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- PDB-9man: Structure of Norrin in complex with human Tspan12 large extracell... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9man
タイトルStructure of Norrin in complex with human Tspan12 large extracellular loop (Tspan12 LEL)
要素
  • Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Norrin
  • Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Tetraspanin-12
キーワードSIGNALING PROTEIN / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


retina blood vessel maintenance / cone retinal bipolar cell differentiation / Norrin signaling pathway / extracellular matrix-cell signaling / retinal rod cell differentiation / re-entry into mitotic cell cycle / retinal blood vessel morphogenesis / glycine metabolic process / retina layer formation / retinal pigment epithelium development ...retina blood vessel maintenance / cone retinal bipolar cell differentiation / Norrin signaling pathway / extracellular matrix-cell signaling / retinal rod cell differentiation / re-entry into mitotic cell cycle / retinal blood vessel morphogenesis / glycine metabolic process / retina layer formation / retinal pigment epithelium development / L-serine metabolic process / endothelial cell differentiation / microglial cell proliferation / dendritic spine development / establishment of blood-retinal barrier / vacuole organization / microglia differentiation / protein targeting to lysosome / establishment of blood-brain barrier / frizzled binding / optic nerve development / lens development in camera-type eye / retinal ganglion cell axon guidance / ubiquitin-dependent endocytosis / smoothened signaling pathway / maintenance of blood-brain barrier / decidualization / exploration behavior / action potential / regulation of angiogenesis / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / blood vessel remodeling / canonical Wnt signaling pathway / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / response to axon injury / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / tricarboxylic acid cycle / visual perception / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / cytokine activity / glutathione metabolic process / nervous system development / mitotic cell cycle / outer membrane-bounded periplasmic space / neuron apoptotic process / angiogenesis / transcription by RNA polymerase II / cellular response to hypoxia / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell surface receptor signaling pathway / protein ubiquitination / inflammatory response / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / : / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Norrie disease protein / Tetraspanin, conserved site / Transmembrane 4 family signature. / Tetraspanin, animals / Tetraspanin, EC2 domain superfamily / Tetraspanin/Peripherin / Tetraspanin family / Glycoprotein hormone subunit beta / Cystine-knot domain / C-terminal cystine knot signature. ...Norrie disease protein / Tetraspanin, conserved site / Transmembrane 4 family signature. / Tetraspanin, animals / Tetraspanin, EC2 domain superfamily / Tetraspanin/Peripherin / Tetraspanin family / Glycoprotein hormone subunit beta / Cystine-knot domain / C-terminal cystine knot signature. / C-terminal cystine knot domain profile. / Cystine knot, C-terminal / C-terminal cystine knot-like domain (CTCK) / Cystine-knot cytokine / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Tetraspanin-12 / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Norrin
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.78 Å
データ登録者Xue, L. / Wang, Z. / Xu, W.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of SciencesXDB37030302 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Norrin in complex with human Tspan12 large extracellular loop (Tspan12 LEL)
著者: Xue, L. / Wang, Z. / Xu, W.
履歴
登録2025年3月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02026年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月18日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月18日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月18日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月18日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月18日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月18日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月18日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Norrin
B: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Norrin
D: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Tetraspanin-12
C: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Tetraspanin-12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,9984
ポリマ－223,9984
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Norrin / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP / Norrie disease protein / X- ...MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP / Norrie disease protein / X-linked exudative vitreoretinopathy 2 protein


分子量: 55603.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues 16-22 (ENLYFQG) in Chain A/B of Molecule 1 are TEV protease recognition/cut site
由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: malE, Z5632, ECs5017, NDP, EVR2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0AEY0, UniProt: Q00604
#2: タンパク質 Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Tetraspanin-12 / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP / Tspan-12 / Tetraspan NET-2 / ...MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP / Tspan-12 / Tetraspan NET-2 / Transmembrane 4 superfamily member 12


分子量: 56395.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues 106-112 (ENLYFQG) in Chain C/D of Molecule 2 are TEV protease recognition/cut site
由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: malE, Z5632, ECs5017, TSPAN12, NET2, TM4SF12, UNQ774/PRO1568
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0AEY0, UniProt: O95859
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Norrin in complex with Tspan12 LEL / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 1.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 212449 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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