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- PDB-9ml2: A7M08 Fab bound to HPV16 L1 pentamer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ml2
タイトルA7M08 Fab bound to HPV16 L1 pentamer
要素
  • A7M08 Heavy Chain
  • A7M08 Light Chain
  • Major capsid protein L1
キーワードIMMUNE SYSTEM / HPV / antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


T=7 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Major capsid L1 (late) protein, Papillomavirus / Major capsid L1 (late) superfamily, Papillomavirus / L1 (late) protein / Double-stranded DNA virus, group I, capsid
類似検索 - ドメイン・相同性
Major capsid protein L1
類似検索 - 構成要素
生物種Human papillomavirus 16 (パピローマウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Hurlburt, N.K. / Singh, S. / Rodarte, J.V. / Pancera, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2025
タイトル: Human monoclonal antibodies to HPV16 show evidence for common developmental pathways and public epitopes.
著者: Joseph J Carter / Nicholas K Hurlburt / Erin M Scherer / Suruchi Singh / Justas V Rodarte / Robin A Smith / Peter Lewis / Rachel Kinzelman / Jacqueline Kieltyka / Madelyn E Cabãn / Gregory C ...著者: Joseph J Carter / Nicholas K Hurlburt / Erin M Scherer / Suruchi Singh / Justas V Rodarte / Robin A Smith / Peter Lewis / Rachel Kinzelman / Jacqueline Kieltyka / Madelyn E Cabãn / Gregory C Wipf / Marie Pancera / Denise A Galloway /
要旨: Antibodies to human papillomavirus (HPV) primarily recognize surface exposed residues on five loops of the major capsid protein (L1) that vary significantly among HPV types. We determined which loops ...Antibodies to human papillomavirus (HPV) primarily recognize surface exposed residues on five loops of the major capsid protein (L1) that vary significantly among HPV types. We determined which loops were required for neutralization for 68 HPV16 specific human monoclonal antibodies (mAbs) cloned from participants who received an HPV vaccine and describe molecular features of those antibodies. Chimeric HPV16 pseudovirus (cpsV), each having one surface loop bearing multiple amino acid substitutions, were used to determine neutralization specificity. The HPV16-FG-loop was the loop most frequently required for neutralization (42 of 68, 61.8%), however, all surface loops were required for neutralization by multiple mAbs: HI (13, 19.1%), DE (15, 22.1%), EF (five, 7.4%), BC (four, 5.9%). Antibodies that required multiple loops were common (17, 25.0%). Three mAbs (4.4%) required sequences on the c-terminus of L1 and for another three mAbs the neutralization specificity could not be determined. Two types of mAbs appeared to be overrepresented: ten mAbs used immunoglobin heavy chain variable region 2-70 (IGHV2-70) with immunoglobin light chain variable region 1-40 (IGLV1-40), having characteristic mutations in complementarity determining region two (CDRL2) of the light chain. Cryogenic electron microscopy (Cryo-EM) revealed that two of these antibodies bound five Fabs per capsomer interacting with all five L1-surface loops. The other type of mAbs that appeared to be overrepresented were nine mAbs using IGHV4-34, six of which also used DH3-16*02 with conserved CDRH3 sequences. Cryo-EM for one of these mAbs, that required the FG-loop for neutralization, was shown to bind one Fab per capsomer at the apex, interacting with the DE- and FG-loops, with sequences of the Fab CDRH3 inserted between the DE- and FG-loops from two L1 proteins. These two types of mAbs were found in the four participants suggesting that these antibodies shared developmental pathways and bound to similar immunodominant epitopes on the virus.
履歴
登録2024年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月20日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月20日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月20日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月20日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月20日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月20日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年11月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major capsid protein L1
B: Major capsid protein L1
C: Major capsid protein L1
D: Major capsid protein L1
E: Major capsid protein L1
F: A7M08 Heavy Chain
G: A7M08 Light Chain
H: A7M08 Heavy Chain
I: A7M08 Heavy Chain
J: A7M08 Light Chain
L: A7M08 Light Chain
M: A7M08 Heavy Chain
N: A7M08 Light Chain
O: A7M08 Heavy Chain
P: A7M08 Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)480,82915
ポリマ－480,82915
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Major capsid protein L1


分子量: 47478.469 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human papillomavirus 16 (パピローマウイルス)
遺伝子: L1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: A0A451ER69
#2: 抗体
A7M08 Heavy Chain


分子量: 25682.852 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体
A7M08 Light Chain


分子量: 23004.457 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: HPV16 L1 pentamer bound to A7M08 Fab / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.28 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Human papillomavirus 16 (パピローマウイルス)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 0.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 36000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1800 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21.2_5419 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 301713 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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