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- PDB-9mfr: Cat DHX9 in Complex with Compound 23 and ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mfr
タイトルCat DHX9 in Complex with Compound 23 and ADP
要素RNA helicase
キーワードHYDROLASE / Helicase / DHX9 / Inhibitor / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-5' DNA/RNA helicase activity / regulation of mRNA processing / 3'-5' DNA helicase activity / DNA-templated transcription termination / double-stranded RNA binding / RNA helicase activity / RNA helicase / ribonucleoprotein complex / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II ...3'-5' DNA/RNA helicase activity / regulation of mRNA processing / 3'-5' DNA helicase activity / DNA-templated transcription termination / double-stranded RNA binding / RNA helicase activity / RNA helicase / ribonucleoprotein complex / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DHX9, first double-stranded RNA binding domain / DHX9, second double-stranded RNA binding domain / DHX9, DEXH-box helicase domain / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation ...DHX9, first double-stranded RNA binding domain / DHX9, second double-stranded RNA binding domain / DHX9, DEXH-box helicase domain / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ATP-dependent RNA helicase A
類似検索 - 構成要素
生物種Felis catus (イエネコ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Lockbaum, G.J. / Lee, Y.-T. / Sickmier, E.A. / Boriack-Sjodin, P.A. / Grigoriu, S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Discovery of ATX968: An Orally Available Allosteric Inhibitor of DHX9.
著者: Daniels, M.H. / Castro, J. / Lee, Y.T. / Gotur, D. / Knockenhauer, K.E. / Grigoriu, S. / Lockbaum, G.J. / Cheong, J.E. / Lu, C. / Brennan, D. / Buker, S.M. / Liu, J. / Yao, S. / Sparling, B.A. ...著者: Daniels, M.H. / Castro, J. / Lee, Y.T. / Gotur, D. / Knockenhauer, K.E. / Grigoriu, S. / Lockbaum, G.J. / Cheong, J.E. / Lu, C. / Brennan, D. / Buker, S.M. / Liu, J. / Yao, S. / Sparling, B.A. / Sickmier, E.A. / Ribich, S. / Blakemore, S.J. / Silver, S.J. / Boriack-Sjodin, P.A. / Duncan, K.W. / Copeland, R.A.
履歴
登録2024年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA helicase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,03624
ポリマ－114,6051
非ポリマー2,43123
水5,242291
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.882, 85.882, 346.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1218-

SO4

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 RNA helicase / DEAH box protein 9 / Nuclear DNA helicase II


分子量: 114605.445 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 151-1151 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Felis catus (イエネコ) / 遺伝子: DHX9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: M3WPI7, RNA helicase

-
非ポリマー , 7種, 314分子

#2: 化合物 ChemComp-A1BKY / N-[3-bromo-5-(methanesulfonamido)phenyl]-4-phenylthiophene-2-carboxamide


分子量: 451.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H15BrN2O3S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.88 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.15 M Ammonium sulfate,0.1 M TRIS pH 7.8, 15% w/v PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→49.78 Å / Num. obs: 55489 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.3 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 26.1
反射 シェル解像度: 2.35→2.42 Å / 冗長度: 25.3 % / Rmerge(I) obs: 1.877 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 4465 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0267精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→49.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 14.953 / SU ML: 0.184 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.272 / ESU R Free: 0.233 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26194 2791 5 %RANDOM
Rwork0.20512 ---
obs0.20795 52570 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 69.143 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å20 Å20 Å2
2---0.07 Å20 Å2
3---0.15 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.35→49.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6822 0 138 291 7251
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0137099
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0156768
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4461.6499628
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2171.57315587
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9175857
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.07522.398367
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.313151215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.851547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2932
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027881
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021583
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4282.7533437
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4252.7523436
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.474.124291
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.474.1214292
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7273.1993662
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.6043.0973623
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.5524.5375278
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.67533.2227663
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.49132.697609
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.381 199 -
Rwork0.306 3789 -
obs--99.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.8486-3.2881.37151.8608-0.63611.84260.25940.0124-0.6188-0.1557-0.10350.3594-0.0219-1.1849-0.15590.1114-0.0153-0.19711.00520.09590.6497-29.0964-6.5558-61.3186
20.97220.00520.41250.13860.19750.6996-0.0211-0.0318-0.0146-0.12020.11040.0187-0.18180.1383-0.08930.5195-0.1307-0.01340.6234-0.09470.355724.68159.4565-66.826
30.3048-0.03030.54140.7350.31261.24110.22310.0523-0.07130.05130.0551-0.06730.34520.105-0.27820.61590.0276-0.14280.6828-0.04270.263925.3737-16.7164-66.7598
40.8763-0.29140.41161.0684-0.57241.11730.05880.0018-0.0512-0.00060.00190.0250.0464-0.1208-0.06060.49650.0003-0.0540.5441-0.0830.4035-6.4218-6.0409-54.9152
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A270 - 302
2X-RAY DIFFRACTION2A303 - 534
3X-RAY DIFFRACTION3A535 - 839
4X-RAY DIFFRACTION4A840 - 1153

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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