PDB-9mgo: Crystal structure of Purine nucleoside phosphorylase from Trichom...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9mgo

タイトル

Crystal structure of Purine nucleoside phosphorylase from Trichomonas vaginalis (citrate bound)

要素

Purine nucleoside phosphorylase, putative

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Purine nucleoside phosphorylase / Trichomonas vaginalis

機能・相同性

機能・相同性情報

uridine catabolic process / uridine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Purine nucleoside phosphorylase from Trichomonas vaginalis (citrate bound)
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P.

履歴

登録	2024年12月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9mgo.cif.gz	574.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9mgo.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9mgo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9mgo_validation.pdf.gz	483.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9mgo_full_validation.pdf.gz	498.1 KB	表示
XML形式データ	9mgo_validation.xml.gz	71.2 KB	表示
CIF形式データ	9mgo_validation.cif.gz	92.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/9mgo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/9mgo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Purine nucleoside phosphorylase, putative

B: Purine nucleoside phosphorylase, putative

C: Purine nucleoside phosphorylase, putative

D: Purine nucleoside phosphorylase, putative

E: Purine nucleoside phosphorylase, putative

F: Purine nucleoside phosphorylase, putative

ヘテロ分子

161 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.708, 148.782, 92.987
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.69, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Purine nucleoside phosphorylase, putative 分子量: 26643.428 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし) 遺伝子: TVAG_454490 / プラスミド: TrvaA.01033.d.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A2EU62
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 897 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.97 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5 詳細: Index D4: 0.1M Citric acid pH 3.5, 25% PEG 3350, TrvaA.01033.d.B1.PW39308 at 17.4 mg/mL. citrate acquired from the crystallant. plate 14433 well D4 drop 2 , Puck: PSL0912. Cryo: 20% Glycerol + 80% crystallant

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年10月24日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→148.78 Å / Num. obs: 111774 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.8 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.118 / R_pim(I) all: 0.053 / R_rim(I) all: 0.13 / Χ²: 1.1 / Net I/σ(I): 11.1 / Num. measured all: 646415
反射シェル	解像度: 1.89→1.94 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 1.275 / Num. measured all: 47584 / Num. unique obs: 8279 / CC_1/2: 0.711 / R_pim(I) all: 0.574 / R_rim(I) all: 1.402 / Χ²: 0.94 / Net I/σ(I) obs: 1.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_5508	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.89→74.39 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.1 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1944	5578	4.99 %
R_work	0.1613	-	-
obs	0.163	111687	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.89→74.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10764	0	78	897	11739

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	11082
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.065	15056
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.838	4026
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	1744
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	1950

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.89-1.91	0.313	199	0.2771	3552	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.93	0.2855	215	0.2655	3510	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-1.96	0.2745	185	0.2424	3475	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-1.98	0.2716	185	0.2394	3569	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.01	0.2893	173	0.2317	3551	X-RAY DIFFRACTION	100
2.01-2.04	0.2735	192	0.2211	3501	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.07	0.2423	179	0.2139	3577	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.1	0.2598	174	0.196	3485	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.13	0.278	175	0.1936	3556	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.16	0.2288	184	0.1875	3572	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.2	0.2332	168	0.1815	3444	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.24	0.2421	215	0.1754	3561	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.28	0.227	206	0.1712	3479	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.33	0.2253	162	0.1703	3604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.38	0.2056	179	0.1632	3534	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.44	0.1957	176	0.1612	3553	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.5	0.2079	190	0.1566	3500	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.57	0.2032	194	0.1591	3556	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.64	0.194	185	0.1525	3514	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.73	0.224	193	0.1554	3551	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.82	0.213	178	0.1551	3526	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-2.94	0.1923	178	0.1552	3526	X-RAY DIFFRACTION	100
2.94-3.07	0.2112	201	0.1616	3560	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.23	0.2035	190	0.1584	3544	X-RAY DIFFRACTION	100
3.23-3.43	0.1579	190	0.1508	3518	X-RAY DIFFRACTION	100
3.43-3.7	0.164	174	0.1453	3557	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7-4.07	0.161	180	0.1349	3511	X-RAY DIFFRACTION	99
4.07-4.66	0.1283	217	0.1157	3544	X-RAY DIFFRACTION	100
4.66-5.87	0.1562	195	0.1399	3544	X-RAY DIFFRACTION	100
5.87-74.39	0.1959	146	0.1726	3635	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 9.7928 Å / Origin y: 8.476 Å / Origin z: -19.3475 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2041 Å²	-0.0251 Å²	-0.0131 Å²	-	0.153 Å²	-0.0071 Å²	-	-	0.1689 Å²
L	0.2672 °²	-0.1253 °²	-0.1354 °²	-	0.4694 °²	0.1555 °²	-	-	0.6112 °²
S	-0.0196 Å °	0.0437 Å °	-0.0274 Å °	0.0227 Å °	-0.015 Å °	0.0222 Å °	-0.0512 Å °	-0.0085 Å °	0.0326 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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