PDB-9mi2: Crystal structure of Purine nucleoside phosphorylase from Trichom...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9mi2

タイトル

Crystal structure of Purine nucleoside phosphorylase from Trichomonas vaginalis (C2 form)

要素

Purine nucleoside phosphorylase, putative

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Purine nucleoside phosphorylase / Trichomonas vaginalis

機能・相同性

機能・相同性情報

uridine catabolic process / uridine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Purine nucleoside phosphorylase from Trichomonas vaginalis (C2 form)
著者: Mian, M.R. / Lovell, S. / Liu, L. / Battaile, K.P.

履歴

登録	2024年12月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9mi2.cif.gz	555.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9mi2.ent.gz	461.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9mi2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/9mi2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/9mi2	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Purine nucleoside phosphorylase, putative

B: Purine nucleoside phosphorylase, putative

C: Purine nucleoside phosphorylase, putative

D: Purine nucleoside phosphorylase, putative

E: Purine nucleoside phosphorylase, putative

F: Purine nucleoside phosphorylase, putative

ヘテロ分子

161 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	170.269, 50.364, 175.485
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.82, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Purine nucleoside phosphorylase, putative 分子量: 26643.428 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし) 遺伝子: TVAG_454490 / プラスミド: TrvaA.01033.d.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A2EU62
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 855 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.11 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: Berkeley C8: 20% (w/v) PEG 3350, 100 mM magnesium chloride, 100 mM NaCl, TrvaA.01033.d.B1.PW39308 at 17.4 mg/mL. plate 14462 well C8 drop 1, Puck: PSL1411. Cryo: 20% Glycerol + 80% crystallant

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年10月26日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→48.25 Å / Num. obs: 136883 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.2 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.102 / R_pim(I) all: 0.05 / R_rim(I) all: 0.113 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 9 / Num. measured all: 705878
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.872 / Num. measured all: 35407 / Num. unique obs: 6707 / CC_1/2: 0.74 / R_pim(I) all: 0.416 / R_rim(I) all: 0.968 / Χ²: 1.06 / Net I/σ(I) obs: 1.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_5533	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→48.25 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1974	6864	5.02 %
R_work	0.1637	-	-
obs	0.1654	136822	99.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→48.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10701	0	42	855	11598

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	11034
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.999	14998
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.512	4011
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	1749
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.012	1937

