PDB-9mg2: Structure of Kluyveromyces lactis mRNA cap (guanine-N7) methyltra...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9mg2

タイトル

Structure of Kluyveromyces lactis mRNA cap (guanine-N7) methyltransferase, Abd1, in complex with sinefungin

要素

mRNA cap guanine-N(7) methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / METHYLTRANSFERASE / MRNA / CAP / sinefungin / Abd1 / K. lactis

機能・相同性

機能・相同性情報

mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.59 Å

データ登録者

Nilson, D.J. / Fedorov, E. / Ghosh, A.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	5T32GM007491	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	S10 OD020068	米国

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2025
タイトル: Structural basis for sensitivity and acquired resistance of fungal cap guanine-N7 methyltransferases to the antifungal antibiotic Sinefungin
著者: Nilson, D.J. / Schwer, B. / Shuman, S. / Almo, S.C.

履歴

登録	2024年12月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年7月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9mg2.cif.gz	254.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9mg2.ent.gz	202.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9mg2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9mg2_validation.pdf.gz	1008.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9mg2_full_validation.pdf.gz	1012.8 KB	表示
XML形式データ	9mg2_validation.xml.gz	31.4 KB	表示
CIF形式データ	9mg2_validation.cif.gz	43.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/9mg2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/9mg2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9mg0C 9mg1C 9mg3C 9mg4C 9mg5C 9mg6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (6) #103 - 2008年7月デングウイルス (Dengue Virus) 類似性 (1) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1) #197 - 2016年5月ジカウイルス (Zika Virus) 類似性 (1)

登録構造単位

A: mRNA cap guanine-N(7) methyltransferase

B: mRNA cap guanine-N(7) methyltransferase

ヘテロ分子

68 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: mRNA cap guanine-N(7) methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Superdex S200
34.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: mRNA cap guanine-N(7) methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.962, 54.789, 112.933
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.80, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	mRNA cap guanine-N(7) methyltransferase / mRNA (guanine-N(7))-methyltransferase / mRNA cap methyltransferase 分子量: 33276.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) 遺伝子: ABD1, KLLA0F10527g / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q6CKI0, mRNA (guanine-N7)-methyltransferase

#1: タンパク質

mRNA cap guanine-N(7) methyltransferase / mRNA (guanine-N(7))-methyltransferase / mRNA cap methyltransferase

分子量: 33276.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
遺伝子: ABD1, KLLA0F10527g / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q6CKI0, mRNA (guanine-N7)-methyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 414分子

#2: 化合物	ChemComp-SFG / SINEFUNGIN / ADENOSYL-ORNITHINE / シネフンギン分子量: 381.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₃N₇O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.36 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Magesium Chloride, and 25% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.075 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.59→50 Å / Num. obs: 67709 / % possible obs: 89.6 % / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.058 / Χ²: 1.126 / Net I/σ(I): 9.5 / Num. measured all: 143857

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.59-1.62	2.1	0.525	3401	1.257	1	91.7
1.62-1.65	2.1	0.488	3438	1.241	1	90.9
1.65-1.68	2.1	0.419	3392	1.248	1	92.1
1.68-1.71	2.1	0.378	3437	1.243	1	89.5
1.71-1.75	2.1	0.321	3397	1.229	1	91.5
1.75-1.79	2.1	0.271	3384	1.192	1	89.7
1.79-1.84	2.1	0.231	3351	1.286	1	88.6
1.84-1.89	2.1	0.195	3344	1.294	1	89.3
1.89-1.94	2.1	0.154	3319	1.221	1	88.1
1.94-2	2.1	0.123	3279	1.042	1	87.2
2-2.07	2.1	0.118	3266	1.336	1	87.4
2.07-2.16	2.1	0.088	3259	1.133	1	86.2
2.16-2.26	2.2	0.074	3239	0.825	1	85.8
2.26-2.38	2.1	0.072	3216	1.029	1	84.9
2.38-2.52	2.1	0.06	3251	0.931	1	86.4
2.52-2.72	2.1	0.054	3261	0.949	1	85.8
2.72-2.99	2.1	0.045	3345	0.937	1	88.1
2.99-3.43	2.1	0.037	3538	0.998	1	92.9
3.43-4.32	2.1	0.03	3717	1.015	1	97.7
4.32-50	2.2	0.027	3875	1.11	1	98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21rc1_5156)	精密化
Aimless		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.59→24.64 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.93 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2187	3363	4.97 %
R_work	0.1868	-	-
obs	0.1884	67646	89.54 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.59→24.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4676	0	97	403	5176

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.796
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.18	1893
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	687
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	867

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.59-1.61	0.2981	141	0.256	2626	X-RAY DIFFRACTION	90
1.61-1.64	0.3171	142	0.2509	2717	X-RAY DIFFRACTION	91
1.64-1.66	0.3126	157	0.2461	2714	X-RAY DIFFRACTION	92
1.66-1.69	0.3038	126	0.2366	2710	X-RAY DIFFRACTION	91
1.69-1.72	0.2511	147	0.2231	2671	X-RAY DIFFRACTION	90
1.72-1.75	0.2627	158	0.2125	2689	X-RAY DIFFRACTION	91
1.75-1.78	0.2396	149	0.2057	2673	X-RAY DIFFRACTION	89
1.78-1.82	0.229	124	0.2011	2669	X-RAY DIFFRACTION	90
1.82-1.86	0.235	120	0.2024	2637	X-RAY DIFFRACTION	89
1.86-1.9	0.2699	141	0.2045	2689	X-RAY DIFFRACTION	89
1.9-1.95	0.248	147	0.1925	2582	X-RAY DIFFRACTION	87
1.95-2	0.236	130	0.1886	2608	X-RAY DIFFRACTION	87
2-2.06	0.2467	128	0.193	2606	X-RAY DIFFRACTION	88
2.06-2.13	0.2207	135	0.1822	2584	X-RAY DIFFRACTION	86
2.13-2.2	0.2012	119	0.1772	2580	X-RAY DIFFRACTION	86
2.2-2.29	0.2172	128	0.1854	2578	X-RAY DIFFRACTION	86
2.29-2.4	0.2211	139	0.1899	2545	X-RAY DIFFRACTION	86
2.4-2.52	0.2112	131	0.1936	2571	X-RAY DIFFRACTION	86
2.52-2.68	0.2413	137	0.1929	2587	X-RAY DIFFRACTION	86
2.68-2.89	0.2447	151	0.1993	2606	X-RAY DIFFRACTION	87
2.89-3.18	0.2242	150	0.1961	2699	X-RAY DIFFRACTION	91
3.18-3.64	0.1939	160	0.1775	2875	X-RAY DIFFRACTION	95
3.64-4.58	0.1779	138	0.1552	3014	X-RAY DIFFRACTION	98
4.58-24.64	0.1668	165	0.1577	3053	X-RAY DIFFRACTION	98

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関連情報:EMDBヘッダ

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