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万見
- PDB-9miq: Wild-type Coproheme Decarboxylase from Streptomyces Coelicolor in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9miq
タイトルWild-type Coproheme Decarboxylase from Streptomyces Coelicolor in complex with Monovinyl, Monopropionate Deuteroheme
要素Coproheme decarboxylase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / heme biosynthesis / oxidative decarboxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, oxygen as acceptor / hydrogen peroxide-dependent heme synthase / heme B biosynthetic process / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Heme-dependent peroxidase ChdC/CLD / Chlorite dismutase / Dimeric alpha-beta barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
harderoheme (III) / Coproheme decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Carriuolo, A.J. / Lanzilotta, W.N.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Wild-type Coproheme Decarboxylase from Streptomyces Coelicolor in complex with Monovinyl, Monopropionate Deuteroheme
著者: Carriuolo, A.J. / Lanzilotta, W.N.
履歴
登録2024年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coproheme decarboxylase
B: Coproheme decarboxylase
C: Coproheme decarboxylase
D: Coproheme decarboxylase
E: Coproheme decarboxylase
F: Coproheme decarboxylase
G: Coproheme decarboxylase
H: Coproheme decarboxylase
I: Coproheme decarboxylase
J: Coproheme decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)288,35320
ポリマ－281,72810
非ポリマー6,62510
水66737
1
A: Coproheme decarboxylase
B: Coproheme decarboxylase
C: Coproheme decarboxylase
D: Coproheme decarboxylase
E: Coproheme decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,17710
ポリマ－140,8645
非ポリマー3,3135
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15620 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area38620 Å2
手法PISA
2
F: Coproheme decarboxylase
G: Coproheme decarboxylase
H: Coproheme decarboxylase
I: Coproheme decarboxylase
J: Coproheme decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,17710
ポリマ－140,8645
非ポリマー3,3135
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15640 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area38950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)184.707, 184.707, 241.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質
Coproheme decarboxylase / Coproheme III oxidative decarboxylase / Hydrogen peroxide-dependent heme synthase


分子量: 28172.793 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア)
遺伝子: chdC, SCO6042 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O69830, hydrogen peroxide-dependent heme synthase
#2: 化合物
ChemComp-VOV / harderoheme (III)


分子量: 662.513 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H34FeN4O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.38 %
結晶化温度: 291 K / 手法: batch mode / pH: 7
詳細: Protein (500 uM) prepared with coproheme (15 mg/mL) in 100 mM HEPES/100 mM KCl pH7.5 buffer and 10 mM of KCN. Batch crystallization against a solution of 0.2 ammonium phosphate pH 7.0, 20% ...詳細: Protein (500 uM) prepared with coproheme (15 mg/mL) in 100 mM HEPES/100 mM KCl pH7.5 buffer and 10 mM of KCN. Batch crystallization against a solution of 0.2 ammonium phosphate pH 7.0, 20% w/v polyethylene glycol 3,350, and 200mM

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 144172 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Num. unique obs: 14204 / CC1/2: 0.592

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21.1_5286: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→42 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2544 2000 1.41 %
Rwork0.2086 --
obs0.2092 141841 98.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18280 0 460 37 18777
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.6267454
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0582660
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0133364
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.560.42121390.36349687X-RAY DIFFRACTION96
2.56-2.630.37791390.31089726X-RAY DIFFRACTION97
2.63-2.710.39091410.29969830X-RAY DIFFRACTION98
2.8-2.90.33931410.29559874X-RAY DIFFRACTION98
2.9-3.010.37081430.28549952X-RAY DIFFRACTION99
3.01-3.150.31451420.27419991X-RAY DIFFRACTION99
3.15-3.310.33241430.262510014X-RAY DIFFRACTION99
3.31-3.520.3051440.249210056X-RAY DIFFRACTION100
3.52-3.790.25761440.209610077X-RAY DIFFRACTION99
3.79-4.180.25211440.187810050X-RAY DIFFRACTION99
4.18-4.780.19061440.160510030X-RAY DIFFRACTION98
4.78-6.020.19941450.157910194X-RAY DIFFRACTION99
6.02-420.1881510.157810514X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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