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.82	0.2743	214	0.239	4262	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.84	0.2645	223	0.2458	4290	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.86	0.2443	225	0.2254	4384	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.89	0.2575	222	0.214	4266	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.91	0.2623	230	0.2072	4259	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.94	0.2712	211	0.2089	4409	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-1.97	0.3002	225	0.2102	4246	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2	0.2689	230	0.2108	4323	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.03	0.2198	235	0.1855	4314	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.06	0.2292	236	0.1687	4255	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.1	0.2049	215	0.1609	4350	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.13	0.2204	239	0.1611	4251	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.18	0.1842	231	0.1575	4394	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.22	0.2262	236	0.1565	4266	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.27	0.2055	234	0.159	4321	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.32	0.2119	220	0.1585	4289	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.38	0.1868	210	0.1544	4369	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.44	0.1952	235	0.1499	4316	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.51	0.2009	204	0.1597	4375	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.6	0.2068	257	0.1642	4269	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.69	0.1884	210	0.1556	4363	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.8	0.2041	203	0.1607	4381	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-2.92	0.2003	241	0.1662	4327	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-3.08	0.175	217	0.1708	4333	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.27	0.2171	247	0.1691	4339	X-RAY DIFFRACTION	100
3.27-3.52	0.1894	252	0.1606	4336	X-RAY DIFFRACTION	100
3.52-3.88	0.1878	247	0.1529	4369	X-RAY DIFFRACTION	99
3.88-4.44	0.1417	248	0.1319	4321	X-RAY DIFFRACTION	99
4.44-5.59	0.1656	253	0.1362	4422	X-RAY DIFFRACTION	100
5.59-48.25	0.203	214	0.1834	4559	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7318	0.5808	0.9533	2.5748	1.8367	1.7893	0.1083	-0.2357	0.5497	0.2819	-0.166	0.0254	-0.5665	0.2979	0.0702	0.4541	-0.1468	-0.015	0.2637	-0.0316	0.2847	-26.2113	41.4697	71.8362
2	4.7516	1.0364	-0.7441	1.6897	-0.3458	4.3262	0.0902	-0.3467	-0.1741	0.2872	-0.1773	-0.2663	-0.1256	0.7574	0.0874	0.2867	-0.0492	-0.0428	0.3208	-0.0173	0.1975	-19.6563	26.0716	73.7581
3	0.7605	0.2853	-0.4061	1.0103	0.2789	0.5746	0.125	-0.2882	0.1308	0.1407	-0.0617	-0.1215	-0.2509	0.388	-0.0197	0.3049	-0.1364	-0.0234	0.321	-0.0354	0.2217	-23.0319	33.0758	70.6989
4	1.4279	0.0759	-0.4364	5.7228	1.2568	2.5442	0.0409	-0.1031	-0.0848	-0.1098	-0.1494	-0.0775	0.0444	0.4344	0.0853	0.1898	-0.0354	-0.0328	0.2878	0.0433	0.1937	-20.823	20.8712	60.9945
5	1.9765	-0.709	0.5237	1.3174	-0.4588	2.3089	0.0703	-0.048	0.0092	0.0624	-0.0666	-0.0079	-0.0256	0.0993	0.0036	0.2017	-0.0478	-0.0173	0.1512	-0.0173	0.1978	-30.4342	26.5929	50.729
6	8.8335	-6.5156	6.5512	6.9194	-4.2153	8.7702	0.0273	0.3229	0.3248	-0.0643	-0.3063	-0.873	-0.0958	0.827	0.2485	0.176	-0.0739	-0.0067	0.473	0.0252	0.3033	-9.5011	24.8496	55.7587
7	1.7804	-0.2647	-0.5561	1.348	-0.1654	2.1061	-0.1188	0.1241	-0.0679	0.0322	0.039	-0.0134	0.2948	0.1631	0.0616	0.2245	0.0235	-0.0258	0.1274	-0.0007	0.173	-26.9363	14.7498	57.8639
8	1.8932	-0.098	-0.0395	0.9173	0.335	2.7174	0.0311	-0.1105	-0.226	0.1276	-0.0438	-0.0773	0.2477	0.2696	0.0118	0.1877	-0.0203	-0.0157	0.1702	0.0224	0.1863	-25.6293	17.9646	56.9385
9	3.9035	2.3979	-0.6966	8.7715	-1.6698	4.4394	0.0188	-0.379	-0.0642	0.4791	0.1067	-0.3816	0.053	0.5993	-0.0861	0.2786	-0.0364	-0.0844	0.4877	0.0244	0.2572	-12.6481	19.9312	67.8329
10	3.3393	-0.2336	-1.952	0.0825	-0.0691	3.2467	-0.0084	-0.3305	-0.1065	0.1177	-0.0315	0.0049	-0.0464	0.3215	0.0302	0.2732	-0.0342	-0.0195	0.1383	0.0173	0.2087	-41.816	21.1297	83.2393
