PDB-9mlk: Post-fusion HERV-K Envelope Protein in complex with Kenv-4 Fab

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9mlk

タイトル

Post-fusion HERV-K Envelope Protein in complex with Kenv-4 Fab

要素

Kenv-4 Fab Heavy Chain
Kenv-4 Fab Light Chain
Transmembrane protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / Human endogenous retrovirus K / glycoprotein / HERV-K / envelope / post-fusion

機能・相同性

Retro-transcribing virus envelope glycoprotein / : / Retro-transcribing viruses envelope glycoprotein / Rec (regulator of expression encoded by corf) of HERV-K-113 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / structural molecule activity / plasma membrane / Endogenous retrovirus group K member 6 Env polyprotein

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.84 Å

データ登録者

Sun, C. / Shek, J. / Hastie, K. / Saphire, E.O.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human endogenous retrovirus HERV-K envelope glycoprotein structures in pre- and post-fusion conformations by cryo-EM
著者: Shek, J. / Sun, C. / Hastie, K. / Saphire, E.O.

履歴

登録	2024年12月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年7月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月30日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月30日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月30日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月30日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月30日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月30日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9mlk.cif.gz	209.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9mlk.ent.gz	155.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9mlk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9mlk_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9mlk_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	9mlk_validation.xml.gz	44.9 KB	表示
CIF形式データ	9mlk_validation.cif.gz	65.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/9mlk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/9mlk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	48374MC 48351C 9mlaC 9o4f M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (2) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (2) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#169 - 2014年1月
HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (2)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (2)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (2)

登録構造単位

H: Kenv-4 Fab Heavy Chain

L: Kenv-4 Fab Light Chain

I: Kenv-4 Fab Heavy Chain

M: Kenv-4 Fab Light Chain

J: Kenv-4 Fab Heavy Chain

N: Kenv-4 Fab Light Chain

A: Transmembrane protein

C: Transmembrane protein

B: Transmembrane protein

265 kDa, 9 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: 抗体	Kenv-4 Fab Heavy Chain 分子量: 49469.547 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体	Kenv-4 Fab Light Chain 分子量: 23270.895 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: タンパク質	Transmembrane protein / TM 分子量: 15707.578 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERVK-6, ERVK6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q69384
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: HERV-K env post-fusion TM in complex with Kenv-4 Fab タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量	値: 15.7 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液	pH: 7.4
試料	濃度: 0.68 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズ	モード: OTHER / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影	電子線照射量: 70 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
2	EPU		画像取得
4	cryoSPARC		CTF補正
7	UCSF ChimeraX		モデルフィッティング
8	Coot		モデルフィッティング
10	cryoSPARC	4.6	初期オイラー角割当
11	cryoSPARC	4.6	最終オイラー角割当
12	cryoSPARC	4.6	分類
13	cryoSPARC	4.6	３次元再構成
14	PHENIX	1.21.1_5286	モデル精密化

CTF補正

タイプ: NONE

対称性

点対称性: C₁ (非対称)

3次元再構成

解像度: 2.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 143318 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: OTHER / 空間: REAL

精密化

最高解像度: 2.84 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.003	7505
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.503	10179
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	4.193	1002
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.039	1109
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.004	1284

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-電子顕微鏡撮影

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)