PDB-9mea: Crystal Structure of Pyrophosphate-fructose 6-phosphate 1-phospho...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9mea

タイトル

Crystal Structure of Pyrophosphate-fructose 6-phosphate 1-phosphotransferase 1 (Pfk1) from Trichomonas vaginalis (AMP/fructose-1,6-biphosphate complex)

要素

Pyrophosphate--fructose 6-phosphate 1-phosphotransferase 1

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Pyrophosphate--fructose 6-phosphate 1-phosphotransferase 1 / Trichomonas vaginalis

機能・相同性

機能・相同性情報

diphosphate-fructose-6-phosphate 1-phosphotransferase / diphosphate-fructose-6-phosphate 1-phosphotransferase activity / phosphofructokinase activity / 6-phosphofructokinase activity / fructose 6-phosphate metabolic process / response to glucose / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.83 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of Pyrophosphate-fructose 6-phosphate 1-phosphotransferase 1 (Pfk1) from Trichomonas vaginalis (AMP/fructose-1,6-biphosphate complex)
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P.

履歴

登録	2024年12月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9mea.cif.gz	649.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9mea.ent.gz	541.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9mea.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9mea_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9mea_full_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示
XML形式データ	9mea_validation.xml.gz	64 KB	表示
CIF形式データ	9mea_validation.cif.gz	81.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/9mea ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/9mea	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (5) #102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#50 - 2004年2月
解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (5)
#102 - 2008年6月
乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyrophosphate--fructose 6-phosphate 1-phosphotransferase 1

B: Pyrophosphate--fructose 6-phosphate 1-phosphotransferase 1

C: Pyrophosphate--fructose 6-phosphate 1-phosphotransferase 1

D: Pyrophosphate--fructose 6-phosphate 1-phosphotransferase 1

ヘテロ分子

194 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.527, 87.527, 475.639
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質

Pyrophosphate--fructose 6-phosphate 1-phosphotransferase 1 / 6-phosphofructokinase / pyrophosphate dependent 1 / PPi-dependent phosphofructokinase 1 / PPi-PFK 1 ...

分子量: 47625.797 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Trichomonas vaginalis G3 (ちつほねまくむし)
遺伝子: Pfk1, TVAG_430830 / プラスミド: TrvaA.00429.d.B1 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O61068, diphosphate-fructose-6-phosphate 1-phosphotransferase

#2: 糖

ChemComp-FBP / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / BETA-FRUCTOSE-1,6-DIPHOSPHATE / FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス1,6-ビスりん酸

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 340.116 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₁₂P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 化合物

ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄

#4: 化合物

ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP

分子量: 347.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.56 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Morpheus A4: 12.5%(v/v) MPD, 12.5%(v/v) PEG 1000, 12.5%(w/v) PEG 3350, 100 mM Imidazole/MES, pH 6.5, 30 mM MgCl2 and 30 mM CaCl2. TrvaA.00429.d.B1.PW39248 at 25 mg/mL. 5 hour soak in 2 mM AMP ...詳細: Morpheus A4: 12.5%(v/v) MPD, 12.5%(v/v) PEG 1000, 12.5%(w/v) PEG 3350, 100 mM Imidazole/MES, pH 6.5, 30 mM MgCl2 and 30 mM CaCl2. TrvaA.00429.d.B1.PW39248 at 25 mg/mL. 5 hour soak in 2 mM AMP and D-fructose-1,6-biphosphate in crystallant. plate Liu-S-143 AB34. Puck: PSL-0409, Cryo: Direct

結晶

マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.56 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Morpheus A4: 12.5%(v/v) MPD, 12.5%(v/v) PEG 1000, 12.5%(w/v) PEG 3350, 100 mM Imidazole/MES, pH 6.5, 30 mM MgCl2 and 30 mM CaCl2. TrvaA.00429.d.B1.PW39248 at 25 mg/mL. 5 hour soak in 2 mM AMP ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年9月28日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.83→49.18 Å / Num. obs: 45792 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.5 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.181 / R_pim(I) all: 0.053 / R_rim(I) all: 0.189 / Χ²: 1.2 / Net I/σ(I): 15.4 / Num. measured all: 570932
反射シェル	解像度: 2.83→2.9 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / R_merge(I) obs: 1.237 / Num. measured all: 43601 / Num. unique obs: 3272 / CC_1/2: 0.493 / R_pim(I) all: 0.35 / R_rim(I) all: 1.286 / Χ²: 0.8 / Net I/σ(I) obs: 2.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_5438	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.83→48.78 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.87 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2421	2280	4.99 %
R_work	0.2038	-	-
obs	0.2057	45656	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.83→48.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12883	0	192	11	13086

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	13314
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.744	18049
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.607	5015
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	2062
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2294

