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万見
- PDB-9m6m: Atomic-Level Architecture and Assembly Mechanism of High-order St... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9m6m
タイトルAtomic-Level Architecture and Assembly Mechanism of High-order Structures of RIPK1 Fibril Network Revealed by Integrated Structural Biology
要素Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
キーワードPROTEIN FIBRIL / necroptosis / RIPK1 / RHIM / ssNMR / protein / fibril / high-order fibril structure
機能・相同性
機能・相同性情報


TNF signaling / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / TNFR1-induced proapoptotic signaling / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / RIPK1-mediated regulated necrosis / TRIF-mediated programmed cell death / ripoptosome assembly / positive regulation of miRNA processing ...TNF signaling / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / TNFR1-induced proapoptotic signaling / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / RIPK1-mediated regulated necrosis / TRIF-mediated programmed cell death / ripoptosome assembly / positive regulation of miRNA processing / positive regulation of interleukin-6-mediated signaling pathway / ripoptosome assembly involved in necroptotic process / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / death domain binding / Regulation of TNFR1 signaling / Regulation of necroptotic cell death / Ovarian tumor domain proteases / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / peptidyl-serine autophosphorylation / ripoptosome / programmed necrotic cell death / positive regulation of macrophage differentiation / T cell apoptotic process / TRP channels / necroptotic signaling pathway / Ub-specific processing proteases / death-inducing signaling complex / positive regulation of necroptotic process / negative regulation of necroptotic process / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / death receptor binding / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of reactive oxygen species metabolic process / necroptotic process / positive regulation of phosphorylation / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of execution phase of apoptosis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / signaling adaptor activity / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of JNK cascade / protein catabolic process / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / cellular response to growth factor stimulus / cellular response to hydrogen peroxide / positive regulation of protein phosphorylation / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor production / cellular response to tumor necrosis factor / positive regulation of neuron apoptotic process / protein autophosphorylation / amyloid fibril formation / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / receptor complex / positive regulation of MAPK cascade / intracellular signal transduction / positive regulation of apoptotic process / inflammatory response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex binding / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / ATP binding
類似検索 - 分子機能
RIP1, Death domain / RHIM domain / RIP homotypic interaction motif / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / : / Death-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain ...RIP1, Death domain / RHIM domain / RIP homotypic interaction motif / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / : / Death-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法個体NMR / simulated annealing
データ登録者Liu, J. / Wu, X. / Lu, J.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171185 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32501072 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32401022 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Atomic-Level Architecture and Assembly Mechanism of High-order Structures of RIPK1 Fibril Network Revealed by Integrated Structural Biology
著者: Liu, J. / Wu, X. / Lu, J.
履歴
登録2025年3月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
B: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
C: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
D: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
E: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0855
ポリマ－14,0855
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 192structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1 / Cell death protein RIP / Receptor-interacting protein 1 / RIP-1


分子量: 2817.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Gene ID: 19766 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ripk1, Rinp, Rip / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RossetaDE3
参照: UniProt: Q60855, non-specific serine/threonine protein kinase
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
343isotropic22D CH
121isotropic23D CaNH
131isotropic23D coCAcoNH
181isotropic13D hNCaCx
161isotropic13D hCANCOCX
1172isotropic12D TEDOR
1164isotropic12D TEDOR
211isotropic12D DARR 50ms
2151isotropic12D DARR 200ms
2141isotropic12D DARR 500ms
1112isotropic12D [2]-13C-DARR 50ms
1182isotropic12D [2]-13C-DARR 200ms
1132isotropic12D [2]-13C-DARR 500ms
1101isotropic12D NCACX
191isotropic12D NCOCX

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
fiber14.0 mg/uL [U-100% 13C] glucose, 1.5 mg/L [U-100% 15N] ammonium chloride, 50mM acetic acid buffer PH 5.0Uniformly-labelled 20mg13C,15N-Uniformly-labelled-ripk150mM acetic acid buffer PH 5.0
fiber24.0 mg/L [2-13C] glycerol, 1.5 mg/L [U-100% 15N] ammonium chloride, 50mM acetic acid buffer PH 5.0Sparsely-labelled,2-13C,15N-Labelled mripk1 was expressed in M9 medium prepared in 50mM acrtic acid buffer, sapmle 20 mg2-13C,15N-Sparsely-labelled-ripk150mM acetic acid buffer PH 5.0
fiber44.0 mg/L [2-13C] glycerol, 1.5 mg/L [U-100% 15N] ammonium chloride, 50mM acetic acid buffer PH 5.0Sparsely-labelled,1,3-13C,15N-Labelled mripk1 was expressed in M9 medium prepared in 50mM acrtic acid buffer, sapmle 20 mg1,3-13C,15N-Sparsely-labelled-ripk150mM acetic acid buffer PH 5.0
fiber34.0 mg/L [2-13C] glucose, 1.5 mg/L [U-100% 15N] ammonium chloride, 99 % [2H] 99% D2O, 100% D2O2H,13C,15N-Labelled mripk1 was expressed in M9 medium prepared in 99% D2O, sapmle 1 mgD2O labelled-ripk1100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
4.0 mg/uLglucose[U-100% 13C]1
1.5 mg/Lammonium chloride[U-100% 15N]1
4.0 mg/Lglycerol[2-13C]2
1.5 mg/Lammonium chloride[U-100% 15N]2
4.0 mg/Lglycerol[2-13C]4
1.5 mg/Lammonium chloride[U-100% 15N]4
4.0 mg/Lglucose[2-13C]3
1.5 mg/Lammonium chloride[U-100% 15N]3
99 %99% D2O[2H]3
試料状態
Conditions-ID詳細イオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
11mg/ml protein elution solution was dialyzed for 4 days at room temperature, 50mM acrtic acid buffer(pH 5.0) was replaced twice every 24h.0 mMConditions-151 Pa263 K
21mg/ml protein elution solution was dialyzed for 4 days at room temperature, 50mM acrtic acid buffer(pH 5.0) was replaced twice every 24h.0 mMConditions-25.0 Not defined1 Pa293 K
32H,13C,15N-Labelled mripk1 was expressed in M9 medium prepared in 99%D2O.1mg/ml protein elution solution was dialyzed for 4 days at room temperature, H2O was replaced twice every 24h.0 mMConditions-35.0 Not defined1 Pa279 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker 3.2 mm HCN E free probeBruker3.2 mm HCN E free probe7001
Bruker 0.7 mm HCN probeBruker0.7 mm HCN probe7002

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
SparkyLee W, Tonelli M, Markley JL.データ解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
SparkyLee W, Tonelli M, Markley JL.chemical shift assignment
SparkyLee W, Tonelli M, Markley JL.peak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 192 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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