PDB-9mis: Crystal structure of Purine nucleoside phosphorylase from Trichom...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9mis

タイトル

Crystal structure of Purine nucleoside phosphorylase from Trichomonas vaginalis (P21 form)

要素

Purine nucleoside phosphorylase, putative

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Purine nucleoside phosphorylase / Trichomonas vaginalis

機能・相同性

機能・相同性情報

uridine catabolic process / uridine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.59 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Purine nucleoside phosphorylase from Trichomonas vaginalis (P21 form)
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P.

履歴

登録	2024年12月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9mis.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9mis.ent.gz	1002.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9mis.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9mis_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9mis_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	9mis_validation.xml.gz	152.8 KB	表示
CIF形式データ	9mis_validation.cif.gz	213.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/9mis ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/9mis	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Purine nucleoside phosphorylase, putative

B: Purine nucleoside phosphorylase, putative

C: Purine nucleoside phosphorylase, putative

D: Purine nucleoside phosphorylase, putative

E: Purine nucleoside phosphorylase, putative

F: Purine nucleoside phosphorylase, putative

G: Purine nucleoside phosphorylase, putative

H: Purine nucleoside phosphorylase, putative

I: Purine nucleoside phosphorylase, putative

J: Purine nucleoside phosphorylase, putative

K: Purine nucleoside phosphorylase, putative

L: Purine nucleoside phosphorylase, putative

ヘテロ分子

320 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Purine nucleoside phosphorylase, putative

B: Purine nucleoside phosphorylase, putative

C: Purine nucleoside phosphorylase, putative

D: Purine nucleoside phosphorylase, putative

E: Purine nucleoside phosphorylase, putative

F: Purine nucleoside phosphorylase, putative

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
160 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: Purine nucleoside phosphorylase, putative

H: Purine nucleoside phosphorylase, putative

I: Purine nucleoside phosphorylase, putative

J: Purine nucleoside phosphorylase, putative

K: Purine nucleoside phosphorylase, putative

L: Purine nucleoside phosphorylase, putative

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
160 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	176.491, 50.821, 193.139
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.94, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Purine nucleoside phosphorylase, putative 分子量: 26643.428 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし) 遺伝子: TVAG_454490 / プラスミド: TrvaA.01033.d.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A2EU62
#2: 化合物	ChemComp-FLC / CITRATE ANION 分子量: 189.100 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3389 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.05 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: JCSG+ A2: 0.2 M citrate pH 5.5, 20% (w/v) PEG 3000. TrvaA.01033.d.B1.PW39308 at 17.4 mg/mL. citrate acquired from the crystallant in 4 of the subunits. plate 14463 well A2 drop 2 , Puck: ...詳細: JCSG+ A2: 0.2 M citrate pH 5.5, 20% (w/v) PEG 3000. TrvaA.01033.d.B1.PW39308 at 17.4 mg/mL. citrate acquired from the crystallant in 4 of the subunits. plate 14463 well A2 drop 2 , Puck: PSL1212, Cryo: 80% crystallant + 20% glycerol.

結晶

マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.05 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: JCSG+ A2: 0.2 M citrate pH 5.5, 20% (w/v) PEG 3000. TrvaA.01033.d.B1.PW39308 at 17.4 mg/mL. citrate acquired from the crystallant in 4 of the subunits. plate 14463 well A2 drop 2 , Puck: ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年10月26日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.59→48.89 Å / Num. obs: 428168 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.124 / R_pim(I) all: 0.051 / R_rim(I) all: 0.135 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 10.9 / Num. measured all: 2933246
反射シェル	解像度: 1.59→1.63 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 1.21 / Num. measured all: 222566 / Num. unique obs: 31456 / CC_1/2: 0.581 / R_pim(I) all: 0.487 / R_rim(I) all: 1.306 / Χ²: 0.82 / Net I/σ(I) obs: 1.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_5533	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.59→48.01 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.51 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1769	21497	5.02 %
R_work	0.1509	-	-
obs	0.1522	427998	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.59→48.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21516	0	52	3389	24957

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	22693
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.783	30977
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.083	8443
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	3600
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	4033

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.59-1.61	0.2785	717	0.2586	13333	X-RAY DIFFRACTION	100
1.61-1.63	0.2825	713	0.2526	13516	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.65	0.2792	711	0.2451	13433	X-RAY DIFFRACTION	100
1.65-1.67	0.2669	708	0.24	13435	X-RAY DIFFRACTION	100
1.67-1.69	0.2595	719	0.2289	13554	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.71	0.2426	717	0.2144	13362	X-RAY DIFFRACTION	100
1.71-1.74	0.2415	716	0.2127	13544	X-RAY DIFFRACTION	100
1.74-1.76	0.2346	747	0.2046	13477	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.79	0.2228	692	0.1921	13400	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.82	0.2101	726	0.1879	13631	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.85	0.206	745	0.178	13372	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.89	0.1932	700	0.1703	13586	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.92	0.2133	726	0.1724	13411	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-1.96	0.198	672	0.1659	13626	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-2	0.1963	686	0.1693	13405	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.05	0.1794	751	0.1505	13519	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.1	0.1688	719	0.1431	13583	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.16	0.1673	731	0.1434	13439	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.22	0.1652	700	0.1399	13620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.29	0.1725	701	0.1377	13531	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.38	0.1679	710	0.135	13534	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.47	0.1768	756	0.1357	13498	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.58	0.1701	703	0.1359	13596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.72	0.1591	724	0.13	13598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.89	0.1535	722	0.1329	13614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.89-3.11	0.1743	708	0.1395	13644	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.43	0.1534	676	0.133	13705	X-RAY DIFFRACTION	100
3.43-3.92	0.1508	718	0.1296	13729	X-RAY DIFFRACTION	100
3.92-4.94	0.1186	709	0.1104	13748	X-RAY DIFFRACTION	100
4.94-48.01	0.188	774	0.1648	14058	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 114.6306 Å / Origin y: -10.5721 Å / Origin z: 45.3148 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.144 Å²	-0.0146 Å²	0.0096 Å²	-	0.0901 Å²	-0.0032 Å²	-	-	0.1059 Å²
L	0.4241 °²	-0.1 °²	0.1684 °²	-	0.0677 °²	-0.0378 °²	-	-	0.0668 °²
S	0.0014 Å °	0.0264 Å °	-0.0005 Å °	-0.002 Å °	-0.0091 Å °	-0.002 Å °	0.0034 Å °	0.0098 Å °	0.0066 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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