11	0.6129	0.0212	-0.3355	0.0645	-0.0712	1.3695	0.0445	0.0402	-0.0068	0.0843	-0.0304	0.0162	-0.15	-0.0764	-0.0065	0.2673	-0.0205	0.0152	0.1082	0.0046	0.2188	-48.6537	24.3692	67.8052
12	3.6658	-3.0934	-1.7708	3.3358	0.6493	3.5251	-0.0179	0.1119	-0.3516	0.2164	-0.1574	0.3383	0.5144	-0.4256	0.0597	0.2567	-0.0407	0.0285	0.1597	-0.0236	0.2142	-63.0142	27.2827	76.8783
13	1.7651	-0.0636	-0.8961	0.3162	0.4212	2.4786	0.106	0.1061	0.1628	0.1059	0.0001	0.026	-0.4004	-0.0216	-0.1419	0.308	0.0141	0.0055	0.0672	0.0157	0.2262	-48.8271	36.0283	63.5594
14	0.4646	-0.3586	-0.4021	1.0999	0.7652	0.6231	0.1257	0.0491	0.1058	0.1504	-0.0481	-0.0077	-0.3061	-0.0622	-0.0128	0.3627	-0.0078	0.0331	0.1354	-0	0.2574	-50.6899	32.6557	65.2208
15	4.1291	4.0426	-0.4879	8.4816	-1.6234	1.7917	0.0971	-0.148	0.1826	0.1811	-0.0422	-0.237	-0.2947	0.1691	-0.0291	0.3114	-0.0223	0.0404	0.1446	-0.0392	0.2032	-52.976	33.8068	82.014
16	3.0866	-0.988	0.5161	1.1116	-0.2491	1.7236	0.115	0.4416	-0.1905	-0.0814	-0.1366	-0.1767	0.2909	0.8069	0.0108	0.2366	0.0957	0.0087	0.4527	-0.0114	0.2373	-12.7625	16.3894	22.7339
17	2.2462	-0.0106	-0.159	1.0318	-0.1242	1.9459	0.0168	0.0603	0.0287	0.1102	-0.054	-0.1728	0.0217	0.4744	0.0207	0.1477	0.0054	-0.0115	0.224	0.0195	0.1425	-18.7644	22.4273	32.084
18	1.3474	0.1191	-0.4258	0.6557	-0.2097	1.8438	0.0334	-0.031	0.0803	-0.01	-0.0389	-0.1139	-0.1442	0.3409	0.0008	0.1888	-0.0522	-0.0213	0.1758	0.006	0.2053	-23.8448	28.9679	40.5381
19	2.169	0.6454	-0.5163	2.5365	-0.4357	2.7786	0.0587	0.0533	0.2823	-0.0134	-0.0606	-0.0215	-0.2362	0.3085	-0.0054	0.1812	-0.0249	-0.0243	0.238	0.0107	0.2397	-20.9529	28.4066	35.783
20	3.7278	-2.4439	0.8296	3.2271	-3.421	5.4806	0.0989	0.3142	0.3873	-0.1742	-0.234	-0.5163	-0.229	0.6896	0.1624	0.279	-0.071	-0.0104	0.5419	0.0484	0.3753	-7.9318	30.6348	30.732
21	2.2423	-0.2521	0.6325	1.3411	-0.1963	4.2076	0.0306	0.3018	0.1177	-0.0921	-0.0864	-0.0306	-0.1397	0.2934	0.0524	0.2213	0.0101	0.0102	0.2442	0.0353	0.2064	-30.3659	26.7254	7.6936
22	1.1794	0.0155	-0.1523	0.7627	0.1323	2.6037	0.0811	0.1162	0.0575	-0.0811	-0.0914	0.127	0.0644	-0.112	-0.012	0.1797	0.0161	-0.0174	0.1502	-0.0017	0.1692	-38.56	22.493	16.0096
23	0.6055	-0.2057	-0.4469	1.5496	1.7324	5.8576	0.0553	0.0664	-0.0923	-0.0246	-0.1451	0.0514	-0.036	-0.5165	0.1025	0.1655	-0.0028	-0.026	0.201	-0.0126	0.2041	-48.4516	23.0382	21.3895
24	0.7447	-0.3478	-0.2455	0.3087	-0.5148	2.5887	-0.0042	-0.0307	-0.1813	-0.0184	-0.0845	0.0566	0.4885	-0.2586	0.0694	0.2898	-0.0605	-0.0051	0.1661	-0.0344	0.246	-44.0725	11.2249	25.1134
25	0.9153	-0.4567	-0.0947	4.1348	0.1474	1.934	0.1001	0.0949	-0.1024	0.0996	-0.18	0.0155	0.3493	-0.134	0.0502	0.2262	-0.0161	-0.0229	0.1764	-0.0218	0.2009	-42.2905	17.1655	19.3908
26	3.1429	-1.9077	1.0436	2.3537	-2.9716	5.2487	0.169	0.222	-0.0095	-0.4413	-0.2201	-0.265	0.4266	0.0409	0.0349	0.2434	0.0109	-0.0277	0.238	-0.0526	0.2138	-40.9082	13.7083	5.4997
27	2.4666	-0.5432	0.8655	1.0803	-0.1321	0.3079	0.0544	0.2675	0.269	-0.0394	-0.045	0.3755	-0.2675	-0.2324	-0.0426	0.3797	0.2592	0.0697	0.8702	0.1626	0.4888	-79.9542	37.7602	45.1424
28	0.2601	-0.0983	0.0326	0.56	0.0915	0.0265	-0.0695	-0.1414	-0.0915	0.1019	0.1101	0.3959	0.0187	-0.5361	0.0127	0.2362	-0.0407	0.0062	0.9395	0.0821	0.4102	-83.1202	22.5148	51.2693
29	0.0046	-0.0092	-0.0001	0.3467	0.0141	0.0026	-0.0752	0.3245	0.2057	0.0899	0.1973	0.2769	-0.2778	-0.9209	-0.0585	0.2564	0.1392	0.0448	0.8947	0.0795	0.4331	-79.6878	29.8573	49.1956
30	1.4312	-0.8755	-0.6229	1.4714	0.6805	1.7114	-0.1374	0.0932	-0.1581	0.0601	0.1259	0.1136	0.215	-0.7121	0.0103	0.2164	-0.0724	0.0258	0.4463	0.0048	0.293	-70.8963	19.1666	56.9879
31	2.7966	0.414	-1.3895	1.5218	-0.4287	4.1084	0.0464	0.2103	0.0557	-0.0074	0.0507	0.0219	-0.13	-0.4105	-0.1102	0.2005	0.0344	0.0003	0.207	0.0005	0.1682	-58.0292	26.0583	53.288
32	8.8895	5.5949	-3.7108	6.3201	-3.3384	5.5525	0.2009	-0.032	0.2935	0.4689	-0.0531	0.4299	-0.2718	-0.6465	-0.1201	0.234	0.0481	0.0556	0.4389	0.013	0.2725	-72.4939	24.2866	68.7313
33	1.4855	0.2284	-0.2037	1.4329	-0.3757	1.5492	-0.0196	0.1323	-0.247	-0.0513	0.094	0.0791	0.3241	-0.441	0.0132	0.243	-0.0924	0.006	0.2721	-0.0122	0.2676	-62.1943	13.0394	54.391
34	1.4449	-0.1822	-0.15	2.9486	-0.2653	1.5311	-0.0513	0.2342	-0.2179	-0.0687	-0.0179	0.4083	0.2745	-0.6944	0.0301	0.2752	-0.0571	0.052	0.3462	-0.0077	0.2687	-67.7484	19.2083	54.9603
