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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9m6h | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | structure of FliD-FliC at a 10:10 stoichiometry | ||||||||||||||||||||||||
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![]() | STRUCTURAL PROTEIN / Complex | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() TLR5 cascade / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / bacterial-type flagellum filament cap / NFkB and MAPK activation mediated by TRAF6 / bacterial-type flagellum hook / The IPAF inflammasome / bacterial-type flagellum / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / cell adhesion / receptor ligand activity ...TLR5 cascade / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / bacterial-type flagellum filament cap / NFkB and MAPK activation mediated by TRAF6 / bacterial-type flagellum hook / The IPAF inflammasome / bacterial-type flagellum / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / cell adhesion / receptor ligand activity / structural molecule activity / extracellular space / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.27 Å | ||||||||||||||||||||||||
![]() | Chen, L.X. / Chen, X.Q. / Zhang, F.F. / Jiang, W.X. / Xing, Q. | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural insights into the initiation of bacterial flagellar filament elongation 著者: Chen, L.X. / Dong, X. / Zhang, F.F. / Cheng, X.Q. / Wang, X. / Jiang, W.X. / Ma, L.X. / Xing, Q. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 217.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 341.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 63662MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45971.234 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Sequence reference for strain 'Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium' is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt id P16328. 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: fliD, flaV, flbC, STM1960 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 41695.375 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Sequence reference for strain 'Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium' is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt id P06179. 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: fliC, flaF, hag, STM1959 / 発現宿主: ![]() ![]() Has protein modification | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: the FliD-FliC with 10:10 stoichiometry / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.27 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 395012 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 3.27 Å / 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS) | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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