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- PDB-9m7z: Cryo-EM structure of gp79 bound RNAP core enzyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9m7z
タイトルCryo-EM structure of gp79 bound RNAP core enzyme
要素
  • DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
  • DNA-directed RNA polymerase subunit beta
  • DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
  • DNA-directed RNA polymerase subunit omega
  • gp79
キーワードTRANSCRIPTION / phage / transcription regulation / sigma factor / gp79 / gp36
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-directed RNA polymerase complex / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime ...DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Escherichia phage phiEco32 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.5 Å
データ登録者Xu, L. / Feng, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2025
タイトル: A phage transcription factor displaces the host σ factor and stabilizes its own σ factor.
著者: Liqiao Xu / Liang Liang / Linggang Yuan / Yue Yao / Xiaoting Hua / Yu Feng /
要旨: Phages are the most abundant self-replicating entities on earth, and understanding their transcriptional regulation can provide insights into bacterial gene expression mechanisms. The bacterial RNA ...Phages are the most abundant self-replicating entities on earth, and understanding their transcriptional regulation can provide insights into bacterial gene expression mechanisms. The bacterial RNA polymerase core enzyme interacts with various σ factors to recognize and unwind promoter DNA. Gp79, a protein from Escherichia coli phage phiEco32, inhibits host σ70-mediated transcription while simultaneously activating transcription through its own σ factor, gp36. The underlying mechanism of this unusual dual regulatory role has remained unclear. In this study, we present cryo-EM structures of E. coli RNA polymerase (RNAP) in complex with gp79, and of RNAP in complex with gp79, gp36, and a cognate promoter. Structural and biochemical analyses reveal the basis for σ displacement by gp79 and promoter recognition by gp36. Our findings show that the N-terminus of gp79 invades the RNA channel, effectively displacing σ4. Upon encountering gp36, the N-terminus of gp79 adopts a new conformation, binds to gp36, and stabilizes the RNAP-promoter open complex. These findings advance our understanding of phage transcriptional regulation and suggest potential applications for synthetic biology.
履歴
登録2025年3月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
B: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
C: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
D: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
G: gp79


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)399,1166
ポリマ－399,1166
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta


分子量: 150820.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: rpoB, A5U30_004588, A8502_003926, ACN81_23170, ACU57_23190, B6R15_000401, B6R31_004825, BANRA_02657, BCB93_004500, BE932_19390, BG944_004751, BGM66_002187, BGZ_01825, BGZ_04900, BJI68_ ...遺伝子: rpoB, A5U30_004588, A8502_003926, ACN81_23170, ACU57_23190, B6R15_000401, B6R31_004825, BANRA_02657, BCB93_004500, BE932_19390, BG944_004751, BGM66_002187, BGZ_01825, BGZ_04900, BJI68_24530, BK292_28030, BK383_27725, BKL28_004342, BR158_004263, BTB68_004076, BTQ06_27270, BvCmsKKP061_02983, BvCmsSIP010_03567, C0P57_003017, C1Q91_004815, C2121_004048, C2R31_004867, C3F40_15465, CF22_004730, CG704_19805, CIG67_06965, CQ842_10385, CQ842_21775, CTR35_004065, CV83915_02066, D3G36_22420, D4M65_19260, D4N09_21555, D9D43_22310, D9E49_24270, D9J61_19510, DIV22_03740, DNX30_24150, DS732_01545, DTL43_13705, DU321_23430, E2865_05183, E4K51_22915, E5H86_23040, E6D34_20875, EAI46_11700, ECs4910, EIA08_23405, EIZ93_16330, EN85_004184, EPS97_19155, EWK56_25655, ExPECSC038_04328, F7F11_23820, F7N46_22875, F9413_20760, F9461_25105, F9B07_23665, FGAF848_44560, FIJ20_20105, FJQ40_20830, FKO60_24820, FOI11_015715, FOI11_24355, FPS11_24520, FVB16_05295, FZU14_22850, G3V95_20435, G3W53_22320, G4A38_22925, G4A47_22785, G5603_24105, GAI89_24240, GAJ12_23550, GFY48_22990, GKF66_20530, GNW61_19025, GNZ05_25255, GOP25_23375, GP711_23600, GP954_05260, GP965_06575, GP975_06485, GP979_07405, GQA06_03465, GQE86_18840, GQM04_07515, GQM13_25050, GQM21_14970, GQN34_23560, GQW07_19570, GRC73_22185, GRO95_18745, GRW05_10060, GRW24_04150, GUC01_23010, H0O53_14775, H0O72_20915, HEP30_021890, HEP34_004579, HHH44_004416, HI055_004310, HJQ60_004917, HLX92_23670, HLZ50_21725, HMV95_21225, HMW38_24340, HV109_22425, HV209_21195, HVV39_13135, HVW04_13835, HVY77_24375, I6H00_17170, J0541_004716, J5U05_003962, JNP96_01275, NCTC10082_02081, NCTC10089_04873, NCTC10418_07146, NCTC10764_02972, NCTC10767_00716, NCTC10865_05895, NCTC10974_05351, NCTC11112_02281, NCTC11341_02774, NCTC7927_05249, NCTC8179_05096, NCTC8333_05558, NCTC8500_05325, NCTC8621_04872, NCTC8959_04064, NCTC8960_02340, NCTC9001_04473, NCTC9044_02304, NCTC9075_06427, NCTC9081_06476, NCTC9117_05904, NCTC9706_02003, OGM49_00575, P6223_004406, QDW62_24495, RZR61_19915, SAMEA3472112_05166, SAMEA3752557_04843, WR15_01485
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SIA7, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / Transcriptase subunit beta'