35	2.7342	0.7759	0.0203	7.1132	0.7571	2.5556	-0.0775	0.181	-0.3326	-0.0105	0.1993	0.3995	0.1636	-0.8899	-0.0721	0.2516	-0.0803	0.0475	0.776	0.021	0.403	-80.7291	17.3625	60.7931
36	0.5607	0.3494	-0.0974	0.3303	0.1998	0.6195	-0.069	0.3307	-0.0922	-0.1149	0.01	0.3364	0.1366	-0.6918	-0.4149	0.1404	-0.2521	-0.0518	1.2496	0.0367	0.4031	-78.2134	16.2103	28.9579
37	1.0911	0.0457	0.0453	0.334	0.0123	0.592	-0.0325	0.3827	-0.0746	-0.1051	0.0821	0.2079	0.1581	-1.0068	-0.019	0.217	-0.1341	-0.0366	0.7933	-0.0098	0.2903	-67.245	19.8264	28.7173
38	1.3066	-0.3754	1.0572	1.2306	-0.7162	2.3054	0.0177	0.5409	0.1373	-0.0845	0.1184	0.1511	-0.1615	-0.6364	0.065	0.1759	0.0009	-0.0106	0.618	0.072	0.2728	-62.2181	29.1437	23.3366
39	1.9359	0.0656	0.1852	0.2729	-0.4118	1.8773	-0.0561	0.2662	0.2051	-0.0566	0.0976	0.3299	-0.1452	-0.782	-0.0094	0.2427	0.0345	-0.0163	0.4852	0.0058	0.2408	-60.9359	29.3542	27.8257
40	1.7367	0.1232	0.3647	4.6724	-0.2249	1.7945	-0.2072	0.0615	0.2838	0.1189	0.5207	0.4245	-0.1049	-0.9267	-0.244	0.3085	-0.0052	-0.0184	1.1436	0.0462	0.4575	-74.6805	28.2957	17.523

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 15 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 16 through 33 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 34 through 79 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 80 through 103 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 104 through 131 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 132 through 144 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 145 through 166 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 167 through 214 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 215 through 236 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 1 through 55 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 56 through 131 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 132 through 145 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 146 through 166 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 167 through 214 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 215 through 236 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 1 through 55 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 56 through 103 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 104 through 182 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 183 through 214 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 215 through 236 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 1 through 55 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 56 through 103 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 104 through 144 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 145 through 182 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 183 through 214 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 215 through 236 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'E' and (resid 1 through 15 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'E' and (resid 16 through 33 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'E' and (resid 34 through 79 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'E' and (resid 80 through 103 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'E' and (resid 104 through 131 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'E' and (resid 132 through 144 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'E' and (resid 145 through 182 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'E' and (resid 183 through 214 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'E' and (resid 215 through 236 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'F' and (resid 1 through 33 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'F' and (resid 34 through 131 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'F' and (resid 132 through 166 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'F' and (resid 167 through 214 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'F' and (resid 215 through 236 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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