PDB-9m74: Crystal structure of MBP-fused BIL1/BZR1 (21-104) in complex with...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 9m74

タイトル

Crystal structure of MBP-fused BIL1/BZR1 (21-104) in complex with double-stranded DNA contaning CACAGCTGTG

要素

DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*GP*AP*AP*A)-3')
Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Plant-specific / DNA-biding protein / Transcription factor / BZR

機能・相同性

機能・相同性情報

plant ovule development / seed development / brassinosteroid mediated signaling pathway / cell envelope / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / periplasmic space ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.23 Å

データ登録者

Shohei, N. / Masaru, T. / Takuya, M.

資金援助

日本, 6件

組織	認可番号	国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)	19H04855	日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)	19H04855	日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)	JP19K23658	日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)	21H02114	日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	JP20am0101077	日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	JP24ama121010	日本

引用

ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2025
タイトル: Single cis-elements in brassinosteroid-induced upregulated genes are insufficient to recruit both redox states of the BIL1/BZR1 DNA-binding domain.
著者: Nosaki, S. / Ohtsuka, M. / Nakano, T. / Tanokura, M. / Miyakawa, T.

履歴

登録	2025年3月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年9月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb9m74.ent.gz	622.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9m74.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9m74_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9m74_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	9m74_validation.xml.gz	74.5 KB	表示
CIF形式データ	9m74_validation.cif.gz	96 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/9m74 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/9m74	HTTPS FTP

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類似性 (1)
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グルカン分解酵素 (Glucansucrase)
類似性 (1)
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グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#74 - 2006年2月
α-アミラーゼ (alpha-Amylase)
類似性 (1)

登録構造単位

C: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

D: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

G: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*GP*AP*AP*A)-3')

H: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*GP*AP*AP*A)-3')

A: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

B: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

E: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*GP*AP*AP*A)-3')

F: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*GP*AP*AP*A)-3')

ヘテロ分子

219 kDa, 8 ポリマー
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1

C: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

D: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

G: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*GP*AP*AP*A)-3')

H: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*GP*AP*AP*A)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry
110 kDa, 4 ポリマー
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2

A: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

B: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

E: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*GP*AP*AP*A)-3')

F: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*GP*AP*AP*A)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry
110 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	102.840, 92.506, 111.736
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.167, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質

Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1 / Protein BIN2 SUBSTRATE 2

分子量: 49819.445 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: malE, JW3994, BZR1, BIS2, At1g75080, F9E10.7 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4P1LXE0, UniProt: Q8S307

#2: DNA鎖

DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*GP*AP*AP*A)-3')

分子量: 4593.011 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)

#3: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose

#4: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL

分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

Has protein modification

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.83 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 50 mM sodium cacodylate pH 6.5, 200 mM ammonium acetate and 10 mM calcium chloride and 10% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.23→47.27 Å / Num. obs: 100538 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 39.6 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 16.7
反射シェル	解像度: 2.23→2.27 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4938 / CC_1/2: 0.705 / R_pim(I) all: 0.568 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.2_5419	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.23→43.58 Å / SU ML: 0.2781 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.2067
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2438	5003	4.98 %
R_work	0.2151	95449	-
obs	0.2165	100452	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.23→43.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13592	1220	104	185	15101

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0054	15381
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6619	21122
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0444	2306
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0035	2526
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	24.1276	5831

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.23-2.26	0.3213	177	0.3018	3155	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.26-2.28	0.3725	179	0.2942	3139	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.28-2.31	0.3138	176	0.2794	3149	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.34	0.2738	192	0.2749	3163	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.34-2.37	0.3214	143	0.2682	3169	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.37-2.4	0.2768	167	0.2729	3154	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.4-2.44	0.3331	146	0.2773	3197	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.44-2.47	0.3402	141	0.2813	3189	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.47-2.51	0.2935	175	0.2726	3202	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.55	0.3462	171	0.2728	3148	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.6	0.3365	154	0.269	3201	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.64	0.3017	129	0.2524	3217	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.69	0.3008	145	0.2466	3157	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.69-2.75	0.2704	164	0.2513	3173	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.75-2.81	0.3127	133	0.2611	3232	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.81-2.87	0.2956	210	0.2585	3127	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.87-2.95	0.3082	161	0.2703	3179	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.95-3.03	0.3055	187	0.2701	3171	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.03-3.12	0.3425	156	0.2688	3175	X-RAY DIFFRACTION	100
3.12-3.22	0.2599	167	0.2577	3204	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.22-3.33	0.2564	171	0.2306	3131	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.33-3.46	0.2413	172	0.2108	3209	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.46-3.62	0.2428	156	0.2096	3192	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.62-3.81	0.2471	180	0.1997	3166	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.81-4.05	0.2205	176	0.1815	3204	X-RAY DIFFRACTION	99.88
4.05-4.36	0.2022	168	0.1625	3163	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.36-4.8	0.1806	170	0.1555	3215	X-RAY DIFFRACTION	99.91
4.8-5.5	0.1749	186	0.1658	3200	X-RAY DIFFRACTION	99.97
5.5-6.92	0.1925	173	0.1869	3241	X-RAY DIFFRACTION	99.82
6.92-43.58	0.1745	178	0.1651	3227	X-RAY DIFFRACTION	98.41

