PDB-9mex: Structure of phosphocysteine intermediate of human PRL1 phosphatase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9mex

タイトル

Structure of phosphocysteine intermediate of human PRL1 phosphatase

要素

Protein tyrosine phosphatase type IVA 1

キーワード

HYDROLASE / Phosphatase fold / alpha and beta protein / phosphocysteine

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / spindle / cytoplasmic side of plasma membrane / early endosome / positive regulation of cell migration / endoplasmic reticulum / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Mahbub, L. / Kozlov, G. / Knorn, C. / Gehring, K.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Structure of the phosphocysteine intermediate of the phosphatase of regenerating liver PTP4A1.
著者: Mahbub, L. / Kozlov, G. / Knorn, C. / Gehring, K.

履歴

登録	2024年12月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年6月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2025年6月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	9mex_full_validation.pdf.gz	454.9 KB	表示
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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (5) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (6) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Protein tyrosine phosphatase type IVA 1

B: Protein tyrosine phosphatase type IVA 1

ヘテロ分子

38.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein tyrosine phosphatase type IVA 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
19.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein tyrosine phosphatase type IVA 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	148.164, 148.164, 148.164
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	199
Space group name H-M	I2₁3
Space group name Hall	I2b2c3
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: z,x,y #3: y,z,x #4: -y,-z+1/2,x #5: z,-x,-y+1/2 #6: -y+1/2,z,-x #7: -z,-x+1/2,y #8: -z+1/2,x,-y #9: y,-z,-x+1/2 #10: x,-y,-z+1/2 #11: -x+1/2,y,-z #12: -x,-y+1/2,z #13: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #14: z+1/2,x+1/2,y+1/2 #15: y+1/2,z+1/2,x+1/2 #16: -y+1/2,-z+1,x+1/2 #17: z+1/2,-x+1/2,-y+1 #18: -y+1,z+1/2,-x+1/2 #19: -z+1/2,-x+1,y+1/2 #20: -z+1,x+1/2,-y+1/2 #21: y+1/2,-z+1/2,-x+1 #22: x+1/2,-y+1/2,-z+1 #23: -x+1,y+1/2,-z+1/2 #24: -x+1/2,-y+1,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-306- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 9 through 34 or (resid 35...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 9 through 26 or resid 28...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	PRO	PRO	PHE	PHE	A	A	9 - 160	13 - 164
d_2	1	PRO	PRO	THR	THR	B	B	9 - 26	13 - 30
d_2	2	ALA	ALA	PHE	PHE	B	B	28 - 160	32 - 164

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.366668480211, 0.885582916496, -0.285126504608), (0.89379080563, -0.250237507145, 0.372181656976), (0.258248371517, -0.391310730786, -0.883280074823)ベクター: 47. ...

#1: タンパク質	Protein tyrosine phosphatase type IVA 1 / PTP(CAAXI) / Protein-tyrosine phosphatase 4a1 / Protein-tyrosine phosphatase of regenerating liver 1 / PRL-1 分子量: 18820.727 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 7-160 / 変異: C49S, D72A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTP4A1, PRL1, PTPCAAX1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93096, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.7 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M potassium nitrate and 2.2 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.953 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 16735 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.8 % / B_iso Wilson estimate: 78.11 Å² / CC_1/2: 0.962 / R_merge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 94.6
反射シェル	解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 20.3 % / R_merge(I) obs: 2.338 / Num. unique obs: 1659 / CC_1/2: 0.671 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4092	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.19_4092	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6→46.85 Å / SU ML: 0.4555 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 33.5422
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2374	867	5.18 %
R_work	0.1937	15868	-
obs	0.1959	16735	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 86.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→46.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2345	0	25	12	2382

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0048	2418
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8021	3298
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0484	378
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0058	413
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.6686	331

