[日本語] English
万見
- PDB-9m5s: Crystal structure of type A chloramphenicol acetyltransferase fro... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9m5s
タイトルCrystal structure of type A chloramphenicol acetyltransferase from Staphylococcus aureus at 1.8 angstrom resolution
要素Chloramphenicol acetyltransferase
キーワードANTIBIOTIC
機能・相同性
機能・相同性情報


chloramphenicol O-acetyltransferase activity / chloramphenicol O-acetyltransferase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Chloramphenicol acetyltransferase, active site / Chloramphenicol acetyltransferase active site. / Chloramphenicol acetyltransferase / Chloramphenicol acetyltransferase / Chloramphenicol acetyltransferase / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / HEXANE-1,6-DIOL / Chloramphenicol acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Wang, K. / Chen, J. / Ye, S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of type I chloramphenicol acetyltransferase from Staphylococcus aureus
著者: Wang, K. / Chen, J. / Ye, S.
履歴
登録2025年3月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Chloramphenicol acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,33510
ポリマ－25,4491
非ポリマー8869
水4,756264
1
A: Chloramphenicol acetyltransferase
ヘテロ分子

A: Chloramphenicol acetyltransferase
ヘテロ分子

A: Chloramphenicol acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,00430
ポリマ－76,3463
非ポリマー2,65827
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area10770 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area27640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.551, 103.551, 46.249
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Space group name HallP32"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x-y,-y,-z
#5: -x,-x+y,-z
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-625-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Chloramphenicol acetyltransferase / CAT


分子量: 25448.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: cat / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P00485, chloramphenicol O-acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物
ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.27 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: CoCl2,CH3COONa,1,6-Hexanediol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2022年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→32.19 Å / Num. obs: 25985 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 18.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Χ2: 0.905 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.8-1.843.20.221345177.2
1.84-1.893.80.181547187
1.89-1.944.60.161665195.7
1.94-260.12917591100
2-2.067.60.1291786199.7
2.06-2.137.70.1081743199.8
2.13-2.227.70.0961779199.9
2.22-2.327.70.08117601100
2.32-2.447.80.07717801100
2.44-2.67.80.06717721100
2.6-2.87.80.05817741100
2.8-3.087.70.05318041100
3.08-3.527.70.04317931100
3.52-4.447.50.0418081100
4.44-32.197.10.0391870198.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHENIX1.19.1_4122精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CLA

3cla


解像度: 1.8→32.19 Å / SU ML: 0.1384 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.516
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1662 1279 4.92 %Random selection
Rwork0.1505 24699 --
obs0.1513 25978 97.25 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→32.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1787 0 57 264 2108
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00661896
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96712558
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0515268
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061324
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7627269
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.870.23451160.18172231X-RAY DIFFRACTION80.6
1.87-1.960.20091140.16082687X-RAY DIFFRACTION95.37
1.96-2.060.19181460.15972808X-RAY DIFFRACTION99.8
2.06-2.190.1791450.14562782X-RAY DIFFRACTION99.93
2.19-2.360.1511490.14432811X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.60.17721500.15412794X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.970.17161530.15052813X-RAY DIFFRACTION99.93
2.97-3.740.16451410.14432856X-RAY DIFFRACTION99.87
3.74-32.190.14461650.14942917X-RAY DIFFRACTION99.55

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る