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- PDB-9m46: Crystal structure of IQSEC2 CC domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9m46
タイトルCrystal structure of IQSEC2 CC domain
要素IQ motif and SEC7 domain-containing protein 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / Coiled-coil
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of long-term synaptic depression / regulation of ARF protein signal transduction / positive regulation of synapse assembly / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / guanyl-nucleotide exchange factor activity / modulation of chemical synaptic transmission / Schaffer collateral - CA1 synapse / actin cytoskeleton organization / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
IQ motif and SEC7 domain-containing protein, PH domain / PH domain / Sec7 domain / Sec7, C-terminal domain superfamily / Sec7 domain superfamily / Sec7 domain / SEC7 domain profile. / Sec7 domain / IQ motif profile. / Pleckstrin homology domain. ...IQ motif and SEC7 domain-containing protein, PH domain / PH domain / Sec7 domain / Sec7, C-terminal domain superfamily / Sec7 domain superfamily / Sec7 domain / SEC7 domain profile. / Sec7 domain / IQ motif profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
IQ motif and SEC7 domain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Bai, G. / Cai, Q. / Zhang, M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32200773 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: IQSEC2/BRAG1 Regulates Postsynaptic Density Assembly Via Ca2+-Induced Phase Separation
著者: Bai, G. / Huang, R. / Lian, Y. / Zhuang, M. / Wu, M. / Cai, Q. / Tian, H. / Lu, Y. / Li, H. / Zhang, M.
履歴
登録2025年3月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IQ motif and SEC7 domain-containing protein 2
B: IQ motif and SEC7 domain-containing protein 2
C: IQ motif and SEC7 domain-containing protein 2
D: IQ motif and SEC7 domain-containing protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3904
ポリマ－31,3904
非ポリマー00
水2,414134
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6630 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area14510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)20.133, 69.842, 169.327
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
IQ motif and SEC7 domain-containing protein 2


分子量: 7847.518 Da / 分子数: 4 / 断片: CC domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IQSEC2, KIAA0522 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5JU85
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.14 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5
詳細: 0.1 M Sodium malonate pH 5.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月27日
放射モノクロメーター: LN2-cooled DCM with Si(111) crystals
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→50 Å / Num. obs: 23777 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 11.1 % / CC1/2: 0.984 / CC star: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.128 / Χ2: 1.165 / Net I/σ(I): 4.9 / Num. measured all: 264809
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.77-1.810.40.80711300.9070.9750.2440.8440.45693.2
1.8-1.8311.10.69711440.9350.9830.2020.7270.47190.6
1.83-1.87120.60410690.9450.9860.1750.630.47692.9
1.87-1.9111.90.95411000.9560.9890.2780.9950.51893.7
1.91-1.959.20.43711200.9650.9910.1660.471.43592.5
1.95-1.9911.10.49811770.9690.9920.150.520.53795.6
1.99-2.0410.60.33111660.9690.9920.1020.3480.61696
2.04-2.111.10.28711500.9780.9940.0870.3010.68197.9
2.1-2.1611.80.24211910.9850.9960.070.2520.68697.9
2.16-2.2311.40.2412370.9850.9960.070.2510.77198.8
2.23-2.319.40.239920.9430.9850.0870.2491.05982.9
2.31-2.411.30.16211960.9890.9970.0490.1690.92799.5
2.4-2.5110.70.14212700.9880.9970.0450.1491.03199.2
2.51-2.64120.1311740.9950.9990.0380.1361.24599.6
2.64-2.81120.12312600.9930.9980.0360.1291.36100
2.81-3.0311.80.11312290.9950.9990.0340.1181.603100
3.03-3.3311.30.09712860.9940.9980.030.1021.93899.9
3.33-3.8111.70.09711940.9940.9980.030.1022.296.4
3.81-4.8110.08112730.9970.9990.0260.0852.53197.9
4.8-5010.80.07214190.9980.9990.0240.0762.20999.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000v722データスケーリング
HKL-2000v722データ削減
Arcimboldo位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.77→29.7 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2847 1183 5.09 %
Rwork0.2203 --
obs0.2236 23250 94.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→29.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1749 0 0 134 1883
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091752
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0242349
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.698230
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045263
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.014327
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.77-1.850.26291330.24442584X-RAY DIFFRACTION90
1.85-1.950.40051280.30332386X-RAY DIFFRACTION85
1.95-2.070.30521680.24072721X-RAY DIFFRACTION95
2.07-2.230.29421250.22412848X-RAY DIFFRACTION98
2.23-2.450.26211400.23092626X-RAY DIFFRACTION91
2.45-2.810.25511730.21532895X-RAY DIFFRACTION99
2.81-3.530.30981640.21072941X-RAY DIFFRACTION100
3.53-29.70.27081520.20833066X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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