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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9mlk | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Post-fusion HERV-K Envelope Protein in complex with Kenv-4 Fab | ||||||||||||||||||||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN / Human endogenous retrovirus K / glycoprotein / HERV-K / envelope / post-fusion | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | Retro-transcribing virus envelope glycoprotein / : / Retro-transcribing viruses envelope glycoprotein / Rec (regulator of expression encoded by corf) of HERV-K-113 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / structural molecule activity / plasma membrane / Endogenous retrovirus group K member 6 Env polyprotein![]() | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.84 Å | ||||||||||||||||||||||||
![]() | Sun, C. / Shek, J. / Hastie, K. / Saphire, E.O. | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Human endogenous retrovirus K (HERV-K) envelope structures in pre- and postfusion by cryo-EM. 著者: Jeremy Shek / Chen Sun / Elise M Wilson / Fatemeh Moadab / Kathryn M Hastie / Roshan R Rajamanickam / Patrick J Penalosa / Stephanie S Harkins / Diptiben Parekh / Chitra Hariharan / Dawid S ...著者: Jeremy Shek / Chen Sun / Elise M Wilson / Fatemeh Moadab / Kathryn M Hastie / Roshan R Rajamanickam / Patrick J Penalosa / Stephanie S Harkins / Diptiben Parekh / Chitra Hariharan / Dawid S Zyla / Cassandra Yu / Kelly C L Shaffer / Victoria I Lewis / Ruben Diaz Avalos / Tomas Mustelin / Erica Ollmann Saphire / ![]() 要旨: Human endogenous retroviruses (HERVs) are remnants of ancient infections that comprise ~8% of the human genome. The HERV-K envelope glycoprotein (Env) is aberrantly expressed in cancers, autoimmune ...Human endogenous retroviruses (HERVs) are remnants of ancient infections that comprise ~8% of the human genome. The HERV-K envelope glycoprotein (Env) is aberrantly expressed in cancers, autoimmune disorders, and neurodegenerative diseases, and is targeted by patients' own antibodies. However, a lack of structural information has limited molecular and immunological studies of the roles of HERVs in disease. Here, we present cryo-electron microscopy structures of stabilized HERV-K Env in the prefusion conformation, revealing a distinct fold and architecture compared to HIV and simian immunodeficiency virus. We also generated and characterized a panel of monoclonal antibodies with subunit and conformational specificity, serving as valuable research tools. These antibodies enabled structure determination of the postfusion conformation of HERV-K Env, including its unique "tether" helix, and antibody-bound prefusion Env. Together, these results provide a structural framework that opens the door to mechanistic studies of HERV-K Env and tools for its evaluation as a potential therapeutic target. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 210.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 155.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 44.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 65.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 48374MC ![]() 9mlaC ![]() 9o4fC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 49469.547 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #2: 抗体 | 分子量: 23270.895 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 15707.578 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: HERV-K env post-fusion TM in complex with Kenv-4 Fab タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 値: 15.7 kDa/nm / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 濃度: 0.68 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 70 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 143318 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 2.84 Å 立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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