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.15686444371	-0.796793777005	-2.23608854879	2.99159932987	0.517628333436	3.1301153783	0.167319645523	-0.287695630103	0.430926272298	0.00200822489131	0.0538728270389	-0.185951776029	-0.300353466562	0.304321435879	-0.175437855234	0.31536514197	-0.0698906066342	0.0257858079336	0.276909477382	0.0023343518836	0.252387031098	-2.6284971378	14.2512498251	11.4518679759
2	5.31723164302	-1.56487225209	0.468649469866	4.91173415786	-1.38375264662	4.43090318375	-0.00460026671135	-0.428796651294	-0.775438915606	0.44899279952	0.0770174301719	-0.171561347495	0.936982799737	-0.0332344628388	-0.0596870818372	0.523865956231	-0.0540092661982	-0.0494252174327	0.306165810353	0.0071973094863	0.445059259377	-6.36184406867	-36.8846062784	27.7305277976
3	2.48135617237	-0.371838601903	-0.120407562107	0.655591321679	-0.145099483847	0.749461381482	-0.286501207512	-0.339783262544	0.331207368576	0.491490692237	0.689561870972	-0.887481346454	-0.055462957601	0.838952271202	-0.461145814053	0.810495294402	0.213973815632	-0.213298599789	1.12436130403	-0.546883735551	0.921235287637	4.6835046259	13.5317488189	45.5862408669
4	1.06131518768	0.312924373009	-0.288407639652	3.01084482204	0.706221171507	2.32992084528	-0.179065918002	-0.201052310708	0.0873280912813	0.662429956132	0.527593789822	-0.296111026972	-0.271760047048	0.222072440174	-0.28056046503	0.557250250271	0.212889408821	-0.0312438212376	0.656097691403	-0.102394057819	0.34292097093	-14.7558384855	13.7859092974	45.1112327458
5	0.561736451221	0.0957065697859	-0.199918164302	0.18065817953	-0.209793043954	0.346395370781	-0.0518982444319	0.144917463569	-0.253727631063	-0.0920826740504	0.036679326491	0.238199007847	0.667395038667	-0.319116828177	0.04541601434	0.609948723293	-0.123424969396	-0.0359346636416	0.379262911441	-0.0282813310926	0.556990147156	-2.02738393863	-36.7762342683	25.563728759
6	0.103393170715	-0.0295681608808	0.0490698234572	0.159576892938	0.0110510104002	0.0498661892126	0.481688444114	-0.549888861846	0.0266944650938	0.513188305432	0.0332971842144	-0.0136679128298	-0.286166190751	-0.443166343123	-0.475077808014	0.908911699771	-0.112750982175	0.051539385749	0.775455802094	0.0412592889185	0.367631367424	-5.83003968968	-23.7176034788	28.610444104
7	0.366669816886	-0.0539989332926	0.252560106704	0.517603403967	-0.239789830415	0.35988961846	0.273899585126	-0.113410556257	0.0820316408461	0.240260359077	-0.0501540601636	-0.109846345446	-0.34333173095	-0.0268398222424	-0.0607066884821	0.652807863094	0.0197366509264	0.0434411878755	0.515986686012	-0.0141474375443	0.289803808985	-2.90946846536	-23.6893844337	24.7832599386
8	3.18619081392	0.215581264184	-1.00320737538	0.996860410014	-0.00839638783724	1.764887983	0.0800025126697	-0.429236434128	-0.0516899856566	0.0732653645588	-0.0909118991142	-0.0478004660115	-0.00259042353843	0.436832480082	-0.0375010281111	0.295995477525	0.0189146955043	-0.0171172166727	0.39220241421	0.0124510520046	0.134499225845	39.8875059734	-13.2953051066	43.8752687807
9	1.19233600317	0.497218999598	1.12224870867	0.297460322303	0.417960359956	1.05141731128	-0.0322637062871	0.199698252405	0.203005096687	-0.60975525704	0.323964160116	0.250439644861	-0.155327648761	-0.195739696584	-0.460390346287	0.662100898693	-0.248773699602	-0.00078207942719	0.686512678414	0.0217759319534	0.40729057842	49.13406492	8.43711885667	44.0084193279
10	0.739360725461	-0.349848404833	0.157037303115	0.733414829391	0.755866892604	1.25728891945	0.068025330697	-0.380055369306	0.0607740101769	0.0457337959165	-0.0810936761412	-0.18249538076	0.0320039959357	0.032683058222	0.0162999018584	0.646241114262	0.0253533780755	-0.15099678043	0.630560697698	-0.0112188707899	0.571120443229	44.9625096001	36.3968939241	25.3154732866
11	2.74282849919	-0.0956922850007	-0.317552642752	1.06220257423	-0.507189368299	2.06064239483	-0.0417550464547	0.0863511777635	0.0921268249722	-0.0527573445908	0.077996212642	0.0721109535149	-0.0528928275682	-0.284459911804	-0.0596898739379	0.261821791721	-0.0229208217356	-0.00789310964268	0.219994848736	-0.014544658495	0.160262981711	52.7768465432	-14.0806173271	11.068956917
12	0.252607424274	0.29225315971	-0.00315798003456	0.208874821225	-0.156460649741	0.170415305786	0.0695532191687	0.265840604793	-0.10986471244	0.15308423037	-0.125267712879	0.18201432908	-0.0451032656998	0.120105776796	0.124350361451	0.691819012687	0.0994226767151	-0.146018815849	0.648810923767	-0.0121771551267	0.622671178064	48.8177292488	36.725684328	28.6852289142
13	0.557732561335	-0.109235470472	0.770509243862	2.13060892168	3.36050852437	4.92939708477	0.443509790268	-0.196651079501	-0.431316007883	-0.101623144579	-0.100700865273	0.565355761977	0.669636144184	-0.423546066726	0.112671443894	0.685054618505	0.0895078216366	0.0105368557843	0.973277579035	0.0133510531668	0.362511751052	47.0685890117	23.5526068475	29.8491834792
14	0.285400405677	-0.0512283675052	0.642697775488	0.622888184822	-2.91683990868	7.85614293167	0.613998549603	-1.2253946098	-1.35022765372	1.3025163865	0.413601897339	-2.49808362194	0.566746839748	0.708391127045	0.026710700339	0.663958289111	-0.00772620136459	0.422255687614	0.801771125284	0.305774919664	-4.13328868295	45.4434997803	23.4935116827	25.5937811335

