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- PDB-9mil: Superoxide dismutase residues 28-39 with G37R mutation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mil
タイトルSuperoxide dismutase residues 28-39 with G37R mutation
要素Superoxide dismutase [Cu-Zn]
キーワードPROTEIN FIBRIL / Corkescrew / amyloid oligomer
機能・相同性
機能・相同性情報


action potential initiation / response to antipsychotic drug / neurofilament cytoskeleton organization / response to carbon monoxide / protein phosphatase 2B binding / dense core granule / relaxation of vascular associated smooth muscle / anterograde axonal transport / regulation of organ growth / response to superoxide ...action potential initiation / response to antipsychotic drug / neurofilament cytoskeleton organization / response to carbon monoxide / protein phosphatase 2B binding / dense core granule / relaxation of vascular associated smooth muscle / anterograde axonal transport / regulation of organ growth / response to superoxide / regulation of T cell differentiation in thymus / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / peripheral nervous system myelin maintenance / retina homeostasis / auditory receptor cell stereocilium organization / hydrogen peroxide biosynthetic process / cellular response to potassium ion / retrograde axonal transport / superoxide anion generation / regulation of GTPase activity / myeloid cell homeostasis / response to copper ion / superoxide metabolic process / muscle cell cellular homeostasis / superoxide dismutase / heart contraction / Detoxification of Reactive Oxygen Species / superoxide dismutase activity / cellular response to ATP / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / cellular response to cadmium ion / transmission of nerve impulse / regulation of multicellular organism growth / ectopic germ cell programmed cell death / response to axon injury / neuronal action potential / ovarian follicle development / positive regulation of superoxide anion generation / axon cytoplasm / glutathione metabolic process / embryo implantation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / dendrite cytoplasm / removal of superoxide radicals / reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of phagocytosis / response to amphetamine / thymus development / placenta development / positive regulation of cytokine production / regulation of mitochondrial membrane potential / determination of adult lifespan / locomotory behavior / response to nutrient levels / response to hydrogen peroxide / sensory perception of sound / mitochondrial intermembrane space / small GTPase binding / regulation of blood pressure / negative regulation of inflammatory response / peroxisome / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / response to heat / cytoplasmic vesicle / response to ethanol / spermatogenesis / gene expression / negative regulation of neuron apoptotic process / intracellular iron ion homeostasis / lysosome / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of apoptotic process / mitochondrial matrix / response to xenobiotic stimulus / copper ion binding / neuronal cell body / apoptotic process / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Copper/Zinc superoxide dismutase signature 1. / Superoxide dismutase (Cu/Zn) / superoxide dismutase copper chaperone / Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Superoxide dismutase [Cu-Zn]
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Sawaya, M.R. / Hirschbeck, S.S. / Eisenberg, D.S. / Do, T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)1R01AG070895-01A1 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2025
タイトル: Amyloid Oligomers: Expediting Crystal Growth and Revisiting the Corkscrew Structures.
著者: Hirschbeck, S.S. / Sawaya, M.R. / Lindberg, E.T. / Limbach, M.N. / Jang, J.H. / Lazar Cantrell, K.L. / Eisenberg, D.S. / Do, T.D.
履歴
登録2024年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
B: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
C: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
D: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
E: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
F: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
G: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
H: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
I: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
J: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,84218
ポリマ－13,86710
非ポリマー9758
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.890, 59.890, 93.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and resid 28 through 36)
d_2ens_1(chain "C" and resid 28 through 36)
d_3ens_1(chain "E" and resid 28 through 36)
d_4ens_1(chain "G" and resid 28 through 36)
d_5ens_1(chain "I" and resid 28 through 36)
d_1ens_2(chain "B" and resid 28 through 36)
d_2ens_2(chain "D" and resid 28 through 36)
d_3ens_2(chain "F" and resid 28 through 36)
d_4ens_2(chain "H" and resid 28 through 36)
d_5ens_2(chain "J" and resid 28 through 36)

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth seq-ID: 28 - 36 / Label seq-ID: 1 - 9

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
d_1ens_1AA
d_2ens_1CC
d_3ens_1EE
d_4ens_1GG
d_5ens_1II
d_1ens_2BB
d_2ens_2DD
d_3ens_2FF
d_4ens_2HH
d_5ens_2JJ