Refine LS restraints NCS

タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.0622319697 Å

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.77	0.3424	133	0.3002	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.98	0.3834	143	0.297	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.28	0.318	153	0.2826	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
3.28-3.75	0.2378	181	0.223	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
3.76-4.73	0.1956	131	0.1687	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
4.73-46.85	0.2137	126	0.1563	2751	X-RAY DIFFRACTION	99.93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.72493521216	-3.26579538814	-1.3298879062	4.56693942639	-0.105217373954	4.77447134503	-0.195875263714	-0.395324747477	0.537317945152	0.392110238981	0.335546158195	-0.770552371037	-0.264864820116	0.676761461781	-0.0996455685652	0.500513941927	-0.071060246696	-0.0834813112664	0.606912624008	-0.0353589166471	0.725395295167	1.5513532744	-20.6248642504	-9.19666305622
2	3.18679851133	-1.59221825751	-1.23966742562	4.12856165783	-1.57504346759	7.83536473061	-0.0244691667203	-0.247345838078	0.0832871657542	-0.155249167993	-0.0487218186024	-0.58741816847	0.026441776785	0.634023694446	0.0597966590212	0.666811638454	-0.00377541486201	-0.0035459179757	0.673346082119	-0.0715147716926	0.973764218399	5.56225641921	-28.6330958222	-17.4352071234
3	4.965122041	2.09958611793	-2.51407128321	4.68383058927	-2.40277047816	5.79876827126	-0.150045016111	0.0963692662182	0.124842638235	0.884421291469	0.134586681899	-0.736028873421	-1.16410094844	0.196873516968	0.378804209496	0.568528839519	-0.0189834442064	-0.177073223896	0.528022834509	-0.0156925554808	0.835469580171	1.91657330904	-22.0075109314	-14.2649825056
4	7.49172057536	0.055237463811	0.279564607962	1.75359612259	-0.273118948479	3.90590932103	-0.128972901554	0.194167419683	0.0566995143961	-0.160784164966	-0.000568217263761	0.135524183945	0.104199296997	-0.187336012358	0.0837125244524	0.56988556581	-0.0398071008788	0.0147283737543	0.495509936168	-0.0183174026775	0.570389489169	-5.06517310584	-19.4835563912	-26.058278051
5	8.66291932119	-0.231642008604	0.476272797372	4.69235995632	1.90121410154	6.60506888562	0.0958330777462	-0.653726522241	0.0973588736722	0.567363835471	-0.181235359168	0.302664060034	0.219462186064	-0.169240173553	0.117623282598	0.602437407912	-0.097506409351	0.0178790250832	0.592753717244	0.0209313839288	0.782891354163	30.0787816451	-31.7283821965	-29.0351489624
6	0.664348944767	2.31950887378	-2.36014974024	8.37850979314	-8.28152866423	8.36023654271	-0.0414774015665	1.94625856338	2.21140048391	-0.919695278928	-0.13342117883	-1.28381132744	-3.06243779501	1.18333180182	-0.316014163568	1.65269081124	-0.424216996054	-0.099690453687	1.1178954482	0.416491619722	1.71477654916	40.0013226949	-14.7700557628	-30.7837520258
7	3.20162080546	-1.0409506056	-0.963700078521	1.76824417633	-1.46706426471	2.45635835911	0.050976260256	0.639699782186	0.741613939727	-1.309827726	0.200468322731	0.195924952988	-0.313274248544	-0.169499515537	-0.520658148484	1.17284954387	-0.210379531686	0.0249615308325	0.765500312209	0.179635004047	1.17476147546	30.8755951295	-18.1631049094	-32.8743391906
8	9.33881173406	3.41061542679	0.751300291731	8.72526016822	-7.19957578209	7.53223686291	-0.110689011749	1.57324759068	0.909497112355	1.65346425204	-1.05225828309	1.28534679678	-3.18754075169	0.695991493141	1.31544414097	1.23142604706	-0.282529920125	0.162851032389	0.988265080231	0.0599577421373	1.48475887917	36.4242622903	-12.384226824	-23.3939587276
9	2.66654517321	-2.26497650367	3.55419001354	4.51410651053	-3.6616931205	4.90197576713	-0.833803383285	-0.619049650763	1.90908200385	1.24021835386	-0.0553303145378	0.228956821734	-2.09952764312	-0.751288416899	0.502447767254	1.16910342651	-0.051118819292	0.10426006951	0.58102691415	0.115057108156	1.44959412135	26.7892292887	-12.270844112	-27.2055025491
10	5.63621910363	-3.3525069768	2.86571390459	4.59063072009	0.397861196883	8.03152870975	-0.382678545815	-0.474590355819	1.56273933439	0.382540703836	-0.0518097510751	-0.164910250704	-0.81395524633	0.270135127589	0.47897817115	0.664017889828	-0.117229593719	0.095364396531	0.554038477135	-0.0441705026202	1.02121799044	28.2835990272	-24.6461774961	-16.0438468443
11	3.56511018342	2.71868067274	3.94762145487	3.96668321659	1.23945423175	6.38443779949	-0.758779860678	1.16522704469	2.07477084298	-1.00860321508	-0.0461691122724	-0.121263672809	-0.744017478351	0.723682311824	0.923573574235	0.83057795776	-0.126367057711	0.0108425649319	0.633944768747	0.0987165878702	1.03741273052	32.6415493122	-24.116246294	-26.3989124779
12	3.43283019534	-1.47957778836	-1.86364473077	4.76589415142	-0.373875859268	3.59181657757	0.00658013997896	0.0395490001008	0.226898723737	-0.394384890697	0.0688373813045	0.228822238001	0.134863280893	0.277865279216	-0.185591590743	0.651969419556	-0.124635284898	0.0568513197386	0.722540030319	0.064535406839	0.85539773724	35.6056231228	-35.9477798328	-21.1570952005
13	2.18353254422	-0.436098834401	-0.181602934064	4.30282358294	-0.834368980622	3.42249966759	0.33814175428	-0.0923677736699	-0.349579585159	0.124865783169	-0.226330157196	-0.30242842441	-0.275125035689	0.16197380876	0.279814165392	0.761037937755	-0.153161897673	-0.00270493299982	0.831661238464	-0.0267801694237	0.920699844596	35.2735944888	-34.999438592	-15.4613790881

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 9 through 47 )	A	A	9 - 47	1 - 38
2	2	chain 'A' and (resid 48 through 94 )	A	A	48 - 94	39 - 85
3	3	chain 'A' and (resid 95 through 109 )	A	A	95 - 109	86 - 100
4	4	chain 'A' and (resid 110 through 160 )	A	A	110 - 160	101 - 151
5	5	chain 'B' and (resid 9 through 21 )	B	B	9 - 21	1 - 13
6	6	chain 'B' and (resid 22 through 29 )	B	B	22 - 29	14 - 21
7	7	chain 'B' and (resid 30 through 47 )	B	B	30 - 47	22 - 39
8	8	chain 'B' and (resid 48 through 54 )	B	B	48 - 54	40 - 46
9	9	chain 'B' and (resid 55 through 67 )	B	B	55 - 67	47 - 59
10	10	chain 'B' and (resid 68 through 94 )	B	B	68 - 94	60 - 86
11	11	chain 'B' and (resid 95 through 109 )	B	B	95 - 109	87 - 101
12	12	chain 'B' and (resid 110 through 136 )	B	B	110 - 136	102 - 128
13	13	chain 'B' and (resid 137 through 160 )	B	B	137 - 160	129 - 152

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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