PDB-9mk7: Crystal structure of the WDR domain of WDR91 in complex with DR3634

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9mk7

タイトル

Crystal structure of the WDR domain of WDR91 in complex with DR3634

要素

WD repeat-containing protein 91

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / WD-repeat / WDR / WDR91 / SGC / Structural Genomics / PSI-Biology / Structural Genomics Consortium

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphatidylinositol 3-kinase inhibitor activity / phosphatidylinositol 3-kinase regulator activity / early endosome to late endosome transport / regulation of protein catabolic process / CDC42 GTPase cycle / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / late endosome membrane / early endosome membrane / endosome membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.31 Å

データ登録者

Zeng, H. / Ahmad, H. / Dong, A. / Seitova, A. / Owen, D. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L. / Structural Genomics Consortium (SGC)

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of the WDR domain of WDR91 in complex with DR3634
著者: Zeng, H. / Ahmad, H. / Dong, A. / Seitova, A. / Owen, D. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L. / Structural Genomics Consortium (SGC)

履歴

登録	2024年12月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9mk7.cif.gz	149.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9mk7.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9mk7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mk/9mk7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mk/9mk7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: WD repeat-containing protein 91

ヘテロ分子

41.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.201, 132.236, 118.291
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	WD repeat-containing protein 91 / WDR91 分子量: 41064.477 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 392-747 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR91, HSPC049 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: A4D1P6
#2: 化合物	ChemComp-A1BLV / (1R)-1-({(6M)-2-(methylamino)-6-[3-(pyrrolidin-1-yl)phenyl]pyrimidin-4-yl}amino)-2,3-dihydro-1H-indene-4-carbonitrile 分子量: 410.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₂₆N₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.38 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 10% w/v PEG 8000, 20% v/v ethylene glycol, 0.02M of each alcohol,0.1M MES/imidazole pH6.5 PH範囲: 6.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2024年10月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.31→50 Å / Num. obs: 27368 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.9 % / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.071 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.076 / Χ²: 1.043 / Net I/σ(I): 12.5 / Num. measured all: 215906

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.31-2.35	7	0.971	1343	0.694	0.905	0.39	1.049	1.01	100
2.35-2.39	7.7	0.943	1360	0.736	0.921	0.36	1.011	1.042	99.9
2.39-2.44	7.9	0.823	1328	0.827	0.951	0.31	0.88	1.081	100
2.44-2.49	7.9	0.764	1365	0.821	0.949	0.287	0.817	1.093	100
2.49-2.54	8	0.593	1353	0.88	0.968	0.223	0.635	1.118	100
2.54-2.6	8	0.515	1339	0.905	0.975	0.193	0.55	1.127	100
2.6-2.67	8	0.42	1353	0.941	0.985	0.158	0.449	1.099	100
2.67-2.74	8	0.338	1365	0.958	0.989	0.126	0.361	1.121	100
2.74-2.82	8	0.274	1379	0.969	0.992	0.103	0.293	1.126	100
2.82-2.91	8	0.22	1324	0.982	0.995	0.082	0.235	1.106	100
2.91-3.01	8	0.182	1370	0.988	0.997	0.068	0.194	1.146	100
3.01-3.13	8	0.131	1362	0.992	0.998	0.049	0.14	1.127	100
3.13-3.28	8	0.093	1374	0.996	0.999	0.035	0.1	0.987	100
3.28-3.45	8.1	0.068	1362	0.998	0.999	0.025	0.073	0.938	100
3.45-3.67	8	0.052	1386	0.998	1	0.02	0.056	1.037	100
3.67-3.95	8	0.047	1363	0.999	1	0.018	0.05	1.025	100
3.95-4.35	8	0.036	1376	0.999	1	0.013	0.038	0.671	100
4.35-4.98	7.9	0.028	1399	0.999	1	0.011	0.03	0.941	100
4.98-6.27	7.9	0.029	1407	1	1	0.011	0.031	1.145	100
6.27-50	7.3	0.024	1460	1	1	0.009	0.025	0.921	98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定
HKL-3000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.31→25.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 11.398 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.196 / ESU R Free: 0.179 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23777	1376	5 %	RANDOM
R_work	0.1998	-	-	-
obs	0.20171	25931	99.45 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.79 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.69 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.57 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.31→25.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2544	0	1	76	2621

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	2627
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	2390
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.405	1.792	3578
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.473	1.738	5498
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.406	5	341
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.556	5	11
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.715	10	393
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	404
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3188
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	586
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.84	2.822	1361
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.839	2.822	1361
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.372	5.057	1703
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.371	5.059	1704
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.515	3.069	1266
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.513	3.071	1267
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.333	5.519	1876
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.655	25.89	2634
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.657	25.85	2624
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.315→2.374 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.312	85	-
R_work	0.317	1823	-
obs	-	-	95.98 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -31.3823 Å / Origin y: -21.1446 Å / Origin z: -7.806 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1938 Å²	0.0045 Å²	-0.0079 Å²	-	0.0138 Å²	0.0336 Å²	-	-	0.0903 Å²
L	3.6883 °²	0.1505 °²	0.7661 °²	-	1.9603 °²	0.639 °²	-	-	3.3379 °²
S	-0.0496 Å °	0.0958 Å °	0.1024 Å °	0.2489 Å °	-0.074 Å °	-0.2383 Å °	0.0207 Å °	0.0501 Å °	0.1236 Å °

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)