PDB-9m26: Crystal structure of Enterobacter cloacae YcdY, a member of the r...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9m26

タイトル

Crystal structure of Enterobacter cloacae YcdY, a member of the redox enzyme maturation protein family

要素

Cytoplasmic chaperone TorD family protein

キーワード

CHAPERONE / YcdY / redox enzyme maturation protein

機能・相同性

Tat proofreading chaperone DmsD-type / : / DMSO/Nitrate reductase chaperone / TorD-like superfamily / Nitrate reductase delta subunit / Cytoplasmic chaperone TorD family protein

機能・相同性情報

生物種

Enterobacter cloacae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Choi, H.J. / Lee, S.J. / Kim, J.H. / Yoon, S.I.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2025
タイトル: Structural analysis of YcdY, a member of the redox-enzyme maturation protein family.
著者: Choi, H.J. / Lee, S.J. / Kim, J.H. / You, Y.B. / Yoon, S.I.

履歴

登録	2025年2月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年6月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	9m26_full_validation.pdf.gz	465.8 KB	表示
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CIF形式データ	9m26_validation.cif.gz	40.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/9m26 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/9m26	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cytoplasmic chaperone TorD family protein

B: Cytoplasmic chaperone TorD family protein

C: Cytoplasmic chaperone TorD family protein

D: Cytoplasmic chaperone TorD family protein

ヘテロ分子

86.7 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Cytoplasmic chaperone TorD family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
21.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Cytoplasmic chaperone TorD family protein

ヘテロ分子

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21.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Cytoplasmic chaperone TorD family protein

ヘテロ分子

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4

D: Cytoplasmic chaperone TorD family protein

ヘテロ分子

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21.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	65.257, 88.690, 82.250
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.685, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASN	ASN	HIS	HIS	(chain 'A' and (resid 2 or (resid 3 and (name...	A	A	2 - 123	7 - 128
1	2	GLU	GLU	GLU	GLU	(chain 'A' and (resid 2 or (resid 3 and (name...	A	A	128 - 181	133 - 186
2	3	ASN	ASN	HIS	HIS	(chain 'B' and (resid 2 or (resid 3 and (name...	B	B	2 - 123	7 - 128
2	4	GLU	GLU	GLU	GLU	(chain 'B' and (resid 2 or (resid 3 and (name...	B	B	128 - 181	133 - 186
3	5	ASN	ASN	HIS	HIS	(chain 'C' and (resid 2 through 16 or (resid 17...	C	C	2 - 123	7 - 128
3	6	GLU	GLU	GLU	GLU	(chain 'C' and (resid 2 through 16 or (resid 17...	C	C	128 - 181	133 - 186
4	7	ASN	ASN	HIS	HIS	(chain 'D' and (resid 2 through 8 or (resid 9...	D	D	2 - 123	7 - 128
4	8	GLU	GLU	GLU	GLU	(chain 'D' and (resid 2 through 8 or (resid 9...	D	D	128 - 181	133 - 186

#1: タンパク質	Cytoplasmic chaperone TorD family protein / CrdA / Molecular chaperone 分子量: 21555.107 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア) 遺伝子: ycdY, N5E88_20745, N7383_25595, NCTC10005_05540, P3S46_26535 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0M7F7K2
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.14 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 600, calcium acetate, sodium cacodylate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2022年10月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 31272 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 21.36 Å² / CC_1/2: 0.945 / Net I/σ(I): 12.4
反射シェル	解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 1530 / CC_1/2: 0.548 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→29.85 Å / SU ML: 0.3216 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.884
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2663	1473	4.76 %
R_work	0.2133	29475	-
obs	0.2158	30948	97.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5734	0	13	138	5885

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0057	5878
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8318	8029
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0479	901
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0058	1038
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.2999	3489

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.58	0.3475	125	0.2629	2664	X-RAY DIFFRACTION	97.72
2.58-2.67	0.2909	124	0.2458	2663	X-RAY DIFFRACTION	97.96
2.67-2.78	0.3081	132	0.2358	2666	X-RAY DIFFRACTION	97.87
2.78-2.91	0.3138	138	0.246	2676	X-RAY DIFFRACTION	97.95
2.91-3.06	0.2946	156	0.2498	2663	X-RAY DIFFRACTION	98.39
3.06-3.25	0.272	132	0.2281	2692	X-RAY DIFFRACTION	98.23
3.25-3.5	0.2735	140	0.2077	2657	X-RAY DIFFRACTION	98.42
3.5-3.85	0.2566	127	0.1941	2720	X-RAY DIFFRACTION	97.84
3.85-4.41	0.2218	154	0.1745	2627	X-RAY DIFFRACTION	96.83
4.41-5.55	0.223	129	0.1893	2687	X-RAY DIFFRACTION	97.71
5.55-29.85	0.2582	116	0.2127	2760	X-RAY DIFFRACTION	97.62

