PDB-9m7d: Crystal structure of AsDMS D333N mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9m7d

タイトル

Crystal structure of AsDMS D333N mutant

要素

Haloacid dehalogenase superfamily, subfamily IA, variant 3 with third motif having DD or ED

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Terpene cyclase / Haloacid dehalogenase / Phosphatase / Biosynthesis

機能・相同性

Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Unknown ligand / Haloacid dehalogenase superfamily, subfamily IA, variant 3 with third motif having DD or ED

機能・相同性情報

生物種

Aquimarina spongiae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.30000025366 Å

データ登録者

Fujiyama, K. / Vo, N.N.Q. / Takahashi, S.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Chem Sci / 年: 2025
タイトル: Structural insights into a bacterial terpene cyclase fused with haloacid Dehalogenase-like phosphatase.
著者: Fujiyama, K. / Takagi, H. / Vo, N.N.Q. / Morita, N. / Nogawa, T. / Takahashi, S.

履歴

登録	2025年3月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年9月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9m7d.cif.gz	286.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9m7d.ent.gz	183.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9m7d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9m7d_validation.pdf.gz	907.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9m7d_full_validation.pdf.gz	920.7 KB	表示
XML形式データ	9m7d_validation.xml.gz	47.4 KB	表示
CIF形式データ	9m7d_validation.cif.gz	63.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/9m7d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/9m7d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9m7eC 9m7fC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.51093/xrd-00230 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (4) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Haloacid dehalogenase superfamily, subfamily IA, variant 3 with third motif having DD or ED

B: Haloacid dehalogenase superfamily, subfamily IA, variant 3 with third motif having DD or ED

ヘテロ分子

123 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.032, 97.032, 405.183
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Space group name Hall	P4nw2abw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	Haloacid dehalogenase superfamily, subfamily IA, variant 3 with third motif having DD or ED 分子量: 60214.902 Da / 分子数: 2 / 変異: deletion (M1-V18), D333N / 由来タイプ: 組換発現詳細: Initial 'GSH' is from the amino acid residues in the thrombin recognition site. deletion: M1-V18 engineering mutation: D333N 由来: (組換発現) Aquimarina spongiae (バクテリア) 遺伝子: SAMN04488508_102320 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1M6CXF0
#2: 化合物	ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.94 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1.72 M ammonium sulfate, 0.095 M MES-NaOH pH6.5, 0.005 M MES-NaOH pH7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→47.1819365502 Å / Num. obs: 87319 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 13.2 % / B_iso Wilson estimate: 44.7381444834 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.12
反射シェル	解像度: 2.3→2.382 Å / 冗長度: 13.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.61 / Num. unique obs: 8539 / CC_1/2: 0.627 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	VERSION Jan 10, 2022 BUILT=20220120	データ削減
XDS	VERSION Jan 10, 2022 BUILT=20220120	データスケーリング
pointless	1.12.10	データスケーリング
Aimless	0.7.9	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
Coot	0.9.8.92	モデル構築
REFMAC	5.8.0403	精密化
PHENIX	1.11.1	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AlphaFold

解像度: 2.30000025366→47.1819365502 Å / SU ML: 0.285489962239 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34881404777 / 位相誤差: 22.7072719809
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.226276153165	4390	5.02829129728 %
R_work	0.183655443551	82916	-
obs	0.185786985739	87306	99.9874022241 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.308264391 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.30000025366→47.1819365502 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8400	0	148	357	8905

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0134592043512	8723
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.24217869095	11828
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0647291421003	1308
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00813777499215	1492
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.3941224952	5194

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.30000025366-2.3261	0.321238061878	135	0.271107363532	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3261-2.3535	0.337057047915	138	0.260726521603	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3535-2.3822	0.337364614576	151	0.262207646563	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3822-2.4124	0.308823539547	138	0.259225557906	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4124-2.4441	0.314192113596	133	0.244113777461	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4441-2.4776	0.281513667459	136	0.223828912153	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4776-2.513	0.30971060177	133	0.233416959143	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
2.513-2.5505	0.269518166238	153	0.228912925635	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5505-2.5903	0.316801145364	156	0.23204286492	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5903-2.6328	0.267997094999	135	0.224269827994	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6328-2.6782	0.284650331667	139	0.223831305539	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6782-2.7269	0.29112825349	150	0.209100082977	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7269-2.7793	0.250220922916	148	0.205181125999	2771	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7793-2.836	0.265303694666	141	0.207938037367	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
2.836-2.8977	0.222901780704	144	0.194637286639	2734	X-RAY DIFFRACTION	99.9652657173
2.8977-2.9651	0.260987409667	170	0.200171712417	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9651-3.0392	0.257230201326	154	0.194494786142	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0392-3.1214	0.221640293094	160	0.196567804081	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1214-3.2132	0.236726957988	124	0.197911319948	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2132-3.3169	0.212275349064	143	0.192374093486	2756	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3169-3.4354	0.243335741961	152	0.18562902697	2782	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4354-3.5729	0.238187802738	160	0.183246335285	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5729-3.7355	0.2318609376	159	0.174070520904	2780	X-RAY DIFFRACTION	99.9659863946
3.7355-3.9323	0.193830131176	148	0.166377397557	2780	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9323-4.1786	0.205259277876	148	0.153793483388	2779	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1786-4.501	0.160903481133	136	0.13933521695	2816	X-RAY DIFFRACTION	100
4.501-4.9535	0.179681376489	151	0.143230623449	2825	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9535-5.6692	0.178544525186	138	0.159918973464	2864	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6692-7.1387	0.247739775645	157	0.20385696303	2902	X-RAY DIFFRACTION	100
7.1387-47.1819365502	0.194890548671	160	0.171081969126	3090	X-RAY DIFFRACTION	99.7238416692

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