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- PDB-9lvh: Crystal structure of the mouse RIP3 kinase domain in complexed wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9lvh
タイトルCrystal structure of the mouse RIP3 kinase domain in complexed with Tricetin
要素Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3
キーワードTRANSFERASE / Mouse RIP3 kinase domain / inhibitor / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RIPK1-mediated regulated necrosis / regulation of activation-induced cell death of T cells / regulation of CD8-positive, alpha-beta cytotoxic T cell extravasation / TRIF-mediated programmed cell death / execution phase of necroptosis / regulation of T cell mediated cytotoxicity / Regulation of necroptotic cell death / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / regulation of activated T cell proliferation / regulation of adaptive immune response ...RIPK1-mediated regulated necrosis / regulation of activation-induced cell death of T cells / regulation of CD8-positive, alpha-beta cytotoxic T cell extravasation / TRIF-mediated programmed cell death / execution phase of necroptosis / regulation of T cell mediated cytotoxicity / Regulation of necroptotic cell death / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / regulation of activated T cell proliferation / regulation of adaptive immune response / regulation of type II interferon production / activation of protein kinase activity / programmed necrotic cell death / TRP channels / necroptotic signaling pathway / positive regulation of necroptotic process / non-canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of reactive oxygen species metabolic process / necroptotic process / T cell homeostasis / lymph node development / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / spleen development / reactive oxygen species metabolic process / thymus development / cellular response to hydrogen peroxide / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / T cell differentiation in thymus / regulation of apoptotic process / defense response to virus / amyloid fibril formation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / protein-containing complex binding / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RHIM domain / RIP homotypic interaction motif / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. ...RHIM domain / RIP homotypic interaction motif / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MYF / Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Xie, H. / Su, H.X. / Li, M.J. / Xu, Y.C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Bioorg.Chem. / 年: 2025
タイトル: Identification of RIPK3 as a target of flavonoids for anti-necroptosis in vitro.
著者: Xie, H. / Li, W. / Han, X. / Li, M. / Zhao, Q. / Xu, Y. / Su, H. / Meng, W.
履歴
登録2025年2月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3
B: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,0314
ポリマ－72,4272
非ポリマー6042
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)152.424, 51.247, 104.907
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 131.85, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3 / RIP-like protein kinase 3 / Receptor-interacting protein 3 / RIP-3 / mRIP3


分子量: 36213.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ripk3, Rip3
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9QZL0, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-MYF / 5,7-DIHYDROXY-2-(3,4,5-TRIHYDROXYPHENYL)-4H-CHROMEN-4-ONE / 2-(3,4,5-TRIHYDROXYPHENYL)-5,7-DIHYDROXY-4H-1-BENZOPYRAN-4-ONE / PENTAHYDROXYFLAVONE / トリセチン


分子量: 302.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H10O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 10-20% PEG3350, 50 mM magnesium formate, pH 5.0-7.0 / PH範囲: 5.0-7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→52.43 Å / Num. obs: 24599 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.105 / Χ2: 0.91 / Net I/σ(I): 11.6 / Num. measured all: 155484
反射 シェル解像度: 2.38→2.51 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.941 / Num. measured all: 23225 / Num. unique obs: 3580 / CC1/2: 0.865 / Rpim(I) all: 0.402 / Rrim(I) all: 1.025 / Χ2: 0.8 / Net I/σ(I) obs: 2.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.17.1_3660: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.38→28.88 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2705 1256 5.11 %
Rwork0.2497 --
obs0.2507 24565 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.38→28.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4183 0 44 23 4250
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064328
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9325881
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.9041623
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049659
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007743
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.38-2.470.37571330.35452563X-RAY DIFFRACTION100
2.47-2.580.37321570.33832564X-RAY DIFFRACTION100
2.58-2.720.37981370.3142555X-RAY DIFFRACTION100
2.72-2.890.29691360.27812579X-RAY DIFFRACTION100
2.89-3.110.29861520.27092574X-RAY DIFFRACTION100
3.11-3.430.31091200.27052617X-RAY DIFFRACTION100
3.43-3.920.26151590.24382576X-RAY DIFFRACTION100
3.92-4.930.25321490.222580X-RAY DIFFRACTION100
4.94-28.880.20771130.2212701X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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