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- PDB-9mf3: Crystal Structure of macrophage migration inhibitory factor from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mf3
タイトルCrystal Structure of macrophage migration inhibitory factor from Plasmodium knowlesi
要素L-dopachrome isomerase
キーワードCYTOKINE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / macrophage migration inhibitory factor / TPlasmodium knowlesi
機能・相同性
機能・相同性情報


phenylpyruvate tautomerase / L-dopachrome isomerase / phenylpyruvate tautomerase activity / cytokine activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Macrophage migration inhibitory factor / Macrophage migration inhibitory factor (MIF) / Tautomerase/MIF superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / L-dopachrome isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium knowlesi strain H (カニクイザルマラリア原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93022C00036 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD030394 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of macrophage migration inhibitory factor from Plasmodium knowlesi
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P.
履歴
登録2024年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-dopachrome isomerase
B: L-dopachrome isomerase
C: L-dopachrome isomerase
D: L-dopachrome isomerase
E: L-dopachrome isomerase
F: L-dopachrome isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,88810
ポリマ－90,6976
非ポリマー1914
水1629
1
A: L-dopachrome isomerase
B: L-dopachrome isomerase
C: L-dopachrome isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4445
ポリマ－45,3493
非ポリマー962
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7280 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area13220 Å2
手法PISA
2
D: L-dopachrome isomerase
E: L-dopachrome isomerase
F: L-dopachrome isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4445
ポリマ－45,3493
非ポリマー962
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6960 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area13820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.171, 134.171, 132.695
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質
L-dopachrome isomerase / L-dopachrome tautomerase / Phenylpyruvate tautomerase


分子量: 15116.226 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium knowlesi strain H (カニクイザルマラリア原虫)
遺伝子: PKNH_1448700 / プラスミド: PlknA.00834.a.UX11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A384LDV6, phenylpyruvate tautomerase, L-dopachrome isomerase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.64 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Crystal Screen HT B12: 0.2M CaCl2, 0.1M NaAc/HAC pH 4.6, 20% iso-propanol. PlknA.00834.a.UX1.PW39225 at 23.5 mg/mL. plate Liu-S-144 B1. Puck: PSL-0508, Cryo: 30% glycerol + 70% crystallant

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年9月28日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→47.44 Å / Num. obs: 32136 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.153 / Χ2: 1.07 / Net I/σ(I): 15.5 / Num. measured all: 424806
反射 シェル解像度: 2.75→2.82 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 1.932 / Num. measured all: 30250 / Num. unique obs: 2327 / CC1/2: 0.575 / Rpim(I) all: 0.554 / Rrim(I) all: 2.01 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I) obs: 1.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_5508精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.75→47.44 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2273 1617 5.04 %
Rwork0.1984 --
obs0.1998 32076 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→47.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5421 0 10 9 5440
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055516
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8627398
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4852040
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048826
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006961
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.75-2.830.34081290.3012497X-RAY DIFFRACTION100
2.83-2.920.33251330.27472480X-RAY DIFFRACTION100
2.92-3.030.32411380.26652478X-RAY DIFFRACTION100
3.03-3.150.27441370.27082503X-RAY DIFFRACTION100
3.15-3.290.24281250.23922509X-RAY DIFFRACTION100
3.29-3.460.2571550.23052487X-RAY DIFFRACTION100
3.46-3.680.3151400.22562519X-RAY DIFFRACTION100
3.68-3.970.25691220.20222546X-RAY DIFFRACTION100
3.97-4.360.17291550.16192519X-RAY DIFFRACTION100
4.36-50.17381050.14852593X-RAY DIFFRACTION100
