PDB-9m0i: Structure of the intermediate of lactoperoxidase formed with thio...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9m0i

タイトル

Structure of the intermediate of lactoperoxidase formed with thiocynate and hydrogen peroxidase at 1.99 A resolution.

要素

Lactoperoxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Lactoperoxidase (LPO) / Peroxide family

機能・相同性

機能・相同性情報

Events associated with phagocytolytic activity of PMN cells / thiocyanate peroxidase activity / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of bitter taste / peroxidase / lactoperoxidase activity / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / antibacterial humoral response / response to oxidative stress / basolateral plasma membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.995 Å

データ登録者

Viswanathan, V. / Maurya, A. / Sirohi, H.V. / Kushwaha, G.S. / Sinha, M. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the intermediate of lactoperoxidase formed with thiocynate and hydrogen peroxidase at 1.99 A resolution.
著者: Viswanathan, V. / Maurya, A. / Sirohi, H.V. / Kushwaha, G.S. / Sinha, M. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

履歴

登録	2025年2月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え	2025年3月26日	ID: 6LCO
改定 1.0	2025年3月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9m0i.cif.gz	152.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9m0i.ent.gz	114 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9m0i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9m0i_validation.pdf.gz	11.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9m0i_full_validation.pdf.gz	11.2 MB	表示
XML形式データ	9m0i_validation.xml.gz	34.8 KB	表示
CIF形式データ	9m0i_validation.cif.gz	47.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/9m0i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/9m0i	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#17 - 2001年5月シクロオキシゲナーゼ (Cyclooxygenase) 類似性 (5) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lactoperoxidase

ヘテロ分子

72.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.270, 80.441, 76.599
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.200, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Lactoperoxidase / LPO 分子量: 67773.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P80025, peroxidase

-
糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 7種, 427分子

#3: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION 分子量: 126.904 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: I / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION 分子量: 58.082 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物	ChemComp-PEO / HYDROGEN PEROXIDE 分子量: 34.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 397 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: Ammonium Iodide, PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.99→39.11 Å / Num. obs: 40499 / % possible obs: 92.62 % / 冗長度: 4.5 % / R_sym value: 0.054 / Net I/σ(I): 9.8
反射シェル	解像度: 1.99→2.05 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique obs: 2891 / R_sym value: 0.495

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.995→39.105 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.244 / ESU R Free: 0.205 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2645	2014	4.973 %
R_work	0.2095	38485	-
all	0.212	-	-
obs	-	40499	92.622 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.652 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.021 Å²	0 Å²	0.004 Å²
2-	-	0.006 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.012 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.995→39.105 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4770	0	167	397	5334

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	5070
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4715
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.603	1.849	6878
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.511	1.775	10859
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.148	5	596
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.695	5	38
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.778	10	827
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.504	10	239
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	731
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	6016
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.027	0.02	1225
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	1235
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.221	0.2	4807
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	2439
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.099	0.2	2639
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.209	0.2	346
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.197	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.233	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.184	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.254	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.358	5.39	2391
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.334	5.392	2384
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.62	9.687	2975
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.62	9.692	2976
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.598	5.787	2679
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.597	5.788	2680
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.037	10.504	3902
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.036	10.504	3903
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	12.305	55.858	5997
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	12.299	55.861	5996

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.995-2.047	0.364	146	0.341	2891	X-RAY DIFFRACTION	95.2934
2.047-2.103	0.313	158	0.292	2977	X-RAY DIFFRACTION	99.9362
2.103-2.163	0.339	145	0.289	2890	X-RAY DIFFRACTION	99.9013
2.163-2.23	0.39	87	0.346	1663	X-RAY DIFFRACTION	59.1616
2.23-2.303	0.744	92	0.727	1702	X-RAY DIFFRACTION	62.0976
2.303-2.383	0.348	130	0.259	2625	X-RAY DIFFRACTION	99.4944
2.383-2.473	0.339	129	0.224	2546	X-RAY DIFFRACTION	99.1843
2.473-2.573	0.303	125	0.217	2435	X-RAY DIFFRACTION	99.4561
2.573-2.687	0.262	120	0.215	2331	X-RAY DIFFRACTION	99.3112
2.687-2.818	0.304	115	0.198	2230	X-RAY DIFFRACTION	99.5754
2.818-2.969	0.228	107	0.178	2161	X-RAY DIFFRACTION	99.4737
2.969-3.148	0.312	108	0.202	2005	X-RAY DIFFRACTION	99.529
3.148-3.364	0.271	110	0.191	1903	X-RAY DIFFRACTION	99.1137
3.364-3.631	0.261	80	0.194	1496	X-RAY DIFFRACTION	84.233
3.631-3.975	0.226	86	0.176	1412	X-RAY DIFFRACTION	87.1437
3.975-4.438	0.148	79	0.133	1462	X-RAY DIFFRACTION	97.9034
4.438-5.114	0.158	75	0.12	1277	X-RAY DIFFRACTION	97.971
5.114-6.236	0.205	62	0.153	1110	X-RAY DIFFRACTION	98.8196
6.236-8.709	0.222	44	0.151	882	X-RAY DIFFRACTION	99.7845
8-10	0.202	16	0.161	487	X-RAY DIFFRACTION	90.7942

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