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'C' and (resid -348 through 26 )	C	A	-348 - 26	1 - 375
2	2	chain 'C' and (resid 27 through 88 )	C	A	27 - 88	376 - 437
3	3	chain 'D' and (resid -347 through -230 )	D	D	-347 - -230	1 - 118
4	4	chain 'D' and (resid -229 through 26 )	D	D	-229 - 26	119 - 374
5	5	chain 'D' and (resid 27 through 88 )	D	D	27 - 88	375 - 436
6	6	chain 'G' and (resid -3 through 11 )	G	F	-3 - 11
7	7	chain 'H' and (resid -3 through 11 )	H	G	-3 - 11
8	8	chain 'A' and (resid -348 through 3 )	A	H	-348 - 3	1 - 352
9	9	chain 'A' and (resid 4 through 26 )	A	H	4 - 26	353 - 375
10	10	chain 'A' and (resid 27 through 88 )	A	H	27 - 88	376 - 437
11	11	chain 'B' and (resid -347 through 26 )	B	K	-347 - 26	1 - 374
12	12	chain 'B' and (resid 27 through 88 )	B	K	27 - 88	375 - 436
13	13	chain 'E' and (resid -3 through 11 )	E	N	-3 - 11
14	14	chain 'F' and (resid -3 through 11 )	F	O	-3 - 11

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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