5-6.290.20391620.18472566X-RAY DIFFRACTION100
6.29-47.440.18791160.18242762X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.85572.6269-3.7692.9734-3.58075.3606-1.88671.03030.609-0.18671.3120.01310.5056-0.40960.68880.66060.1492-0.07120.6115-0.11690.5323-45.9584-16.3887-23.2755
21.7243-0.9215-1.1291.39990.17618.25430.12240.35690.5320.44920.00550.70410.4477-0.96030.07380.394-0.07110.02020.4788-0.0230.7597-57.1404-12.6226-5.0622
38.26691.2044-4.65587.0744-3.74985.1404-0.34741.01880.1552-0.49530.35280.36880.9966-1.5256-0.21380.4505-0.1262-0.08290.7412-0.15870.6416-61.1145-14.6006-16.026
47.99191.19511.02934.2092-4.4185.8462-0.28811.08970.866-0.73580.1964-0.2187-0.32851.41010.1470.6262-0.0211-0.11340.7899-0.15030.5952-52.8017-17.4194-24.6373
52.40950.3823.01913.9610.2324.06910.2766-0.6247-0.07490.53660.1229-0.19960.3440.0828-0.37120.4149-0.0549-0.03170.56190.04950.6537-56.1458-8.5720.7756
68.4196-2.2172-2.96063.9950.34828.39760.25431.27280.0056-0.5631-0.17510.0596-0.8608-0.41510.04420.4852-0.0066-0.07970.4519-0.0310.4699-54.9112-4.9994-15.9428
76.38392.1529-4.56264.76050.88697.4821-0.21640.47360.69720.00820.25640.40960.1959-0.20370.07050.37830.0399-0.09390.5097-0.09170.5543-56.453-3.1711-8.2311
81.67830.85460.32032.04650.50354.77910.22360.40870.17810.0775-0.1113-0.8801-0.09280.44980.02740.77670.03020.02240.8450.05730.78-37.6652-17.6595-20.3006
97.0911.5137-4.61132.481-2.87624.66080.4393-0.7947-0.34190.89360.4716-2.33990.04952.246-0.56870.46470.1172-0.16280.9219-0.24180.9248-26.7253-12.4146-0.5925
109.09222.1061-2.16984.8555-1.45462.87-0.4594-1.0168-1.1121-0.5007-0.2327-0.39440.677-0.15460.47520.61440.05990.09880.48080.00160.6254-45.1884-24.2191-4.0942
113.44672.6854-2.4275.2607-1.46555.59220.2517-0.4227-0.95430.2564-0.5054-0.47040.55050.50450.29120.59690.1012-0.0910.44440.03010.6737-33.9813-27.5721-2.1674
127.896-0.4617-1.00684.6684-0.744.078-0.9814-0.48580.68120.18160.36680.0422-0.0695-0.08810.4970.34690.1144-0.02470.3337-0.08840.593-34.0015-20.3346-0.0831
132.817-2.1919-1.833.9760.09869.8906-0.02770.1057-0.77420.03540.2070.636-0.0969-0.9223-0.25940.5142-0.0214-0.03520.4673-0.05720.8963-54.3767-23.517-11.5206
146.12121.42620.52875.2468-0.09722.5693-0.12330.3988-0.0648-0.45930.0745-0.77290.31390.3504-0.0310.40480.11730.0340.49840.01890.579-34.1279-21.5429-11.8498
152.99641.73531.14453.6729-2.84576.2438-0.27770.6063-0.2317-0.99250.02340.03171.04570.25720.24740.51220.0946-0.00790.474-0.07540.6097-41.9213-23.2374-13.6808
166.03162.30941.18453.2472-0.3212.1131-0.27280.20920.3743-0.67230.7026-1.1638-0.0854-0.50250.03190.7374-0.0170.1360.6231-0.09210.9476-29.6728-4.12050.7909
172.4755-2.41610.28468.1079-0.30653.6473-0.0514-0.15750.11860.29480.06310.1621-0.0475-0.1438-0.02880.359-0.00870.02720.4513-0.04160.4329-45.9728-6.45266.5939
183.3582-2.10430.98027.4965-1.48956.3306-0.2724-0.42140.74960.16050.2983-0.6708-0.74510.246-0.15660.43950.00940.02320.5092-0.16030.7608-38.145-0.58364.6206
194.5323-0.4216-2.22487.9984-1.6733.95460.0571-0.8005-0.0039-0.056-0.0437-0.54190.8271.0742-0.38250.40730.08650.02420.605-0.1170.5804-36.2284-8.35136.417
202.1227-0.7415-0.71117.67340.82775.57420.284-0.64220.7305-0.367-0.2504-0.4935-0.62740.38740.03990.6716-0.04560.01160.59840.01450.7959-51.0813.2324-12.3793
211.72092.00980.71223.15981.78441.76989.299519.95431.7779-9.3711-5.13081.7215-5.5328-13.8734-4.33760.92780.4564-0.18221.36480.0581.3523-48.97347.592-16.4761
224.31571.128-2.27590.8837-0.27549.771-0.0135-0.7653-0.45040.2781-0.29740.00260.170.29080.09810.702-0.12530.00290.71520.03270.7078-72.742-15.990718.6357
234.7390.2522-0.07014.5816-1.58511.62040.1133-0.0395-1.02990.14640.76610.89441.9191-3.1617-0.62360.9002-0.29970.13130.7930.04820.7546-76.3661-19.300821.18
243.7976-0.8782.05216.02091.69755.64070.0972-0.3732-0.5755-0.5798-0.22790.2837-0.5491-1.1034-0.14620.6342-0.04090.08830.7644-0.12080.6126-76.4422-7.15261.0672
259.06931.595-1.47014.1541-2.06713.47360.4126-1.04860.09731.1506-0.1815-0.2318-1.3143-0.5830.1340.8012-0.12510.090.8195-0.01840.552-77.841-7.749221.2793
265.06610.3591-1.65496.7092-1.35126.8958-0.27450.17831.14280.39310.5176-0.4032-0.3214-0.5022-0.04760.5502-0.01790.07690.75530.05610.4878-76.4713-5.264313.3816
275.23394.9198-0.71987.6802-0.05876.79210.67141.1641-0.9850.6432-1.3244-0.9466-1.8041-1.87350.48571.2125-0.2790.2241.74240.07310.9502-91.7452-23.897925.6052
283.1556-0.36880.22967.1807-1.17986.42420.0369-0.15-0.3895-0.81820.14520.19090.3113-1.164-0.26550.5511-0.1710.05081.04760.02460.5452-86.6522-11.2201-1.4488
