PDB-9m0s: Acetyl-CoA-bound SLC33A1 in a cytoplasm-facing conformation

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9m0s

タイトル

Acetyl-CoA-bound SLC33A1 in a cytoplasm-facing conformation

要素

Acetyl-coenzyme A transporter 1

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / SLC33A1 / AT1 / Acetyl-CoA

機能・相同性

機能・相同性情報

acetyl-CoA transmembrane transporter activity / acetyl-CoA transmembrane transport / Transport of vitamins, nucleosides, and related molecules / Defective SLC33A1 causes spastic paraplegia 42 (SPG42) / transmembrane transport / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / protein homodimerization activity / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Zhou, D. / Zhang, Z.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Cell Discov / 年: 2025
タイトル: Mechanistic insights into the acetyl-CoA recognition by SLC33A1.
著者: Dong Zhou / Nanhao Chen / Shitang Huang / Chen Song / Zhe Zhang /

履歴

登録	2025年2月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年4月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年4月23日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年4月23日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年4月23日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年4月23日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年4月23日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9m0s.cif.gz	88.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9m0s.ent.gz	64.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9m0s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/9m0s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/9m0s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	63562MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Acetyl-coenzyme A transporter 1

ヘテロ分子

62.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Acetyl-coenzyme A transporter 1 / AT-1 / Acetyl-CoA transporter 1 / Solute carrier family 33 member 1 分子量: 62131.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC33A1, ACATN, AT1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O00400
#2: 化合物	ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME A 分子量: 809.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₃₈N₇O₁₇P₃S / タイプ*: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: SLC33A1 in complex with acetyl-CoA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量	値: 0.06 MDa / 実験値: NO
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 7.25
試料	濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI POLARA 300
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影	電子線照射量: 60 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.21_5207: / カテゴリ: モデル精密化

CTF補正

タイプ: NONE

3次元再構成

解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 238758 / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.007	3512
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	1.09	4809
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	11.088	1202
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.065	565
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.009	574

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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