1581	X-RAY DIFFRACTION	98
2.31-2.35	0.3551	145	0.3309	1616	X-RAY DIFFRACTION	99
2.35-2.39	0.3441	144	0.295	1619	X-RAY DIFFRACTION	98
2.39-2.44	0.2884	131	0.2703	1626	X-RAY DIFFRACTION	99
2.44-2.5	0.2748	139	0.2778	1599	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5-2.55	0.3286	136	0.2832	1622	X-RAY DIFFRACTION	99
2.55-2.62	0.3142	141	0.2679	1651	X-RAY DIFFRACTION	99
2.62-2.69	0.3177	127	0.2573	1613	X-RAY DIFFRACTION	99
2.69-2.77	0.3367	157	0.2811	1601	X-RAY DIFFRACTION	99
2.77-2.86	0.3128	141	0.2506	1605	X-RAY DIFFRACTION	99
2.86-2.96	0.3035	142	0.2552	1638	X-RAY DIFFRACTION	99
2.96-3.08	0.3238	131	0.266	1650	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.22	0.2529	139	0.2621	1635	X-RAY DIFFRACTION	100
3.22-3.39	0.2182	141	0.2372	1627	X-RAY DIFFRACTION	100
3.39-3.6	0.247	143	0.2219	1649	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6-3.88	0.2337	144	0.1998	1636	X-RAY DIFFRACTION	100
3.88-4.27	0.2538	144	0.2031	1618	X-RAY DIFFRACTION	100
4.27-4.88	0.2261	139	0.2054	1639	X-RAY DIFFRACTION	100
4.88-6.15	0.32	139	0.2527	1643	X-RAY DIFFRACTION	100
6.15-49.14	0.2226	138	0.1918	1632	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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