290.74010.49220.62962.773-0.5032.7126-0.051-0.1679-0.0443-0.10920.34930.7152-0.1686-1.6101-0.23660.7424-0.1110.07861.59480.08610.9177-92.9089-7.45224.0971
306.3913-1.47211.86094.735-0.29216.22990.42821.23030.8634-1.1944-0.09171.95011.771-1.6395-0.2671.0208-0.5347-0.11461.18910.21011.1926-92.9617-23.96099.2015
316.28611.5375-1.24742.3378-1.76562.7084-0.0841.0293-1.2077-0.18540.31430.73362.7809-1.6898-0.14411.573-0.7723-0.25241.34240.04591.1574-90.528-34.00597.715
325.89111.1991-1.5321.7935-1.46852.4066-0.72752.1077-0.9110.73341.1697-0.216-1.5605-0.1403-0.37891.1952-0.7284-0.52921.8930.30871.3432-104.0764-28.05135.6477
335.287-0.9809-0.4844.4247-0.0931.37510.3176-0.57570.97861.01070.03130.7131.3722-0.7434-0.28211.6334-1.1296-0.01210.47160.15631.1003-85.5551-26.34386.0593
341.14130.84541.11533.9809-2.13338.8360.1063-0.9373-0.6247-0.4213-0.3137-1.2721.3646-0.53980.24521.1037-0.3318-0.0330.84710.13810.7978-74.3711-25.970116.6749
357.88272.0772.95513.998-0.03576.35020.2479-0.10980.34120.4525-0.64730.73530.889-2.3002-0.10921.2656-0.46990.12571.6733-0.23741.0703-90.4076-23.073514.5344
363.98-0.25412.09313.98721.79222.0775-0.0186-0.9926-0.45150.95010.27511.04181.7226-2.4632-0.14571.436-0.63140.1661.67520.36181.1036-96.0037-30.416318.6423
375.8221-1.62711.40773.44642.93446.56680.8327-0.0675-0.720.5879-0.86241.02471.9033-0.6176-0.03511.316-0.3750.05181.38550.32460.9169-86.5591-28.490119.0294
384.3605-0.0266-0.09166.49330.5189.3448-0.3177-1.75270.3794-0.49011.5450.29211.26570.3065-0.94230.7915-0.2873-0.14732.35070.16351.2213-102.662-12.32134.8623
391.99991.99982.000121.99992-7.2755-4.82798.2177-7.18035.349511.6277-25.51342.50061.76752.05430.80850.37242.57331.44041.1742-108.5893-9.22046.5736
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -2 through 2 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 3 through 13 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 14 through 32 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 33 through 39 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 40 through 58 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 59 through 88 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 89 through 102 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 103 through 116 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid -2 through 2 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 3 through 13 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 14 through 32 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 33 through 45 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 46 through 58 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 59 through 88 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 89 through 102 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 103 through 116 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid -2 through 58 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 59 through 88 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 89 through 102 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 103 through 115 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 116 through 116 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid -2 through 32 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 33 through 45 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 46 through 58 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 59 through 88 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 89 through 102 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 103 through 115 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid -1 through 58 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 59 through 115 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 0 through 8 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 9 through 32 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 33 through 39 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 40 through 45 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 46 through 58 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'F' and (resid 59 through 65 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 66 through 88 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'F' and (resid 89 through 102 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'F' and (resid 103 through 115 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'F' and (resid 116 through 116 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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