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Yorodumi- PDB-9m74: Crystal structure of MBP-fused BIL1/BZR1 (21-104) in complex with... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 9m74 | |||||||||||||||||||||
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| Title | Crystal structure of MBP-fused BIL1/BZR1 (21-104) in complex with double-stranded DNA contaning CACAGCTGTG | |||||||||||||||||||||
Components |
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Keywords | DNA BINDING PROTEIN / Plant-specific / DNA-biding protein / Transcription factor / BZR | |||||||||||||||||||||
| Function / homology | Function and homology informationplant ovule development / seed development / brassinosteroid mediated signaling pathway / cell envelope / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / periplasmic space ...plant ovule development / seed development / brassinosteroid mediated signaling pathway / cell envelope / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / periplasmic space / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding / nucleus / cytosol Similarity search - Function | |||||||||||||||||||||
| Biological species | ![]() synthetic construct (others) | |||||||||||||||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.23 Å | |||||||||||||||||||||
Authors | Shohei, N. / Masaru, T. / Takuya, M. | |||||||||||||||||||||
| Funding support | Japan, 6items
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Citation | Journal: Febs Lett. / Year: 2025Title: Single cis-elements in brassinosteroid-induced upregulated genes are insufficient to recruit both redox states of the BIL1/BZR1 DNA-binding domain. Authors: Nosaki, S. / Ohtsuka, M. / Nakano, T. / Tanokura, M. / Miyakawa, T. | |||||||||||||||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 9m74.cif.gz | 853.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb9m74.ent.gz | 622.5 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 9m74.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 9m74_validation.pdf.gz | 1.9 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 9m74_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | Display | |
| Data in XML | 9m74_validation.xml.gz | 74.5 KB | Display | |
| Data in CIF | 9m74_validation.cif.gz | 96 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/9m74 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/9m74 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 9m73C C: citing same article ( |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 49819.445 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: DNA chain | Mass: 4593.011 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: synthetic construct (others) #3: Polysaccharide | alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | Has protein modification | N | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.83 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 50 mM sodium cacodylate pH 6.5, 200 mM ammonium acetate and 10 mM calcium chloride and 10% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 4000 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 95 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: AR-NE3A / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Apr 19, 2017 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.23→47.27 Å / Num. obs: 100538 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 39.6 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 16.7 |
| Reflection shell | Resolution: 2.23→2.27 Å / Redundancy: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4938 / CC1/2: 0.705 / Rpim(I) all: 0.568 / % possible all: 97.8 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.23→43.58 Å / SU ML: 0.2781 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 27.2067 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 54.91 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.23→43.58 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Movie
Controller
About Yorodumi




X-RAY DIFFRACTION
Japan, 6items
Citation
PDBj





















