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.81810023081, 0.0172297057759, -0.574817492416), (-0.211535401485, 0.938488016557, -0.272934088559), (0.534756754297, 0.344881689885, 0.771421955687)11.9079658544, 14.4861411219, -8.86924356049
2given(0.18421863994, -0.300985095307, -0.935666321453), (-0.51300705287, 0.782560026869, -0.35273725073), (0.838383716686, 0.544984198624, -0.01024533288)31.0582253036, 28.0761634257, -3.32834022614
3given(-0.385663912587, -0.644109864804, -0.660595056437), (-0.746914651464, 0.638287293338, -0.186300388062), (0.541647348333, 0.421558789761, -0.727259470078)38.1763628949, 36.4294081852, 15.4234880902
4given(-0.489433831201, -0.832911497981, -0.258288523567), (-0.852267911371, 0.519588104124, -0.0605607901234), (0.184645422697, 0.190490520981, -0.964167739189)32.3686854323, 43.0082299991, 27.087904641
5given(0.750158386826, -0.0561708089204, -0.658868146825), (-0.173285062185, 0.944866554611, -0.277847946188), (0.638149419728, 0.322601974889, 0.699066008256)14.4299182634, 13.6103507292, -11.0656849605
6given(0.182326823214, -0.271806979073, -0.944922163812), (-0.477586188799, 0.815564888961, -0.326749665894), (0.859458179206, 0.510857003496, 0.0188880961043)32.2241376447, 27.3171303541, -5.36789775379
7given(-0.381268528803, -0.649775223686, -0.657591413895), (-0.720130738009, 0.654790774724, -0.229479326978), (0.579694772375, 0.386058544809, -0.717574226726)37.5533499336, 36.7936512662, 13.2953396931
8given(-0.555174036488, -0.796683539474, -0.238908198146), (-0.806854308395, 0.585601092995, -0.0778298458648), (0.20191065904, 0.149554999297, -0.967918068822)34.4378159624, 44.162027841, 25.1793061136

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Superoxide dismutase [Cu-Zn] / Superoxide dismutase 1 / hSod1


分子量: 1386.704 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00441, superoxide dismutase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % / 解説: thick hexagonal plate
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 1.0 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 1% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年8月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→19.6 Å / Num. obs: 7087 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 76.76 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rrim(I) all: 0.129 / Net I/σ(I): 10.03
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
2.5-2.561.8354930.351.9631
2.56-2.631.7375000.4461.8581
2.63-2.711.3725040.5871.4591
2.71-2.791.0124620.7111.0771
2.79-2.880.8024730.7620.8551
2.88-2.980.5564520.8980.5931
2.98-3.10.364170.9390.3841
3.1-3.220.2674270.9650.2861
3.22-3.370.2364000.980.2541
3.37-3.530.1913840.9810.2071
3.53-3.720.1833600.9810.1971
3.72-3.950.1293400.990.1391
3.95-4.220.1073360.990.1151
4.22-4.560.0933080.9940.11
4.56-4.990.0882950.9950.0941
4.99-5.580.0862560.9940.0921
5.58-6.450.092320.9910.0971
6.45-7.90.0792070.9910.0861
7.9-11.170.0631610.9990.0691
11.17-19.60.058800.9960.0641

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
XSCALE20220820データスケーリング
XDS20220820データ削減
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→19.6 Å / SU ML: 0.4045 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.5062
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2628 709 10.01 %
Rwork0.2187 6376 -
obs0.2231 7085 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 87.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数980 0 58 11 1049
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00421050
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.68171397
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062160
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044140
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7031404
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.16013385867
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.904171500083
ens_1d_4AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.21670148224
ens_1d_5AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.54422206447
ens_2d_2BBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.04831399398
ens_2d_3BBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.20386726995
ens_2d_4BBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.38598078665
ens_2d_5BBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.75080390407
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.690.39761370.34981236X-RAY DIFFRACTION99.56
2.69-2.960.39591380.32621241X-RAY DIFFRACTION100
2.96-3.390.28931420.22471274X-RAY DIFFRACTION100
3.39-4.250.28361410.20841274X-RAY DIFFRACTION99.37
4.26-19.60.21921510.19851351X-RAY DIFFRACTION99.87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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