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万見
- PDB-9mmi: Myo-inositol-1(or 4)-monophosphatase that can perform essential d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mmi
タイトルMyo-inositol-1(or 4)-monophosphatase that can perform essential dephosphorylation step to facilitate riboflavin biosynthesis
要素Fructose-1,6-bisphosphatase/inositol-1-monophosphatase
キーワードHYDROLASE / riboflavin / phosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


inositol-phosphate phosphatase / inositol monophosphate 1-phosphatase activity / inositol metabolic process / fructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / signal transduction / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Inositol monophosphatase SuhB-like / Inositol monophosphatase / Inositol monophosphatase, metal-binding site / Inositol monophosphatase family signature 1. / Inositol monophosphatase-like / Inositol monophosphatase family
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Fructose-1,6-bisphosphatase/inositol-1-monophosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Hoffpauir, Z.A. / Meneely, K.M. / Lamb, A.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-2204080 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Identification of the phosphatase essential for riboflavin biosynthesis in Aquifex aeolicus.
著者: Hoffpauir, Z.A. / Lamb, A.L.
履歴
登録2024年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fructose-1,6-bisphosphatase/inositol-1-monophosphatase
B: Fructose-1,6-bisphosphatase/inositol-1-monophosphatase
C: Fructose-1,6-bisphosphatase/inositol-1-monophosphatase
D: Fructose-1,6-bisphosphatase/inositol-1-monophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,93923
ポリマ－117,4924
非ポリマー1,44819
水5,801322
1
A: Fructose-1,6-bisphosphatase/inositol-1-monophosphatase
B: Fructose-1,6-bisphosphatase/inositol-1-monophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,97816
ポリマ－58,7462
非ポリマー1,23314
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7230 Å2
ΔGint-158 kcal/mol
Surface area18960 Å2
手法PISA
2
C: Fructose-1,6-bisphosphatase/inositol-1-monophosphatase
D: Fructose-1,6-bisphosphatase/inositol-1-monophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9617
ポリマ－58,7462
非ポリマー2155
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3650 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area18200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.190, 72.914, 119.245
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.030, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
Fructose-1,6-bisphosphatase/inositol-1-monophosphatase / FBPase/IMPase / Inositol-1-phosphatase / I-1-Pase


分子量: 29372.885 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: suhB, imp2, aq_1983 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O67791, fructose-bisphosphatase, inositol-phosphate phosphatase
#2: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 322 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.75 mM HEPES pH 7.5, 70% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→37.68 Å / Num. obs: 110871 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 25.19 Å2 / Rpim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 5264 / Rpim(I) all: 0.41

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→37.68 Å / SU ML: 0.1401 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.1386
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2087 2007 1.81 %
Rwork0.1823 108778 -
obs0.1827 110785 98.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→37.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7760 0 90 322 8172
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01218022
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.251910812
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06751157
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01491362
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.96122928
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.790.28941340.25887455X-RAY DIFFRACTION94.9
1.79-1.840.25281420.22497700X-RAY DIFFRACTION98.25
1.84-1.90.21291400.20237747X-RAY DIFFRACTION98.6
1.9-1.960.21511470.18837781X-RAY DIFFRACTION98.68
1.96-2.030.21191450.18817844X-RAY DIFFRACTION98.92
2.03-2.110.18451440.18147712X-RAY DIFFRACTION98.71
2.11-2.20.20191460.17447810X-RAY DIFFRACTION99.08
2.2-2.320.23141410.18197806X-RAY DIFFRACTION98.87
2.32-2.470.16531440.17687721X-RAY DIFFRACTION98.07
2.47-2.660.19721440.17947602X-RAY DIFFRACTION95.9
2.66-2.920.20881430.18867900X-RAY DIFFRACTION99.86
2.92-3.350.22851470.18097909X-RAY DIFFRACTION99.78
3.35-4.220.17871420.16227924X-RAY DIFFRACTION99.41
4.22-37.680.22761480.18737867X-RAY DIFFRACTION97.09

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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