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- PDB-9m86: Crystal structure of SpMETTL16 kinase associated 1 domain in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9m86
タイトルCrystal structure of SpMETTL16 kinase associated 1 domain in complex with U6 snRNA internal stem loop
要素
  • RNA (31-MER)
  • U6 small nuclear RNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE/RNA / m6A methyltransferase / U6 snRNA / protein-RNA complex / splicing / TRANSFERASE / TRANSFERASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


snRNA (adenine-N6)-methylation / U6 snRNA m6A methyltransferase / U6 snRNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase activity / rRNA base methylation / mRNA splicing, via spliceosome / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase METTL16/PsiM / RNA methyltransferase / METTL16/RlmF family / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / U6 small nuclear RNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.795 Å
データ登録者Ju, J. / Tomita, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)23H00368 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structures and mechanisms of U6 snRNA m6A modification by METTL16
著者: Ju, J. / Tomita, K.
履歴
登録2025年3月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: U6 small nuclear RNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase
B: RNA (31-MER)
C: U6 small nuclear RNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase
D: RNA (31-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1404
ポリマ－50,1404
非ポリマー00
水00
1
A: U6 small nuclear RNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase
B: RNA (31-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0702
ポリマ－25,0702
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1990 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area12180 Å2
手法PISA
2
C: U6 small nuclear RNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase
D: RNA (31-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0702
ポリマ－25,0702
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1860 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area12340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.135, 47.136, 61.831
Angle α, β, γ (deg.)87.53, 88.35, 62.87
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 U6 small nuclear RNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase


分子量: 15097.939 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: SPAC27D7.08c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: O42662, U6 snRNA m6A methyltransferase
#2: RNA鎖 RNA (31-MER)


分子量: 9972.022 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: U6 small nuclear RNA / 由来: (合成) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: sodium acetate, sodium cacodylate pH 7.0, Tris-HCl pH 8.5, PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→50 Å / Num. obs: 10820 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 8.7 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.168 / Rrim(I) all: 0.179 / Net I/σ(I): 12.94
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
2.79-2.870.7127720.8190.7561
2.87-2.940.6538090.8990.6911
2.94-3.030.5017240.9650.5311
3.03-3.120.337590.9910.351
3.12-3.230.2976830.9910.3161
3.23-3.340.2827040.9830.3011
3.34-3.460.266660.9840.2781
3.46-3.610.2396560.9890.2551
3.61-3.770.195970.9950.2021
3.77-3.950.196130.9920.2011
3.95-4.160.1735330.9940.1831
4.16-4.420.1625580.9940.1721
4.42-4.720.1295000.9930.1371
4.72-5.10.1124510.9930.121
5.1-5.590.1114420.9950.1181
5.59-6.250.1123780.9950.1191
6.25-7.210.1023420.9950.1091
7.21-8.830.0792930.9960.0841
8.83-12.490.062190.9980.0651
12.49-500.0621210.9940.0671

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998)精密化
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT4.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.795→33.49 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.05 / 位相誤差: 28.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 542 5.02 %
Rwork0.2059 --
obs0.2086 10788 98.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.795→33.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1918 1320 0 0 3238
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063430
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8244932
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.3681478
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046598
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005392
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.795-3.07570.32641340.26592514X-RAY DIFFRACTION98
3.0757-3.52030.27561360.22712567X-RAY DIFFRACTION98
3.5203-4.43360.251360.19732589X-RAY DIFFRACTION99
4.4336-33.490.23941360.18442576X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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