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万見
- PDB-9m4t: CryoEM structure of the alpha1AAR complex with silodosin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9m4t
タイトルCryoEM structure of the alpha1AAR complex with silodosin
要素Alpha-1A adrenergic receptor
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / Alpha1AAR / Silodosin
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of heart rate involved in baroreceptor response to increased systemic arterial blood pressure / alpha1-adrenergic receptor activity / norepinephrine-epinephrine vasoconstriction involved in regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of heart rate by epinephrine-norepinephrine / positive regulation of the force of heart contraction by epinephrine-norepinephrine / pilomotor reflex / phospholipase C-activating adrenergic receptor signaling pathway / neuron-glial cell signaling / cell growth involved in cardiac muscle cell development / positive regulation of action potential ...negative regulation of heart rate involved in baroreceptor response to increased systemic arterial blood pressure / alpha1-adrenergic receptor activity / norepinephrine-epinephrine vasoconstriction involved in regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of heart rate by epinephrine-norepinephrine / positive regulation of the force of heart contraction by epinephrine-norepinephrine / pilomotor reflex / phospholipase C-activating adrenergic receptor signaling pathway / neuron-glial cell signaling / cell growth involved in cardiac muscle cell development / positive regulation of action potential / positive regulation of smooth muscle contraction / adult heart development / Adrenoceptors / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / smooth muscle contraction / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / response to hormone / positive regulation of vasoconstriction / positive regulation of cardiac muscle contraction / negative regulation of autophagy / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / caveola / MAPK cascade / G alpha (12/13) signalling events / cell-cell signaling / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / nuclear membrane / G alpha (q) signalling events / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of MAPK cascade / intracellular signal transduction / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein heterodimerization activity / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / apoptotic process / signal transduction / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha 1A adrenoceptor / Adrenoceptor family / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Alpha-1A adrenergic receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.19 Å
データ登録者Liu, S.S. / Guo, Q. / Wang, D.D. / Tao, Y.Y. / Jiao, H.Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2025
タイトル: Molecular mechanism of antagonists recognition and regulation of the α- adrenoceptor. (α-Adrenoceptor Antagonist Recognition).
著者: Sisi Liu / Haizhan Jiao / Yuyong Tao / Dandan Wang / Qiong Guo /
要旨: The α-adrenoceptor (αAR) is a critically important class of G protein-coupled receptors (GPCRs), comprising three subtypes: αAR, αAR, and αAR. Currently, drugs targeting αAR have been used in ...The α-adrenoceptor (αAR) is a critically important class of G protein-coupled receptors (GPCRs), comprising three subtypes: αAR, αAR, and αAR. Currently, drugs targeting αAR have been used in the treatment of various diseases. Notably, antagonists of αAR play a pivotal role in the management of benign prostatic hyperplasia (BPH). In recent years, researchers have developed selective antagonists for the αAR subtype that have a minimal impact on blood pressure for the treatment of BPH. However, these agents still exhibit certain side effects, necessitating the continuous development of new medications to mitigate adverse reactions while achieving more precise regulation. We report the cryo-EM structures of the αAR selective antagonist doxazosin and the αAR subtype selective antagonist silodosin in complex with αAR, demonstrating that M292 and V185 are key residues that confer subtype selectivity to silodosin. Additionally, modifications to αAR enhanced silodosin's inhibitory efficacy against αAR. These findings deepen our understanding of the recognition patterns of αAR antagonists, revealing the molecular principles underlying the selective binding of silodosin to αAR and promoting further research and development of subtype selective drugs targeting αAR.
履歴
登録2025年3月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-1A adrenergic receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2882
ポリマ－35,7931
非ポリマー4961
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Alpha-1A adrenergic receptor / Alpha-1A adrenoreceptor / Alpha-1A adrenoceptor / Alpha-1C adrenergic receptor / Alpha-adrenergic receptor 1c


分子量: 35792.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADRA1A, ADRA1C / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P35348
#2: 化合物 ChemComp-A1EMV / Silodosin


分子量: 495.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H32F3N3O4
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: CryoEM structure of the the alpha1AAR complex with silodosin
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2300 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1700 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 3759439 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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