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- PDB-9mcy: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN IGG1 FC FRAGMENT-FC-GAMMA RECEPTOR IIA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mcy
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN IGG1 FC FRAGMENT-FC-GAMMA RECEPTOR IIA COMPLEX R131 VARIANT
要素
  • Fc gamma receptor IIA R131 variant
  • Immunoglobulin gamma-1 heavy chain Fc fragment
キーワードIMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN / IGG1 / IMMUNOGLOBULIN-LIKE BETA SANDWICH / FC FRAGMENT / FC GAMMA RECEPTOR IIA / CD32A
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / adaptive immune response / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. ...: / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Fc gamma receptor RIIa3 splice variant / Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Tolbert, W.D. / Pazgier, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01AI162242 米国
引用ジャーナル: Front Immunol / 年: 2025
タイトル: Cross-species analysis of FcgRIIa/b (CD32a/b) polymorphisms at position 131: structural and functional insights into the mechanism of IgG- mediated phagocytosis in human and macaque.
著者: Tolbert, W.D. / Nhan, P.B. / Conley, H.E. / Ge, X. / Chandravanshi, M. / Lee, M. / Veilleux, J. / Korzeniowski, M. / Gottumukkala, S. / Ackerman, M.E. / Pollara, J. / Pazgier, M.
履歴
登録2024年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immunoglobulin gamma-1 heavy chain Fc fragment
B: Immunoglobulin gamma-1 heavy chain Fc fragment
E: Fc gamma receptor IIA R131 variant
C: Immunoglobulin gamma-1 heavy chain Fc fragment
D: Immunoglobulin gamma-1 heavy chain Fc fragment
F: Fc gamma receptor IIA R131 variant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,20615
ポリマ－139,2496
非ポリマー6,9579
水19811
1
A: Immunoglobulin gamma-1 heavy chain Fc fragment
B: Immunoglobulin gamma-1 heavy chain Fc fragment
E: Fc gamma receptor IIA R131 variant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,1977
ポリマ－69,6253
非ポリマー3,5724
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8850 Å2
ΔGint42 kcal/mol
Surface area30490 Å2
手法PISA
2
C: Immunoglobulin gamma-1 heavy chain Fc fragment
D: Immunoglobulin gamma-1 heavy chain Fc fragment
F: Fc gamma receptor IIA R131 variant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,0098
ポリマ－69,6253
非ポリマー3,3845
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8980 Å2
ΔGint28 kcal/mol
Surface area29510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.993, 76.229, 120.046
Angle α, β, γ (deg.)96.60, 100.24, 90.08
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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抗体 / タンパク質 , 2種, 6分子 ABCDEF

#1: 抗体
Immunoglobulin gamma-1 heavy chain Fc fragment / Immunoglobulin gamma-1 heavy chain NIE


分子量: 25097.434 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DOX5
#2: タンパク質 Fc gamma receptor IIA R131 variant


分子量: 19429.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FCGR2A / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A346JF56

-
糖 , 3種, 7分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1463.349 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-3[DGlcpNAcb1-2DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-1-3-1-4/a4-b1_a6-h1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f2-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 13分子

#6: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.91 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10% PEG 5000 MME, 12% isopropanol , 0.1 M MES pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年8月2日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 38384 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.76 / Rmerge(I) obs: 0.179 / Rpim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2.85→2.9 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1406 / CC1/2: 0.64 / Rpim(I) all: 0.478 / % possible all: 70.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.85→39.89 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 25.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2361 1902 4.96 %
Rwork0.1766 --
obs0.1796 38370 94.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→39.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9504 0 468 11 9983
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0110278
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.18214027
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.5771550
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0691661
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011754
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.85-2.890.3163670.25081506X-RAY DIFFRACTION54
2.89-2.970.28191350.26582420X-RAY DIFFRACTION89
2.97-3.060.34291550.26022714X-RAY DIFFRACTION96
3.06-3.160.31231280.23112652X-RAY DIFFRACTION97
3.16-3.270.25911410.2132766X-RAY DIFFRACTION98
3.27-3.40.29161410.19792636X-RAY DIFFRACTION98
3.4-3.550.26551430.19852747X-RAY DIFFRACTION98
3.55-3.740.28691600.19712744X-RAY DIFFRACTION98
3.74-3.980.24541390.17162675X-RAY DIFFRACTION98
3.98-4.280.21761210.15812650X-RAY DIFFRACTION94
4.28-4.710.18221500.13552721X-RAY DIFFRACTION99
4.71-5.390.17391610.13652795X-RAY DIFFRACTION100
5.39-6.790.25211240.17862730X-RAY DIFFRACTION99
6.79-39.890.19981370.15822712X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0361-0.19540.10170.23280.00950.0816-0.0332-0.0205-0.00740.0029-0.00520.0279-0.0192-0.00900.1555-0.022-0.02420.17410.00770.1701-17.3175-26.156616.9157
2-0.33750.1114-0.26180.3037-0.02750.0529-0.1199-0.0846-0.1961-0.03710.0756-0.0106-0.0396-0.0183-00.1487-0.04030.00550.1663-0.03290.25671.774-46.991116.5872
30.06760.0087-0.00790.1188-0.06580.0945-0.1198-0.17810.1673-0.39450.07030.10270.09450.026-00.8033-0.04030.06690.6548-0.04610.421212.3082-27.536-25.2264
40.19380.11740.16220.12080.00760.0979-0.01830.01610.0847-0.01530.00370.01690.0657-0.0413-00.1340.02640.01490.14580.00850.17314.11854.4187-79.9625
5-0.08380.15590.10710.2379-0.07520.1618-0.04770.06110.12270.01770.03620.00840.01440.033100.17690.0390.0040.1789-0.01810.259523.287725.1816-79.8587
6-0.01430.0490.0570.1075-0.0780.01510.13640.198-0.09140.5558-0.32240.0147-0.0351-0.0624-00.7902-0.0661-0.12220.53680.06010.337733.11045.6647-38.9732
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 231 through 445)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 231 through 444)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'E' and resid 1 through 172)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'C' and resid 231 through 445)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'D' and resid 231 through 444)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'F' and resid 1 through 173)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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