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万見
- PDB-9m0q: The Structural Complex of Inactivated Lactobacillus delbrueckii C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9m0q
タイトルThe Structural Complex of Inactivated Lactobacillus delbrueckii Cystathionine beta-Lyase Mutant (LdPatB A34D) with Its Substrate L-(+)-Alliin
要素cysteine-S-conjugate beta-lyase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / C-S cleavage reaction / L-cysteine-S-conjugate
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-S-conjugate beta-lyase / transaminase activity / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / lyase activity
類似検索 - 分子機能
: / Putative C-S lyase / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / cysteine-S-conjugate beta-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus delbrueckii subsp. lactis DSM 20072 (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Liu, Y. / Yang, C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)Project no. 42077214 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Structural Complex of Inactivated Lactobacillus delbrueckii Cystathionine beta-Lyase Mutant (LdPatB A34D) with Its Substrate L-(+)-Alliin
著者: Liu, Y. / Yang, C.
履歴
登録2025年2月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cysteine-S-conjugate beta-lyase
B: cysteine-S-conjugate beta-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,8383
ポリマ－88,6612
非ポリマー1771
水1,67593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4510 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area27720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.831, 91.682, 80.871
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 125.06, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-812-

HOH

21B-545-

HOH

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要素

#1: タンパク質 cysteine-S-conjugate beta-lyase


分子量: 44330.301 Da / 分子数: 2 / 変異: A34D/V311E/N326D / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: NCBI Reference Sequence: WP_236160334.1
由来: (組換発現) Lactobacillus delbrueckii subsp. lactis DSM 20072 (乳酸菌)
遺伝子: LDL72_07215 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0AAC9VP02, cysteine-S-conjugate beta-lyase
#2: 化合物 ChemComp-OO0 / ALLIIN / 2-azanyl-3-prop-2-enylsulfinyl-propanoic acid


分子量: 177.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11NO3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.06 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Magnesium formate dihydrate (15-25 % w/v) Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97907 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2024年4月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97907 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→64.78 Å / Num. obs: 34610 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.6 % / Rpim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 3.6
反射 シェル解像度: 2.18→2.3 Å / Num. unique obs: 4969 / Rpim(I) all: 0.942

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.16精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.18→45.77 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3032 2000 -
Rwork0.251 --
obs-34590 99.7 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.18→45.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6096 0 11 93 6200
LS精密化 シェル解像度: 2.18→2.26 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 --
Rwork0.25 3345 -
obs--98.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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