PDB-9m2e: Crystal Structure of Nur77 LBD in complex with DBIC compound

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9m2e

タイトル

Crystal Structure of Nur77 LBD in complex with DBIC compound

要素

Nuclear receptor subfamily 4immunitygroup A member 1

キーワード

TRANSCRIPTION / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / regulation of type B pancreatic cell proliferation / non-canonical inflammasome complex assembly / detection of lipopolysaccharide / AKT phosphorylates targets in the nucleus / endothelial cell chemotaxis / nuclear glucocorticoid receptor binding / macrophage activation / cell migration involved in sprouting angiogenesis / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.575 Å

データ登録者

Hong, W.B. / Lin, T.W. / Chen, X.Q. / Wu, Q.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Nur77 LBD in complex with DBIC compound
著者: Wu, L.Z. / Hong, W.B.

履歴

登録	2025年2月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年12月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9m2e.cif.gz	109 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9m2e.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9m2e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9m2e_validation.pdf.gz	666 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9m2e_full_validation.pdf.gz	673.5 KB	表示
XML形式データ	9m2e_validation.xml.gz	20.4 KB	表示
CIF形式データ	9m2e_validation.cif.gz	28 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/9m2e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/9m2e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #236 - 2019年8月サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

登録構造単位

BBB: Nuclear receptor subfamily 4immunitygroup A member 1

AAA: Nuclear receptor subfamily 4immunitygroup A member 1

ヘテロ分子

55.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.522, 76.094, 128.273
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	BBB
2	1	AAA

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Auth seq-ID: 362 - 598 / Label seq-ID: 12 - 248

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	BBB	A
2	AAA	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Nuclear receptor subfamily 4immunitygroup A member 1 / Early response protein NAK1 / Nuclear hormone receptor NUR/77 / Nur77 / Orphan nuclear receptor HMR ...Early response protein NAK1 / Nuclear hormone receptor NUR/77 / Nur77 / Orphan nuclear receptor HMR / Orphan nuclear receptor TR3 / ST-59 / Testicular receptor 3 分子量: 27542.963 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR4A1, GFRP1, HMR, NAK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22736
#2: 化合物	ChemComp-A1D7W / dodecyl 1H-benzimidazole-5-carboxylate 分子量: 330.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₃₀N₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.74 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG4000, Sodium citrate, Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.57→50 Å / Num. obs: 22762 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 3.1 % / CC_1/2: 0.78 / Net I/σ(I): 11.867
反射シェル	解像度: 2.57→2.61 Å / Num. unique obs: 22762 / CC_1/2: 0.785

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.575→33.36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.895 / SU B: 10.339 / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.43 / ESU R Free: 0.3 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2655	1075	4.881 %
R_work	0.2062	20948	-
all	0.209	-	-
obs	-	22023	92.674 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.735 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.478 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.196 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.674 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.575→33.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3582	0	24	95	3701

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	3679
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	3640
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.478	1.629	4975
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.229	1.574	8387
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.817	5	451
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.256	21.16	181
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.845	15	647
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.524	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	465
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4031
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	816
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	832
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	3285
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	1818
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	1876
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	129
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.001	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.196	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.243	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.199	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.248	4.348	1819
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.242	4.347	1818
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.139	6.501	2265
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.138	6.503	2266
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.501	4.672	1860
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.5	4.674	1861
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.593	6.857	2710
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.592	6.858	2711
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.132	80.576	15193
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.124	80.604	15173
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.137	0.05	6774

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13697	0.05006
1	2	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13697	0.05006

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.575-2.642	0.268	53	0.275	1204	X-RAY DIFFRACTION	73.0814
2.642-2.714	0.296	79	0.271	1332	X-RAY DIFFRACTION	83.7886
2.714-2.793	0.33	73	0.245	1390	X-RAY DIFFRACTION	89.4801
2.793-2.878	0.33	72	0.252	1446	X-RAY DIFFRACTION	95.0532
2.878-2.973	0.342	67	0.238	1417	X-RAY DIFFRACTION	95.8037
2.973-3.077	0.305	86	0.214	1342	X-RAY DIFFRACTION	96.4213
3.077-3.193	0.26	86	0.21	1306	X-RAY DIFFRACTION	96.3989
3.193-3.323	0.324	58	0.207	1310	X-RAY DIFFRACTION	97.4359
3.323-3.47	0.295	60	0.2	1249	X-RAY DIFFRACTION	97.2511
3.47-3.639	0.21	67	0.195	1178	X-RAY DIFFRACTION	97.7237
3.639-3.835	0.277	35	0.197	1144	X-RAY DIFFRACTION	96.3235
3.835-4.067	0.262	51	0.192	1069	X-RAY DIFFRACTION	96.3027
4.067-4.346	0.268	68	0.182	976	X-RAY DIFFRACTION	95.7798
4.346-4.693	0.259	47	0.168	940	X-RAY DIFFRACTION	95.547
4.693-5.138	0.242	44	0.173	862	X-RAY DIFFRACTION	94.7699
5.138-5.74	0.262	44	0.204	769	X-RAY DIFFRACTION	93.9884
5.74-6.62	0.23	32	0.225	687	X-RAY DIFFRACTION	93.8642
6.62-8.087	0.253	23	0.215	595	X-RAY DIFFRACTION	92.6537
8.087-11.35	0.184	20	0.157	464	X-RAY DIFFRACTION	91.1488
11.35-33.36	0.148	10	0.289	265	X-RAY DIFFRACTION	82.8313

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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