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- PDB-9lxl: Crystal structure of GH29 family alpha-L-fucosidase from Fusarium... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9lxl
タイトルCrystal structure of GH29 family alpha-L-fucosidase from Fusarium proliferatum LE1
要素alpha-L-fucosidase
キーワードHYDROLASE / alpha-L-fucosidase / GH29 / Fusarium Proliferatum
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-L-fucosidase / alpha-L-fucosidase activity / fucose metabolic process / glycoside catabolic process
類似検索 - 分子機能
Alpha-L-fucosidase, C-terminal / Alpha-L-fucosidase C-terminal domain / Alpha-L-fucosidase, metazoa-type / Glycoside hydrolase, family 29 / Alpha-L-fucosidase / Alpha-L-fucosidase / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / AZIDE ION / alpha-L-fucosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Gibberella intermedia (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.191 Å
データ登録者Korban, S.A. / Borshchevskiy, V.I. / Pospelov, V.A. / Bobrov, K.S. / Ivanova, D.N. / Kulminskaya, A.A.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Higher Education of the Russian Federation1023031500033-1-1.6.7;1.6.4;1.6.8 ロシア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of GH29 family alpha-L-fucosidase from Fusarium proliferatum LE1
著者: Korban, S.A. / Borshchevskiy, V.I. / Pospelov, V.A. / Bobrov, K.S. / Ivanova, D.N. / Kulminskaya, A.A.
履歴
登録2025年2月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: alpha-L-fucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,47115
ポリマ－69,0981
非ポリマー1,37314
水4,216234
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area750 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area21810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.757, 76.757, 225.338
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 A

#1: タンパク質 alpha-L-fucosidase / Alpha-L-fucosidase GH29


分子量: 69097.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gibberella intermedia (菌類) / 遺伝子: FPRO05_08134 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: A0A365NIL9, alpha-L-fucosidase
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 6種, 245分子

#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物
ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド


分子量: 42.020 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#7: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.79 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 / 詳細: 0.1M Bis-Tris pH 6.7, 20% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17UM / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.191→72.657 Å / Num. obs: 24244 / % possible obs: 91.7 % / 冗長度: 14.6 % / Biso Wilson estimate: 37.64 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.216 / Rpim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.191→2.441 Å / Num. unique obs: 1212 / CC1/2: 0.589

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROCautoPROC 1.0.5data processing
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.191→63.44 Å / SU ML: 0.2481 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.9997
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2339 1233 5.09 %
Rwork0.202 23008 -
obs0.2036 24241 67.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 56.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.191→63.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4479 0 90 234 4803
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01014724
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.48046435
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0902685
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0123836
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.72781653
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.191-2.280.277530.3347139X-RAY DIFFRACTION3.71
2.28-2.380.3638410.3126527X-RAY DIFFRACTION14.63
2.38-2.510.3518640.30521265X-RAY DIFFRACTION34.38
2.51-2.670.3081320.28832378X-RAY DIFFRACTION64.15
2.67-2.870.27451800.28023330X-RAY DIFFRACTION89.56
2.87-3.160.30352000.2443719X-RAY DIFFRACTION99.67
3.16-3.620.24141910.20713786X-RAY DIFFRACTION100
3.62-4.560.1982070.15613818X-RAY DIFFRACTION100
4.56-63.440.19192150.17274046X-RAY DIFFRACTION99.95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.303565097811-0.0502252102533-0.04508665016760.5879716349070.08528284475640.556089816641-0.0251893178317-0.07067103932270.0239523477410.1952013117580.00214200146611-0.1712073779450.1114539420720.094472755188-0.1877309171880.826801663292-0.0386336192122-0.391097653090.2073041601970.01309467120450.356163272029-24.838040483130.192576418830.4498119878
20.895222633486-0.309598433741-0.4428308177520.793001874190.921270415082.59465492722-0.133879496827-0.07126936647690.002177807550150.53882868866-0.02788482232760.1467089575370.156465730278-0.2619275373830.2115417969540.996741231388-0.0980180356504-0.2232518826910.252663357836-0.01482141088670.415631008397-39.424503988929.574421836234.8420817646
30.013794723459-0.02831156603950.05199529963560.2040709555840.07328860354170.2896847863810.00440731899124-0.05268385230350.02200838880680.238891800166-0.0370097655633-0.0810515405930.0533194203415-0.0199316988261-0.07401279983491.02784987058-0.0940594165769-0.4105883071560.226436947291-0.009320481118240.371080596734-27.250667898324.480353362239.2705215231
40.100982127218-0.110498266044-0.03544445483370.22325368088-0.02847294743480.0763942635388-0.00505074605708-0.028131383510.03217325369620.06860270712770.0307067864011-0.0826505881619-0.02008024108510.0161350191750.09614973696450.921293178604-0.040329046362-0.4098975534680.1426874675080.003577341642010.480837702359-14.543959821524.442987015531.0245404456
50.415943986444-0.2733517662460.1473371978230.334895538487-0.1943638177640.2508902882290.006831565493660.07738465287910.1337875034590.0844212014227-0.0598385818751-0.0943481050440.03419127331280.03047804628360.02075184272670.5439932984150.00202115524309-0.3467407168610.1261041938690.1030273642020.252971431662-26.206560894432.638689086212.0105939907
63.07550155928-1.24848368206-0.2977101925741.53395210071-0.2140429974041.593784862980.2484842540670.8201195330260.115725593026-0.42896656133-0.255996121993-0.2736205122330.5934639080380.2179764418270.00762324053290.6732119549120.145605991445-0.1679687192560.5406152940690.08428114542770.331333433968-20.951714344327.9249696342-10.3121398588
71.696530287730.820391619698-0.8554185410511.064122427850.5125817255782.86100531080.1526520084250.5454164754050.0746206076674-0.0748045109621-0.229800281828-0.2928773857820.237074391170.0460983928370.07257367957520.6484318347850.0107944215435-0.2127221420580.4401405069910.1423423696340.338242940155-20.889663514127.9782761558-6.54647814886
86.708810834441.08565788997-0.9957560905671.87535859177-2.808508489587.84939075375-0.136067487372-0.31825205879-0.8299028780710.300893488692-0.0962741888087-1.39894366961.181110757541.661927838840.2426575351820.6705558863070.275813588606-0.2232467233550.717310439534-0.0176512019360.957519309794-0.5919385901224.65245516143.07379570206
94.6179859524-1.104481103020.4908809735754.786015683140.499495589362.312195367060.11982927997-0.504674710081-0.1537994535060.591789780492-0.0732055600891-1.376077403270.2447182929241.46636884247-0.04823576008260.6386889324860.117123251709-0.2237679982721.56359181030.1453120168821.107873837136.8617040850331.26868183183.37233802414
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 3 through 67 )3 - 671 - 65
22chain 'A' and (resid 68 through 133 )68 - 13366 - 131
33chain 'A' and (resid 134 through 219 )134 - 219132 - 217
44chain 'A' and (resid 220 through 284 )220 - 284218 - 282
55chain 'A' and (resid 285 through 410 )285 - 410283 - 408
66chain 'A' and (resid 411 through 475 )411 - 475409 - 473
77chain 'A' and (resid 476 through 504 )476 - 504474 - 502
88chain 'A' and (resid 505 through 541 )505 - 541503 - 539
99chain 'A' and (resid 542 through 585 )542 - 585540 - 583

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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