分子量: 155366.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: rpoC, ACN81_23175, ACU57_23185, B6R15_000400, B6R31_004826, BANRA_02658, BANRA_05060, BCB93_004501, BG944_004752, BGM66_002186, BGZ_01824, BGZ_04901, BJI68_24535, BK292_28025, BK383_27720, ...遺伝子: rpoC, ACN81_23175, ACU57_23185, B6R15_000400, B6R31_004826, BANRA_02658, BANRA_05060, BCB93_004501, BG944_004752, BGM66_002186, BGZ_01824, BGZ_04901, BJI68_24535, BK292_28025, BK383_27720, BKL28_004343, BTB68_004077, BTQ06_27265, BvCmsKKP061_02982, BvCmsSIP010_03566, BXT93_12730, C0P57_003018, C1Q91_004816, CF22_004731, CIG67_06970, CQ842_10380, CQ842_21770, CTR35_004066, CV83915_02065, D4M65_19255, D9D43_22315, DD762_22280, DIV22_03745, DTL43_13700, DU321_23425, E2865_05184, E4K51_22920, E5H86_23045, E6D34_20880, EAI46_11695, ECs4911, EIZ93_16335, EN85_004185, EPS97_19150, F7F11_23815, F7N46_22880, F9413_20765, F9461_25110, F9B07_23670, FGAF848_44550, FIJ20_20110, FJQ40_20835, FOI11_015710, FOI11_24350, FPS11_24525, FVB16_05290, FWK02_01680, FZU14_22855, G3V95_20430, G4A38_22920, G4A47_22780, GAI89_24245, GAJ12_23555, GNW61_19030, GOP25_23380, GP954_05255, GP965_06570, GP975_06480, GP979_07400, GQA06_03470, GQM04_07520, GQM13_25045, GQM21_14965, GRW05_10055, GRW24_04145, GUC01_23005, H0O72_20910, HEP30_021895, HEP34_004580, HHH44_004417, HI055_004311, HJQ60_004916, HLZ50_21730, HMV95_21230, HV109_22420, HV209_21190, HVW43_14980, I6H00_17165, I6H02_15720, J0541_004717, J5U05_003963, JNP96_01280, NCTC10082_02080, NCTC10429_00081, NCTC10865_05894, NCTC10974_05350, NCTC11181_01964, NCTC13148_04414, NCTC7927_05248, NCTC8333_05557, NCTC8500_05324, NCTC8960_02339, NCTC9044_02305, NCTC9045_05541, NCTC9077_05932, NCTC9706_02002, P6223_004407, RZR61_19920, SAMEA3472112_05167, SAMEA3752557_04844, WR15_01490
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SIA2, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha


