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- PDB-9m1v: Crystal structure of N-terminal domain of hypothetical protein Rv... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9m1v
タイトルCrystal structure of N-terminal domain of hypothetical protein Rv1421 from Mycobacterium tuberculosis H37Rv in complex with uridine diphosphate N-acetyl glucosamine
要素Nucleotide-binding protein Rv1421
キーワードHYDROLASE / Nucleotide-sugar binding protein / N-terminal domain of hypothetical protein Rv1421 / Complex with uridine diphosphate N-acetyl glucosamine
機能・相同性
機能・相同性情報


molecular adaptor activity / GTP binding / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
RapZ-like family / : / : / RapZ-like N-terminal domain / RapZ C-terminal domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE / Nucleotide-binding protein Rv1421
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Lee, K.S. / Park, J.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2021R1F1A1047349 韓国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure-based biochemical properties of N-terminal domain of hypothetical protein Rv1421 from Mycobacterium tuberculosis H37Rv in complex with uridine diphosphate N-acetyl glucosamine
著者: Lee, K.S. / Park, J.
履歴
登録2025年2月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleotide-binding protein Rv1421
B: Nucleotide-binding protein Rv1421
C: Nucleotide-binding protein Rv1421
D: Nucleotide-binding protein Rv1421
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,5209
ポリマ－74,8084
非ポリマー2,7125
水5,116284
1
A: Nucleotide-binding protein Rv1421
B: Nucleotide-binding protein Rv1421
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6194
ポリマ－37,4042
非ポリマー1,2152
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4530 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area13550 Å2
手法PISA
2
C: Nucleotide-binding protein Rv1421
D: Nucleotide-binding protein Rv1421
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9015
ポリマ－37,4042
非ポリマー1,4973
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4480 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area13470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.305, 116.944, 61.646
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.076, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
Nucleotide-binding protein Rv1421


分子量: 18702.121 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 1-14: Not found region 172-174: Not found region
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: Rv1421, MTCY21B4.39 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WFQ3
#2: 化合物
ChemComp-UD1 / URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE


分子量: 607.354 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H27N3O17P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.18 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M MES monohydrate pH6.0, 8% (v/v) 2-propanol, 26% (w/v) PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 76355 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 24.21 Å2 / CC1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Rmerge(I) obs: 0.404 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 7364 / CC1/2: 0.713 / CC star: 0.912

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→33.01 Å / SU ML: 0.1659 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 22.1607
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.215 2007 2.63 %
Rwork0.1945 74318 -
obs0.1951 76325 97.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→33.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4736 0 175 284 5195
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00664970
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92586749
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0584808
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0099864
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.76312020
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.740.29031290.25934931X-RAY DIFFRACTION91.3
1.74-1.790.25771480.24645159X-RAY DIFFRACTION95.21
1.79-1.840.26321260.23335179X-RAY DIFFRACTION95.9
1.84-1.90.26391580.21395238X-RAY DIFFRACTION97.38
1.9-1.970.24331350.20655301X-RAY DIFFRACTION97.84
1.97-2.050.2471510.19885325X-RAY DIFFRACTION98.05
2.05-2.140.22341470.1965294X-RAY DIFFRACTION98.16
2.14-2.250.23121420.18755375X-RAY DIFFRACTION99.05
2.25-2.40.21351400.19325417X-RAY DIFFRACTION99.32
2.4-2.580.23631500.19115377X-RAY DIFFRACTION99.55
2.58-2.840.23991390.20445422X-RAY DIFFRACTION99.62
2.84-3.250.22541470.20295420X-RAY DIFFRACTION99.59
3.25-4.090.19311530.1815439X-RAY DIFFRACTION99.84
4.1-33.010.18291420.18275441X-RAY DIFFRACTION98.87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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