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万見
- PDB-9mhv: Monkey TLR7 ectodomain with small molecule agonist 9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mhv
タイトルMonkey TLR7 ectodomain with small molecule agonist 9
要素Toll-like receptor 7
キーワードIMMUNE SYSTEM / Toll-like receptor 7 / agonist
機能・相同性
機能・相同性情報


toll-like receptor 7 signaling pathway / toll-like receptor 8 signaling pathway / response to cGMP / siRNA binding / early phagosome / positive regulation of macrophage cytokine production / toll-like receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / positive regulation of interferon-alpha production / canonical NF-kappaB signal transduction ...toll-like receptor 7 signaling pathway / toll-like receptor 8 signaling pathway / response to cGMP / siRNA binding / early phagosome / positive regulation of macrophage cytokine production / toll-like receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / positive regulation of interferon-alpha production / canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of chemokine production / JNK cascade / positive regulation of interferon-beta production / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to virus / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of type II interferon production / cellular response to mechanical stimulus / double-stranded RNA binding / defense response to virus / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / lysosome / single-stranded RNA binding / receptor complex / endosome / inflammatory response / innate immune response / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TIR domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype ...TIR domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / CITRIC ACID / Toll-like receptor 7
類似検索 - 構成要素
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Critton, D.A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2025
タイトル: Structure-Based Design of Novel TLR7/8 Agonist Payloads Enabling an Immunomodulatory Conjugate Approach.
著者: Poudel, Y.B. / Lo, J.C. / Norris, D.J. / Cox, M. / He, L. / Johnson, W.L. / A M Subbaiah, M. / Mondal, S. / Thangavel, S. / Subramani, L. / Reddy, M. / Jain, S. / Weiss, D.R. / Sivaprakasam, ...著者: Poudel, Y.B. / Lo, J.C. / Norris, D.J. / Cox, M. / He, L. / Johnson, W.L. / A M Subbaiah, M. / Mondal, S. / Thangavel, S. / Subramani, L. / Reddy, M. / Jain, S. / Weiss, D.R. / Sivaprakasam, P. / Critton, D. / Mulligan, D. / Xie, C. / Dhar, P. / Li, Y. / Sega, E. / Yamazoe, S. / Gavai, A.V. / Mathur, A. / Zapf, C.W. / Chekler, E.P.
履歴
登録2024年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toll-like receptor 7
B: Toll-like receptor 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,47826
ポリマ－188,0292
非ポリマー6,44924
水7,909439
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)98.265, 139.436, 149.415
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Toll-like receptor 7


分子量: 94014.656 Da / 分子数: 2 / 変異: N167Q, N389Q, N488Q, N799Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 遺伝子: TLR7
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: B3Y653

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糖 , 3種, 18分子

#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 445分子

#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-A1BLT / (3S)-3-[(2-amino-5-{[2-methoxy-5-({[(3S)-oxolan-3-yl]amino}methyl)phenyl]methyl}-5H-pyrimido[5,4-b]indol-4-yl)amino]hexan-1-ol


分子量: 518.650 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H38N6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 439 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.81 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium citrate dibasic, 20% (w/v) PEG 3,350, 0.3 M NDSB-195

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→101.94 Å / Num. obs: 365769 / % possible obs: 89.2 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.45→2.72 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 17165 / CC1/2: 0.612

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.11.8 (3-FEB-2022)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.45→46.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 2.523 / SU Rfree Blow DPI: 0.326
詳細: HYDROGENS WERE FULLY REFINED WITH ZERO OCCUPANCY AT NUCLEAR POSITION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 2733 5.06 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs0.222 54005 71.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 56.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.5381 Å20 Å20 Å2
2--1.2155 Å20 Å2
3---1.3226 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→46.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12266 0 423 439 13128
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00725465HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9646046HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d7716SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes4067HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it13003HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.95
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.7
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1772SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact18073SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.61 Å / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2557 -4.9 %
Rwork0.269 1028 -
all0.2684 1081 -
obs--8.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5242-0.1141-0.42550.36560.11470.63580.0154-0.02140.0395-0.02770.0141-0.03380.0010.0326-0.0295-0.10940.0003-0.0322-0.0612-0.004-0.079117.6434-1.7024-16.2816
20.78770.0756-0.30950.9356-0.02190.49120.04210.24070.0208-0.1074-0.0370.1562-0.0496-0.1865-0.0051-0.22190.0368-0.0648-0.0264-0.0106-0.1425-23.786-1.7864-17.572
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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