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.83-2.89	0.3619	129	0.307	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
2.89-2.96	0.3297	147	0.2929	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.03	0.2696	119	0.2745	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.11	0.3441	146	0.2844	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.21	0.319	130	0.2724	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.31	0.284	152	0.2529	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
3.31-3.43	0.2525	156	0.2359	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
3.43-3.57	0.2683	151	0.2278	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
3.57-3.73	0.2845	120	0.214	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
3.73-3.92	0.2396	158	0.1989	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
3.92-4.17	0.2242	134	0.1804	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
4.17-4.49	0.2119	155	0.1662	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
4.49-4.94	0.1748	135	0.1656	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
4.94-5.66	0.22	129	0.1811	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
5.66-7.12	0.2549	166	0.1942	2792	X-RAY DIFFRACTION	100
7.12-48.78	0.203	153	0.1718	3024	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0072	-0.8602	0.1214	0.7711	0.1643	0.7094	0.1925	-0.2395	-0.0079	-0.0349	0.0818	0.1705	0.3749	-0.1442	0.0001	0.5408	-0.1454	-0.0615	0.4485	0.0233	0.4275	24.4776	-27.971	-37.7331
2	0.2418	0.2124	-0.4978	1.0352	0.0027	1.4804	0.0002	0.0741	-0.0248	0.0229	0.0286	0.0669	-0.027	-0.2993	0.0644	0.3297	0.1191	0.0561	0.426	-0.0375	0.3906	23.2713	-2.1804	-15.5122
3	0.228	-0.263	-0.0769	0.5139	-0.1569	0.3295	0.0257	-0.0353	-0.0746	0.2771	0.0511	0.0582	0.564	-0.0954	-0.0013	0.623	-0.0179	0.0186	0.3011	0.0244	0.4656	31.9309	-26.4616	-19.493
4	0.1229	0.1146	0.0625	0.2349	0.2618	0.2117	-0.092	-0.3721	-0.0052	0.0576	0.1112	0.184	0.3134	-0.1589	0.0006	0.5376	0.1278	0.0476	0.5711	-0.0337	0.3852	25.3342	4.5483	4.3207
5	0.0506	-0.1961	0.0033	0.7418	-0.3757	1.1264	0.0466	0.2633	0.0756	-0.3007	-0.0385	0.0947	0.1467	0.1079	-0.0002	0.435	0.0679	-0.0414	0.5938	0.0688	0.367	43.1268	-4.7575	-62.6006
6	0.7724	0.323	0.4094	0.5956	-0.2546	0.5915	0.019	-0.0038	-0.0263	-0.0041	-0.0382	-0.0795	0.0136	0.2729	-0	0.2599	-0.0437	0.0652	0.5748	-0.0475	0.4458	66.3958	5.6439	-38.9212
7	0.3982	0.032	-0.68	0.8513	0.0821	0.8182	0.1554	-0.0851	0.329	-0.2526	-0.01	-0.1385	-0.3713	0.1356	0.177	0.3076	-0.0474	0.0737	0.4214	-0.0024	0.4176	60.02	11.8271	-43.0646
8	0.2837	0.1038	0.0056	0.4311	-0.3228	0.2743	-0.0337	-0.0704	0.1506	0.1849	-0.1109	-0.0321	-0.1077	0.1744	0.0005	0.4435	0.1685	-0.0739	0.691	-0.0937	0.3672	59.1304	0.128	-4.2171
9	0.203	0.1102	0.0905	0.1447	-0.0353	0.1271	-0.1019	0.0691	0.3476	-0.011	0.0366	-0.4369	0.4107	0.6482	0.004	0.5832	0.2528	-0.0405	0.5375	-0.0151	0.5203	55.7075	-13.6683	-7.2547
10	1.0421	-0.4261	-0.1633	1.3197	-0.049	0.7839	-0.0655	-0.1172	0.0251	0.0443	0.1	-0.1286	0.1936	0.2873	0.0225	0.2438	0.1696	-0.0204	0.3814	-0.0388	0.2549	59.2886	-17.2811	-31.2127
11	1.6079	-0.066	-0.89	0.5976	-0.614	1.0696	-0.485	-0.0521	-0.696	0.1196	0.2464	-0.0684	0.874	-0.0181	-0.8273	0.585	0.3961	-0.0522	0.3879	0.0775	0.3136	56.8852	-31.2157	-31.8073
12	0.4274	0.1835	-0.1796	0.6928	-0.033	0.381	0.1936	-0.0689	0.5641	0.2567	0.1352	0.1597	-0.9236	-0.0087	0.0457	0.86	0.0553	0.1694	0.3884	-0.0104	0.7453	41.8342	27.8771	-21.9183
13	0.7715	0.4161	0.0131	1.1142	-0.1672	1.2131	0.0615	0.1685	0.196	0.085	0.0838	0.2572	-0.2552	-0.3432	0.1985	0.2977	0.1304	0.0508	0.5113	0.0855	0.4765	22.1409	10.2027	-40.794

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 138 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 139 through 316 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 317 through 383 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 384 through 426 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 4 through 155 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 156 through 281 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 282 through 426 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 4 through 125 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 126 through 155 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 156 through 348 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 349 through 426 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 5 through 155 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 156 through 426 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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