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- PDB-9m1d: Vitamin D receptor complex with a methyldiphenylpropylsilane deri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9m1d
タイトルVitamin D receptor complex with a methyldiphenylpropylsilane derivative
要素
  • Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1
  • Vitamin D3 receptor
キーワードTRANSCRIPTION / Vitamin D receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of bone trabecula formation / Vitamin D (calciferol) metabolism / enucleate erythrocyte development / regulation of RNA biosynthetic process / positive regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / androgen biosynthetic process / positive regulation of G0 to G1 transition / retinal pigment epithelium development / SUMOylation of intracellular receptors / Nuclear Receptor transcription pathway ...negative regulation of bone trabecula formation / Vitamin D (calciferol) metabolism / enucleate erythrocyte development / regulation of RNA biosynthetic process / positive regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / androgen biosynthetic process / positive regulation of G0 to G1 transition / retinal pigment epithelium development / SUMOylation of intracellular receptors / Nuclear Receptor transcription pathway / G0 to G1 transition / mammary gland branching involved in thelarche / thyroid hormone receptor signaling pathway / response to bile acid / dense fibrillar component / positive regulation of parathyroid hormone secretion / core mediator complex / regulation of vitamin D receptor signaling pathway / apoptotic process involved in mammary gland involution / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / cellular response to vitamin D / vitamin D binding / calcitriol binding / lithocholic acid binding / nuclear retinoic acid receptor binding / nuclear receptor-mediated bile acid signaling pathway / bile acid nuclear receptor activity / phosphate ion transmembrane transport / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / mediator complex / positive regulation of keratinocyte differentiation / thyroid hormone generation / Generic Transcription Pathway / peroxisome proliferator activated receptor binding / embryonic heart tube development / cellular response to thyroid hormone stimulus / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / positive regulation of hepatocyte proliferation / vitamin D receptor signaling pathway / nuclear vitamin D receptor binding / embryonic hindlimb morphogenesis / intestinal absorption / nuclear thyroid hormone receptor binding / negative regulation of ossification / lens development in camera-type eye / embryonic hemopoiesis / megakaryocyte development / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / cellular response to steroid hormone stimulus / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / histone acetyltransferase binding / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / LBD domain binding / response to aldosterone / RSV-host interactions / fat cell differentiation / mammary gland branching involved in pregnancy / monocyte differentiation / regulation of calcium ion transport / decidualization / general transcription initiation factor binding / negative regulation of neuron differentiation / hematopoietic stem cell differentiation / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / negative regulation of keratinocyte proliferation / ubiquitin ligase complex / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / embryonic placenta development / animal organ regeneration / erythrocyte development / nuclear retinoid X receptor binding / heterochromatin / retinoic acid receptor signaling pathway / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / keratinocyte differentiation / intracellular receptor signaling pathway / : / lactation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / T-tubule / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / cellular response to epidermal growth factor stimulus / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / positive regulation of erythrocyte differentiation / liver development / animal organ morphogenesis / nuclear receptor binding / skeletal system development / nuclear estrogen receptor binding / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / apoptotic signaling pathway / promoter-specific chromatin binding / mRNA transcription by RNA polymerase II / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / transcription coactivator binding / euchromatin / PPARA activates gene expression
類似検索 - 分子機能
: / Mediator complex, subunit Med1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 / Vitamin D receptor / VDR, DNA-binding domain / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type ...: / Mediator complex, subunit Med1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 / Vitamin D receptor / VDR, DNA-binding domain / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Vitamin D3 receptor / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.44 Å
データ登録者Thilakarathne, N.M.H.N. / Hanazono, Y. / Ito, N. / Kagechika, H. / Fujii, S.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Not funded 日本
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Structure-activity relationship and crystallographic analyses of non-secosteroidal vitamin D receptor ligands bearing diphenylsilane core as a hydrophobic pharmacophore
著者: Mudiyanselage, H.N.T.N. / Misawa, T. / Ochiai, K. / Demizu, Y. / Hanazono, Y. / Ito, N. / Fujii, S.
履歴
登録2025年2月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vitamin D3 receptor
C: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6833
ポリマ－32,1662
非ポリマー5171
水3,909217
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1090 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area12110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.850, 42.210, 42.250
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.831, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y

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要素

#1: タンパク質 Vitamin D3 receptor / VDR / 1 / 25-dihydroxyvitamin D3 receptor / Nuclear receptor subfamily 1 group I member 1


分子量: 30595.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Vdr, Nr1i1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13053
#2: タンパク質・ペプチド Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1


分子量: 1570.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15648
#3: 化合物 ChemComp-A1L8B / (4~{S})-5-[4-[[4-(2-ethyl-2-oxidanyl-butoxy)-3-methyl-phenyl]-methyl-propyl-silyl]-2-methyl-phenoxy]-4-oxidanyl-pentanoic acid


分子量: 516.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H44O6Si / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: PEG 3350, Lithium citrate tribasic tetrahydrate, pH 8.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 0.8 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年7月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.44→38.59 Å / Num. obs: 49004 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 12.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 12.18
反射 シェル解像度: 1.44→1.53 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.63 / Num. unique obs: 8052 / CC1/2: 0.611 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ZLC

2zlc


解像度: 1.44→38.58 Å / SU ML: 0.2244 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.9623 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2104 1995 4.09 %
Rwork0.1786 46814 -
obs0.1799 48809 98.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.44→38.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2015 0 36 217 2268
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00872286
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0273123
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0759347
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065407
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.0734888
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.44-1.480.48861380.46263251X-RAY DIFFRACTION95.95
1.48-1.520.45561400.40733300X-RAY DIFFRACTION97.81
1.52-1.560.36891400.3553287X-RAY DIFFRACTION98.11
1.56-1.610.29771420.29293316X-RAY DIFFRACTION98.38
1.61-1.670.29061400.26723295X-RAY DIFFRACTION98.4
1.67-1.740.26891420.22663296X-RAY DIFFRACTION98.54
1.74-1.810.21541430.20393375X-RAY DIFFRACTION98.88
1.81-1.910.24031420.18763325X-RAY DIFFRACTION98.89
1.91-2.030.21081420.1723339X-RAY DIFFRACTION99.09
2.03-2.190.18861430.16313358X-RAY DIFFRACTION99.21
2.19-2.410.19351440.16943361X-RAY DIFFRACTION99.52
2.41-2.750.2071440.17063384X-RAY DIFFRACTION99.63
2.75-3.470.18231460.16323438X-RAY DIFFRACTION99.78
3.47-38.580.1891490.1463489X-RAY DIFFRACTION99.75
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.164490139580.5529616029180.2718883191241.24097515498-0.02405860165071.44014979750.0559742738203-0.140836965036-0.09707175336780.0640423450204-0.0482565573831-0.0493035831073-0.09131585668850.06682172078820.003926815814840.190920161557-0.0316789134636-0.0153212011640.218515332328-0.0005567348719880.17424991587719.0255760660.37054229911119.7383705119
27.66365771309-0.7710172894141.511802998694.66709051010.8940161314894.57710769852-0.03603004070270.129319897579-0.755816397218-0.1354370581010.01044143621370.1241353018170.505210496722-0.302489330135-0.002005956624620.28432431631-0.005918165528760.03115099828360.417497426039-0.06977301833170.3651494326475.57766391047-10.841377990210.9388237506
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1Chain A
2X-RAY DIFFRACTION2Chain C

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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