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万見
- PDB-9mb0: Cryo-EM structure of Dengue virus serotype2 THSTI/TRC/01 strain b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mb0
タイトルCryo-EM structure of Dengue virus serotype2 THSTI/TRC/01 strain bound with J9 fab
要素
  • Envelope Glycoprotein
  • J9 Light chain variable region
  • J9 heavy chain variable region
  • Membrane glycoprotein
キーワードVIRUS / Antibody binding / fab-virus complex / E-protein / neutralization
生物種Homo sapiens (ヒト)
dengue virus type 2 (デング熱ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.21 Å
データ登録者Roy, A. / Prasad, V.M.
資金援助 インド, 2件
組織認可番号国
Science and Engineering Research Board (SERB)SPG/2021/002433 インド
Department of Biotechnology (DBT, India)IA/I/22/1/506233 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural determinants of broadly neutralizing human antibodies binding to morphological dengue virus variants.
著者: Chatterjee, A. / Roy, A. / Srinivasan, S. / Charles, S. / Lubow, J. / Goo, L. / Prasad, V.M.
履歴
登録2025年3月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02026年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月1日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月1日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月1日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月1日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月1日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月1日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月1日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Membrane glycoprotein
A: Envelope Glycoprotein
D: Membrane glycoprotein
C: Envelope Glycoprotein
F: Membrane glycoprotein
E: Envelope Glycoprotein
H: J9 heavy chain variable region
L: J9 Light chain variable region
K: J9 heavy chain variable region
M: J9 Light chain variable region


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)236,16010
ポリマ－236,16010
非ポリマー00
水00
1
B: Membrane glycoprotein
A: Envelope Glycoprotein
D: Membrane glycoprotein
C: Envelope Glycoprotein
F: Membrane glycoprotein
E: Envelope Glycoprotein
H: J9 heavy chain variable region
L: J9 Light chain variable region
K: J9 heavy chain variable region
M: J9 Light chain variable region
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,169,576600
ポリマ－14,169,576600
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59

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要素

#1: タンパク質 Membrane glycoprotein


分子量: 8398.842 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: sequence refers to UNZ79673.1 genebank
由来: (天然) dengue virus type 2 (デング熱ウイルス)
細胞株: C6/36 / Plasmid details: Cell supernatent / 株: THSTI/TRC/01
#2: タンパク質 Envelope Glycoprotein


分子量: 54262.562 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: sequence refers to UNZ79673.1 genebank
由来: (天然) dengue virus type 2 (デング熱ウイルス)
細胞株: C6/36 / Plasmid details: Cell supernatent / 株: THSTI/TRC/01
#3: 抗体 J9 heavy chain variable region


分子量: 12754.069 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Peripheral blood mononuclear cells / 遺伝子: J9 heavy chain variable / 細胞株 (発現宿主): Expi293f / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 J9 Light chain variable region


分子量: 11333.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Peripheral blood mononuclear cells / 遺伝子: J9 light chain variable / 細胞株 (発現宿主): Expi293f / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1dengue virus type 2 bound with J9 fabCOMPLEXCultured in C6/36 mosquito cell lines and purified from cell supernatentall0MULTIPLE SOURCES
2dengue virus type 2VIRUS#1-#21NATURAL
3monoclonal antibody J9COMPLEXFab fragment generated from papain based proteolytic cleavage of J9 IgG1.#3-#41RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
12dengue virus type 2 (デング熱ウイルス)11060DENV2/THSTI/TRC/01
23Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: Expi293f
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: SEROTYPE / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Homo sapiens
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mMNTE bufferTris-HCL1
2120 mMNTE bufferNaCl1
31 mMNTE bufferEDTA1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: DENV2 virus and J9V1 fab mixture with Fab in greater amount.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in.
グリッドのタイプ: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 36000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2750 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1250 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 48 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1018
画像スキャン動画フレーム数/画像: 20

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION4.0.1粒子像選択
2Latitude画像取得
4cryoSPARC4.6.0CTF補正
7UCSF Chimera1.17モデルフィッティング
9cryoSPARC4.6.0初期オイラー角割当
10cryoSPARC4.6.0最終オイラー角割当
11RELION4.0.1分類
12cryoSPARC4.6.0３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 10108
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 7.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 668 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / Target criteria: map correlation / 詳細: map-correlation= 0.9013
原子モデル構築
ID 3D fitting-ID詳細Source nameタイプ
11DENV2 EdimerSwissModelin silico model
21J9V1 fabAlphaFoldin silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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