分子量: 36558.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: rpoA, A5U30_004529, A8502_004046, ACN81_25405, ACU57_21075, AW118_24785, AWP47_12760, B6R15_004092, B6R31_004991, BANRA_01926, BCB93_004270, BE932_15420, BER14_25075, BG944_001110, BGM66_ ...遺伝子: rpoA, A5U30_004529, A8502_004046, ACN81_25405, ACU57_21075, AW118_24785, AWP47_12760, B6R15_004092, B6R31_004991, BANRA_01926, BCB93_004270, BE932_15420, BER14_25075, BG944_001110, BGM66_003616, BGZ_02613, BGZ_04102, BJI68_08790, BK292_20390, BK383_24760, BR158_003767, BTB68_004379, BTQ06_10575, BvCmsKKP061_03007, BvCmsSIP010_02662, BXT93_05590, C0P57_002645, C1Q91_004927, C2121_004185, C2R31_004610, C3F40_19835, C9Z68_22520, CF22_004872, CG704_20985, CIG67_10790, CQ842_14440, CQ842_22230, CTR35_003607, CV83915_02803, D3G36_23165, D4M65_20540, D4N09_20140, D9D43_22665, D9E49_05125, D9J61_16620, DD762_23515, DIV22_15290, DNQ45_03725, DNX30_25510, DS732_24230, DTL43_21030, DU321_11970, E2865_04448, E4K51_21460, E5H86_24555, E6D34_21790, EAI46_07445, ECs4160, EIA08_23925, EIZ93_12500, EN85_004372, EPS76_07245, EPS97_20125, EWK56_24965, ExPECSC038_03663, F7F11_22755, F7N46_24040, F9413_21265, F9461_25685, F9B07_24715, FGAF848_26080, FIJ20_21225, FJQ40_18275, FKO60_25605, FOI11_019290, FOI11_03890, FPI65_20275, FPS11_25460, FVB16_04840, FZU14_21790, G3V95_19815, G3W53_20925, G4A38_21480, G4A47_20750, G5603_24555, GAI89_24860, GAJ12_24750, GFY48_21540, GKF66_21515, GNW61_16600, GNZ05_26015, GOP25_22675, GP711_23275, GP954_00975, GP975_01155, GP979_02035, GQA06_03980, GQE86_20050, GQM04_10535, GQM13_25170, GQM21_11200, GQN34_23235, GQW07_21580, GRC73_21780, GRO95_20845, GRW05_09030, GRW24_04785, GUC01_21150, H0O53_20860, H0O72_19385, HEP30_018605, HEP34_004777, HHH44_004542, HI055_004133, HIE29_005180, HJQ60_005018, HLX92_10105, HLZ50_22210, HMV95_19575, HMW38_23075, HV109_02220, HV209_14745, HVV39_09235, HVW04_17565, HVW43_18700, HVY77_02205, I6H00_20955, I6H02_11960, J0541_004390, JNP96_25275, NCTC10082_02846, NCTC10089_00509, NCTC10418_00698, NCTC10767_01523, NCTC10865_00668, NCTC10974_00559, NCTC11126_02779, NCTC11181_02745, NCTC11341_01882, NCTC13148_03434, NCTC7927_00558, NCTC7928_02508, NCTC8009_01520, NCTC8179_05950, NCTC8333_00496, NCTC8500_00344, NCTC8621_00515, NCTC8622_00499, NCTC8959_03254, NCTC8960_03077, NCTC9044_01349, NCTC9077_00611, NCTC9081_00926, NCTC9117_00762, NCTC9702_00544, NCTC9706_02744, OGM49_22300, P6223_003976, QDW62_02225, RZR61_12860, SAMEA3472112_00700, SAMEA3752557_01945, WR15_19575
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SR67, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit omega / RNAP omega subunit / RNA polymerase omega subunit / Transcriptase subunit omega