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.74561557146	0.749369497132	1.84996764654	0.374966060146	0.986553259484	4.06066848993	0.045567376382	0.23813275457	-0.464758821989	0.0939979582266	0.148766535369	-0.072167110714	0.384759767843	0.221278572316	-0.176841338339	0.0713917855576	-0.00058751341249	-0.00312128095889	0.146292501204	0.0123636803748	0.261526044178	26.1239459191	4.40101241271	49.0938785786
2	3.47871160859	-0.876354735575	0.792551091091	1.02460186547	-0.233444692568	0.305896223484	0.0326263244538	0.270251177078	0.252042199343	-0.116770268731	-0.0583903054837	-0.140663111774	0.0671429846464	0.416345920886	0.0979250999324	0.101627349621	0.0651239446043	-0.0325049512946	0.230413550198	0.0131994953463	0.368021671891	36.2634325802	12.6649948551	52.5294621827
3	4.47255327811	1.09186732685	-0.403853472948	2.46054046343	-0.121848177309	5.14393474924	-0.0938457226305	0.108997978317	0.382638662955	-0.0965527410225	0.10638225182	-0.175278471647	-0.375720399473	0.553126712002	0.0205029743438	0.0807502168838	-0.00230088388745	0.00100622120254	0.158195693021	0.00377740184282	0.230568303513	32.8738938921	19.9591950505	58.9845055917
4	2.86961679678	-0.585404632706	-0.0428845982762	5.42268330748	1.69906449306	2.74440765898	0.205467299416	-0.691037307199	0.0769200598237	0.263157564621	-0.0725288162718	0.106944296377	0.0841259414871	-0.288225167918	-0.0899341428739	0.0491951800339	0.0382490409463	0.0283158433198	0.285101562232	0.0745960808936	0.309109914453	19.4227489445	7.83170325492	70.4312373857
5	4.65574330753	0.118886407171	0.630777372664	6.36991526625	1.00409764278	4.34471763837	0.350273386699	-0.315739853269	-0.478747675937	0.174852059394	0.0552718714086	0.0584980910598	0.499741175934	-0.0715735372651	-0.310336753307	0.218203132884	-0.0385076646146	-0.0755653787664	0.218921529125	0.135841041013	0.339128177365	19.7422037115	-6.88035039921	63.740630857
6	2.96527309248	-0.300654778062	0.206386678339	6.75043096451	2.65155781217	3.70715548662	0.306765737992	-0.0998285833865	-0.464572830787	0.00302328014027	0.275933468232	-0.492891267533	0.443684926268	0.203708361275	-0.502001661294	0.234441528606	0.0150549307665	-0.0306368180219	0.209469881036	-0.00092864256954	0.419931384067	25.7910211425	-4.02444840338	63.3824976838
7	3.98300493532	0.385034804102	1.77014793387	0.267535346467	-0.118714739172	1.77937956081	0.139442990229	0.0826215958161	-0.540863286302	0.0106029795127	0.0616433421575	-0.0604432590874	0.237293423399	0.185901220932	-0.161475716278	0.0721783407779	-0.012455191448	-0.0784753458177	0.122536257375	0.023126020855	0.331918475548	25.6315473264	-0.709985047666	55.0516534247
8	3.0283373862	-0.50347245174	1.03755573604	1.91883833586	0.0532978051931	2.3947145163	0.261758624323	0.0581871664424	-0.755287826142	-0.105359884436	0.0560011143446	0.0175395498941	0.313597043148	0.00557235593413	-0.226484729993	0.136038444352	0.0191885689994	-0.11641448988	0.148432619997	0.0910094129798	0.504749064572	16.7119175975	-3.01006414196	52.5170459647
9	0.927173083489	0.125751209416	0.296683557972	0.322569629983	0.215605840479	0.421513490023	-0.0928778568262	-0.0104402813528	0.0463754594938	-0.0509429948342	-0.00530508926462	-0.0197587877091	-0.0801926318989	-0.0158078449407	0.0517548056225	0.101024034369	0.0449997678669	-0.0192639137404	0.136256070925	0.0104850253923	0.273271948891	18.9553566364	12.5490185599	54.8979340393
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31	1.76459240579	-0.974264768006	-0.0648752372393	1.524974268	0.233558275559	0.810182353343	-0.018644167409	0.219471480283	-0.22487412174	-0.017837067639	-0.0190236587879	0.0194080191158	0.0122327882809	-0.190598009511	0.0547837562759	0.0547952233017	-0.0648896438755	-0.0981636518738	0.208039535777	0.072377432351	0.344077956285	18.6970634666	-5.40228923974	15.4345936166
32	0.615599895992	-0.32394125612	-0.134242231374	1.59816501944	0.827455427515	0.710352337742	0.06576275431	-0.114385046343	0.0418319442331	-0.0252677859566	-0.013756004535	0.184124016342	0.0333030710261	-0.0822495122011	0.0385901619472	0.0297656342179	-0.0332663747109	-0.0274761403749	0.183628495607	0.0403826083501	0.350036058785	18.6128720236	-1.81783323689	26.4211254891

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -4 through 16 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 17 through 44 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 45 through 68 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 69 through 87 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 88 through 97 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 98 through 109 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 110 through 122 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 123 through 140 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 141 through 184 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid -4 through 16 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 17 through 44 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 45 through 97 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 98 through 122 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 123 through 157 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 158 through 184 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 0 through 16 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 17 through 32 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 33 through 56 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 57 through 87 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 88 through 122 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 123 through 140 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 141 through 157 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 158 through 181 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 0 through 16 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 17 through 32 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 33 through 56 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 57 through 68 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 69 through 87 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 88 through 109 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 110 through 139 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 140 through 157 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 158 through 182 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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