[日本語] English
万見
- PDB-9m6o: Crystal structure of S. aureus protein A bound to a camelid singl... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9m6o
タイトルCrystal structure of S. aureus protein A bound to a camelid single-domain antibody
要素
  • Immunoglobulin G-binding protein A
  • single-domain antibody
キーワードIMMUNE SYSTEM / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host signal transduction pathway via antagonism of host cell surface receptor / IgG binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Octapeptide repeat / Octapeptide repeat / Protein A, Ig-binding domain / B domain / Lysin motif / LysM domain superfamily / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily ...Octapeptide repeat / Octapeptide repeat / Protein A, Ig-binding domain / B domain / Lysin motif / LysM domain superfamily / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin G-binding protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.49 Å
データ登録者Kong, Y. / Shi, J.L. / Wu, F.D. / Zhao, T. / Zhu, X.Y. / Xu, Q.Y. / Wang, R.B. / Song, Y.D. / Li, Q.X. / Wang, Y.L. ...Kong, Y. / Shi, J.L. / Wu, F.D. / Zhao, T. / Zhu, X.Y. / Xu, Q.Y. / Wang, R.B. / Song, Y.D. / Li, Q.X. / Wang, Y.L. / Gao, X.Y. / Yang, Y.D. / Wu, Y.L. / Yang, Z.L. / Yao, J.H. / Ying, T.L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82394450 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2025
タイトル: A synergistic generative-ranking framework for tailored design of therapeutic single-domain antibodies.
著者: Kong, Y. / Shi, J. / Wu, F. / Zhao, T. / Wang, R. / Zhu, X. / Xu, Q. / Song, Y. / Li, Q. / Wang, Y. / Gao, X. / Yang, Y. / Feng, Y. / Wang, Z. / Ge, W. / Wu, Y. / Yang, Z. / Yao, J. / Ying, T.
履歴
登録2025年3月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
H: Immunoglobulin G-binding protein A
A: Immunoglobulin G-binding protein A
B: single-domain antibody
C: single-domain antibody


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5944
ポリマ－41,5944
非ポリマー00
水6,323351
1
H: Immunoglobulin G-binding protein A
C: single-domain antibody


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7972
ポリマ－20,7972
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1140 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area9020 Å2
手法PISA
2
A: Immunoglobulin G-binding protein A
B: single-domain antibody


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7972
ポリマ－20,7972
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1140 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area9030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.930, 78.480, 97.170
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

#1: 抗体 Immunoglobulin G-binding protein A / IgG-binding protein A / Staphylococcal protein A / SpA


分子量: 6845.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: spa, SAOUHSC_00069 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02976
#2: 抗体 single-domain antibody


分子量: 13951.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 25% w/v Polyethylene glycol 3350 and 0.1M Citric acid 3.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→29.98 Å / Num. obs: 66808 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.1 % / Biso Wilson estimate: 15.39 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.49→1.53 Å / Rmerge(I) obs: 1.316 / Num. unique obs: 4852 / CC1/2: 0.768

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286位相決定
PHENIX1.21.1_5286精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.49→29.94 Å / SU ML: 0.1618 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 46.1208
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2565 3250 4.88 %
Rwork0.2244 63287 -
obs0.2259 66537 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 20.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.49→29.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2800 0 0 351 3151
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00882852
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0253858
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0852408
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0079516
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.33531046
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.49-1.510.51151220.4342721X-RAY DIFFRACTION98.92
1.51-1.540.44011310.41762709X-RAY DIFFRACTION99.61
1.54-1.560.39851310.38642736X-RAY DIFFRACTION99.55
1.56-1.590.33491580.37052698X-RAY DIFFRACTION99.69
1.59-1.620.38641180.35972744X-RAY DIFFRACTION99.86
1.62-1.650.34261520.33552723X-RAY DIFFRACTION99.79
1.65-1.680.36611300.32352697X-RAY DIFFRACTION99.44
1.68-1.720.37621550.31162733X-RAY DIFFRACTION99.65
1.72-1.760.27511450.2932749X-RAY DIFFRACTION99.48
1.76-1.80.32011420.27312702X-RAY DIFFRACTION99.68
1.8-1.850.32041280.26312742X-RAY DIFFRACTION99.86
1.85-1.910.25241330.24572775X-RAY DIFFRACTION99.79
1.91-1.970.26721330.23722737X-RAY DIFFRACTION99.48
1.97-2.040.2441430.222715X-RAY DIFFRACTION99.55
2.04-2.120.25711420.20222770X-RAY DIFFRACTION99.66
2.12-2.210.2161370.19412760X-RAY DIFFRACTION99.9
2.21-2.330.22691470.18642728X-RAY DIFFRACTION99.83
2.33-2.480.22911810.1952735X-RAY DIFFRACTION99.79
2.48-2.670.211480.18772777X-RAY DIFFRACTION99.9
2.67-2.940.19831330.18372803X-RAY DIFFRACTION99.53
2.94-3.360.2381300.17992820X-RAY DIFFRACTION99.9
3.36-4.230.21671450.17182846X-RAY DIFFRACTION100
4.23-29.940.21841660.19292867X-RAY DIFFRACTION96.93

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る