分子量: 10249.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: rpoZ, A5U30_004148, ACN81_07055, ACU57_08210, AW118_10810, AWP47_16050, B6R15_003237, B6R31_002878, BANRA_02310, BANRA_04690, BCB93_002408, BE932_17435, BER14_16095, BG944_002252, BGM66_ ...遺伝子: rpoZ, A5U30_004148, ACN81_07055, ACU57_08210, AW118_10810, AWP47_16050, B6R15_003237, B6R31_002878, BANRA_02310, BANRA_04690, BCB93_002408, BE932_17435, BER14_16095, BG944_002252, BGM66_003986, BGZ_02214, BGZ_04512, BJI68_21645, BK292_27460, BK383_09585, BKL28_001536, BR158_002512, BTB68_002430, BTQ06_17920, BvCmsKKP061_02010, BvCmsSIP010_04544, BXT93_06150, C0P57_002947, C1Q91_001894, C2121_003335, C2M16_17105, C2R31_004094, C3F40_17525, C9Z68_15355, CF22_002039, CG704_10080, CIG67_24930, CQ842_12520, CQ842_18710, CTR35_001090, CV83915_02433, D3C88_28115, D3G36_09320, D4M65_21000, D4N09_11435, D9D43_20755, D9E49_10255, D9J61_13945, DD762_15130, DIV22_25200, DNQ45_15780, DNX30_23515, DS732_26345, DTL43_17875, DU321_24340, E2865_05030, E4K51_22275, E5H86_15705, E6D34_14240, EAI46_01840, ECs4524, EIA08_13140, EIMP300_11010, EIZ93_18370, EN85_002956, EPS76_07085, EPS97_14185, EWK56_19170, ExPECSC038_00846, F7F11_13860, F7N46_06720, F9413_20095, F9461_04565, F9B07_09920, FGAF848_22320, FIJ20_14920, FJQ40_21575, FKO60_20865, FOI11_017480, FOI11_05700, FPI65_22445, FPS11_15600, FVB16_16120, FWK02_33875, FZU14_11370, G3V95_06620, G3W53_09695, G4A38_07455, G4A47_06855, G5603_14085, GAI89_21090, GAJ12_11155, GFY48_10985, GKF66_06160, GNW61_14945, GNZ05_16450, GOP25_14490, GP711_13960, GP965_26105, GP975_06850, GP979_20345, GQE86_16840, GQM04_17590, GQM13_19325, GQM21_23705, GQN34_13425, GQW07_20690, GRC73_07290, GRO95_19885, GRW05_19000, GRW24_24035, GUC01_19190, H0O72_08780, HEP30_004255, HEP34_000545, HHH44_001968, HI055_001969, HIE29_002327, HJQ60_004422, HLX92_21100, HLZ50_07700, HMV95_20745, HMW38_12410, HV109_00280, HV209_24645, HVV39_11020, HVW04_15785, HVW43_16805, HVY77_00270, I6H00_19090, I6H02_13725, J0541_001532, J5U05_003683, JNP96_00560, NCTC10082_02470, NCTC10089_00122, NCTC10429_00579, NCTC10764_03466, NCTC10767_01139, NCTC10974_00114, NCTC11112_01617, NCTC11126_01727, NCTC11181_02381, NCTC11341_02352, NCTC13148_03955, NCTC7922_04533, NCTC7927_00174, NCTC7928_03021, NCTC8009_00942, NCTC8179_05509, NCTC8333_00095, NCTC8500_05773, NCTC8621_00157, NCTC8622_01081, NCTC8959_03642, NCTC8960_02710, NCTC8985_04508, NCTC9001_03765, NCTC9045_00155, NCTC9073_06404, NCTC9075_00220, NCTC9077_00123, NCTC9081_00466, NCTC9702_00091, NCTC9706_02361, NCTC9962_01055, OGM49_24110, P6223_003124, QDW62_00285, RZR61_11660, SAMEA3472112_02301, SAMEA3752557_01157, WR15_15985
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SM87, DNA-directed RNA polymerase
#5: タンパク質 gp79


分子量: 9561.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia phage phiEco32 (ファージ)
遺伝子: phi32_79 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B0FIP1
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: RNAP-gp79 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Escherichia phage phiEco32 (ファージ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 5.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 54549 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00315156
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.44421066
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.1823072
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0432847
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0023072

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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