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- PDB-9m59: Cu/Zn-superoxide dismutase from Deinococcus radiodurans (Calcium-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9m59
タイトルCu/Zn-superoxide dismutase from Deinococcus radiodurans (Calcium-bound)
要素Superoxide dismutase (SodC), Cu-Zn family
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / superoxide dismutase / beta-propeller lactonase
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / removal of superoxide radicals / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Superoxide dismutase (Cu/Zn) / superoxide dismutase copper chaperone / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily / Six-bladed beta-propeller, TolB-like
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Superoxide dismutase [Cu-Zn]
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans R1 = ATCC 13939 = DSM 20539 (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Muraki, N. / Megata, M. / Furukawa, Y.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)19H05765 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)22H02768 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)22K19389 日本
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Cu/Zn-superoxide dismutase naturally fused with a beta-propeller lactonase in Deinococcus radiodurans.
著者: Furukawa, Y. / Megata, M. / Shintani, A. / Sue, K. / Morohoshi, T. / Akutsu, M. / Muraki, N.
履歴
登録2025年3月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Superoxide dismutase (SodC), Cu-Zn family
B: Superoxide dismutase (SodC), Cu-Zn family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,58017
ポリマ－92,4992
非ポリマー1,08115
水5,657314
1
A: Superoxide dismutase (SodC), Cu-Zn family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8389
ポリマ－46,2491
非ポリマー5898
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Superoxide dismutase (SodC), Cu-Zn family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7428
ポリマ－46,2491
非ポリマー4937
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)133.278, 133.278, 76.521
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Superoxide dismutase (SodC), Cu-Zn family


分子量: 46249.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Gly1 and Pro2 are the expression tag after cleavage.
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans R1 = ATCC 13939 = DSM 20539 (放射線耐性)
遺伝子: DR_A0202 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RYV4

-
非ポリマー , 6種, 329分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.6M Lithium Sulfate, 0.1M Tris, pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→36.917 Å / Num. obs: 105657 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 40.18 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.04272 / Rpim(I) all: 0.01639 / Rrim(I) all: 0.0458 / Net I/σ(I): 24.82
反射 シェル解像度: 1.9→1.968 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.939 / Mean I/σ(I) obs: 1.99 / Num. unique obs: 10494 / CC1/2: 0.776 / Rpim(I) all: 0.3531 / Rrim(I) all: 1.004 / % possible all: 99.99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8精密化
PHENIX1.20.1精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→36.917 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2198 10356 5 %
Rwork0.1958 --
obs0.197 105641 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→36.917 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6426 0 43 314 6783
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076690
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8669130
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1693996
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581032
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061211
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.92160.35573610.34086559X-RAY DIFFRACTION100
1.9216-1.94420.33993490.3196522X-RAY DIFFRACTION100
1.9442-1.96790.32643820.30296545X-RAY DIFFRACTION100
1.9679-1.99290.33073450.28736583X-RAY DIFFRACTION100
1.9929-2.01910.29943240.27936612X-RAY DIFFRACTION100
2.0191-2.04670.30262600.27936619X-RAY DIFFRACTION100
2.0467-2.0760.29343980.26796563X-RAY DIFFRACTION100
2.076-2.1070.27513520.26316520X-RAY DIFFRACTION100
2.107-2.13990.27743820.25836542X-RAY DIFFRACTION100
2.1399-2.1750.28024530.25646452X-RAY DIFFRACTION100
2.175-2.21250.30083400.24776540X-RAY DIFFRACTION100
2.2125-2.25270.24643150.23136646X-RAY DIFFRACTION100
2.2527-2.2960.26832880.22626606X-RAY DIFFRACTION100
2.296-2.34290.27192760.23696606X-RAY DIFFRACTION100
2.3429-2.39380.31563260.23636646X-RAY DIFFRACTION100
2.3938-2.44950.26223880.22646464X-RAY DIFFRACTION100
2.4495-2.51070.2623480.22296557X-RAY DIFFRACTION100
2.5107-2.57860.24573820.22276556X-RAY DIFFRACTION100
2.5786-2.65440.23693460.22536573X-RAY DIFFRACTION100
2.6544-2.74010.30823130.23126598X-RAY DIFFRACTION100
2.7401-2.8380.29133500.24326556X-RAY DIFFRACTION100
2.838-2.95160.25213260.2346596X-RAY DIFFRACTION100
2.9516-3.08580.27433670.22666515X-RAY DIFFRACTION100
3.0858-3.24840.25272950.23046581X-RAY DIFFRACTION100
3.2484-3.45180.22183320.20186590X-RAY DIFFRACTION99
3.4518-3.71810.20133240.18266536X-RAY DIFFRACTION100
3.7181-4.09180.17863600.16386553X-RAY DIFFRACTION100
4.0918-4.68290.15613960.13346502X-RAY DIFFRACTION100
4.6829-5.89610.15493330.13686590X-RAY DIFFRACTION100
5.8961-36.90.15973450.14766525X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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