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万見
- PDB-9ma0: Cryo-EM structure of EBV gp350 D123 in complex with neutralizing ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ma0
タイトルCryo-EM structure of EBV gp350 D123 in complex with neutralizing antibody 4A11
要素
  • 4A11 heavy chain
  • 4A11 light chain
  • Envelope glycoprotein GP350
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Envelope glycoprotein GP350 / Membrane antigen (MA) / neutralizing antibody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell membrane / receptor ligand activity / symbiont entry into host cell / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus major outer envelope glycoprotein / : / : / : / : / Herpes virus envelope glycoprotein gp350, N-terminal A domain / Herpesvirus envelope glycoprotein gp350, N-terminal B domain / Herpesvirus envelope glycoprotein gp350 N-terminal C domain / Herpesvirus Envelope glycoprotein GP350 C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein GP350
類似検索 - 構成要素
生物種Human herpesvirus 4 strain B95-8 (ヘルペスウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.33 Å
データ登録者Ma, H.Y. / Sun, C.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)U24A20743 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32441094 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of EBV gp350 D123 in complex with neutralizing antibody 4A11
著者: Ma, H.Y. / Sun, C.
履歴
登録2025年3月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02026年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月18日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月18日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月18日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月18日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月18日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月18日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope glycoprotein GP350
B: 4A11 heavy chain
C: 4A11 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,6003
ポリマ－103,6003
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein GP350 / Membrane antigen / MA


分子量: 51454.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 4 strain B95-8 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: BLLF1
発現宿主: Mammalian expression vector Flag-MCS-pcDNA3.1 (その他)
参照: UniProt: P03200
#2: 抗体 4A11 heavy chain


分子量: 26732.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Mammalian expression vector Flag-MCS-pcDNA3.1 (その他)
#3: 抗体 4A11 light chain


分子量: 25413.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Mammalian expression vector Flag-MCS-pcDNA3.1 (その他)
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: CELL / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cryo-EM structure of EBV gp350 D123 in complex with neutralizing antibody 4A11
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Human herpesvirus 4 strain B95-8 (ヘルペスウイルス)10377
21Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)生物種: Mammalian expression vector Flag-MCS-pcDNA3.1 (その他)
緩衝液pH: 7.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.41粒子像選択
12cryoSPARC4.4.1３次元再構成
13PHENIX1.20.1_4487モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.33 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 857731 / クラス平均像の数: 476075 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL
精密化最高解像度: 3.33 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0045116
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.886983
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.371694
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05787
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.008906

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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