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- PDB-9m7e: Crystal structure of AsDMS D333N mutant in complex with drimenyl ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9m7e
タイトルCrystal structure of AsDMS D333N mutant in complex with drimenyl phosphate
要素Haloacid dehalogenase superfamily, subfamily IA, variant 3 with third motif having DD or ED
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Terpene cyclase / Haloacid dehalogenase / Phosphatase / Biosynthesis
機能・相同性Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily / HAD-like superfamily / : / FARNESYL DIPHOSPHATE / Haloacid dehalogenase superfamily, subfamily IA, variant 3 with third motif having DD or ED
機能・相同性情報
生物種Aquimarina spongiae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9000384384 Å
データ登録者Fujiyama, K. / Vo, N.N.Q. / Takahashi, S.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H00416 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21J01340 日本
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2025
タイトル: Structural insights into a bacterial terpene cyclase fused with haloacid Dehalogenase-like phosphatase.
著者: Fujiyama, K. / Takagi, H. / Vo, N.N.Q. / Morita, N. / Nogawa, T. / Takahashi, S.
履歴
登録2025年3月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Haloacid dehalogenase superfamily, subfamily IA, variant 3 with third motif having DD or ED
B: Haloacid dehalogenase superfamily, subfamily IA, variant 3 with third motif having DD or ED
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,14925
ポリマ－120,4302
非ポリマー2,71923
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6570 Å2
ΔGint-206 kcal/mol
Surface area42150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.437, 97.437, 403.197
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Haloacid dehalogenase superfamily, subfamily IA, variant 3 with third motif having DD or ED


分子量: 60214.902 Da / 分子数: 2 / 変異: deletion (M1-V189), D333N / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Initial 'GSH' is from the amino acid residues in the thrombin recognition site. deletion: M1-V18 engineering mutation: D333N
由来: (組換発現) Aquimarina spongiae (バクテリア)
遺伝子: SAMN04488508_102320 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1M6CXF0

-
非ポリマー , 6種, 40分子

#2: 化合物 ChemComp-FPP / FARNESYL DIPHOSPHATE


分子量: 382.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H28O7P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-A1MAK / drimenyl phosphate / (2,5,5,8~{a}-tetramethyl-1,2,3,4,4~{a},6,7,8-octahydronaphthalen-1-yl)methyl dihydrogen phosphate


分子量: 302.346 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H27O4P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: microfluidic
詳細: 1.72 M ammonium sulfate, 0.095 M MES-NaOH pH6.5, 0.005 M MES-NaOH pH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.03 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→48.37 Å / Num. obs: 44369 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 71.8384387996 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 11.77
反射 シェル解像度: 2.9→3.004 Å / 冗長度: 13.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.16 / Num. unique obs: 4328 / CC1/2: 0.551 / % possible all: 99.98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSVERSION Jan 10, 2022 BUILT=20220820データ削減
XDSVERSION Jan 10, 2022 BUILT=20220820データスケーリング
pointless1.12.10データスケーリング
Aimless0.7.9データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.9.8.92モデル構築
REFMAC5.8.0411精密化
PHENIX1.11.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AlphaFold

解像度: 2.9000384384→48.3667021781 Å / SU ML: 0.426548054545 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35407072819 / 位相誤差: 27.1047048811
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242734687487 2259 5.09288484083 %
Rwork0.201551739575 42097 -
obs0.203722053666 44356 99.9707002637 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 67.6794003656 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9000384384→48.3667021781 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8353 0 151 17 8521
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001856341173988677
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.42299146170111768
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03787485322061304
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002645827039161481
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.58721354045183
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9000384384-2.96310.3734279572861450.3485229443342563X-RAY DIFFRACTION100
2.9631-3.0320.3840410100621230.3200277651332586X-RAY DIFFRACTION99.963099631
3.032-3.10780.3810860268951350.3150443596612577X-RAY DIFFRACTION100
3.1078-3.19180.3473506025591420.3100524430692567X-RAY DIFFRACTION99.963099631
3.1918-3.28570.3612710800211320.3090069561632593X-RAY DIFFRACTION99.9633162142
3.2857-3.39180.3301207445221260.2630677199912587X-RAY DIFFRACTION100
3.3918-3.51290.3126114265971510.2504223480382595X-RAY DIFFRACTION100
3.5129-3.65360.2687159153511250.2210639959012607X-RAY DIFFRACTION100
3.6536-3.81980.2360418561351380.2048841297572630X-RAY DIFFRACTION100
3.8198-4.02110.2410464639491500.1942309968462585X-RAY DIFFRACTION100
4.0211-4.27290.2167087119341430.1701675111392646X-RAY DIFFRACTION100
4.2729-4.60250.2008270244951310.1491365459162632X-RAY DIFFRACTION100
4.6025-5.06530.1971497343041400.1550611059312652X-RAY DIFFRACTION100
5.0653-5.79720.2126666159891640.1709518087392660X-RAY DIFFRACTION100
5.7972-7.29980.2297343603911480.1996565576692724X-RAY DIFFRACTION100
7.2998-48.36670217810.1879241628171660.1634077648572893X-RAY DIFFRACTION99.6741609645

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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